2011 Fiscal Year Annual Research Report
マイナー抗原等に関与する責任SNPの新規同定法の開発とネットツールの公開
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21591256
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| Research Institution | 愛知県がんセンター(研究所) |
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Principal Investigator |
赤塚 美樹 愛知県がんセンター(研究所), 腫瘍免疫学部, 客員研究員 (70333391)
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| Keywords | バイオテクノロジー / 免疫学 / SNP / HapMap / オンラインソフトウエア |
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| Research Abstract |
本研究の目的は、申請者らが開発したマイナー組織適合性抗原形成に関わる一塩基多型(SNP)を迅速に同定するアルゴリズムのソフトウェアと、ウェブのインターフェースとをリンクする対話型コンピュータシステムの構築および、SNP同定に必要なHapMap B-LCLの拡充とアッセイ系の開発である。昨年度は白人由来のCEU B-LCLパネルのアッセイ結果をプルダウンメニューで条件入力し送信することで、検索する細胞表現形と関連性の高い候補SNP、そのゲノム上の部位、カイ二乗値の一覧表を返信できるようなウェブ上のインターフェース"HapMap Scanner"を完成させたが、本年度はこれに加え、日本人(JPT)および中国人(CHB)由来のB-LCLパネルをアッセイして得られたデータも解析できるウェブページを追加し、既知のマイナー抗原データを用いて動作確認した。本法は細胞障害性試験の際にCTLが認識に用いるHLA分子を遺伝子導入しなければならない。しかし、もし各B-LCLのHLA型が事前に分かれば、不要なHLAの導入を避けることが出来るうえ、想定外の結果が出た際に交叉反応を引き起こすようなHLA型をそれらのB-LCLが持っていないか判別が出来るように、合計150種のB-LCLについてHLA-A,B,C,DRB1アリルのDNAタイピングを追加し、これもウェブページに掲載し、さらに本研究に関わる論文も受理されたため一般公開を開始した。
他方、B-LCLからのiPS誘導については、iPS誘導遺伝子を搭載したレトロウイルスベクターの感染効率が高くない問題があったが、EBNA1を組み込んだエピゾーマルベクターを電気穿孔で導入することでB-LCLに効率よくyamanaka4因子を導入・発現できることが分かった。ただ、フィーダー上での培養条件についてさらなる検討が必要と判明した。
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