2009 Fiscal Year Annual Research Report
インフルエンザウイルスのRNA分節間に形成される塩基対の検索
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21650067
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
伊藤 公人 Hokkaido University, 人獣共通感染症リサーチセンター, 准教授 (60396314)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
高田 礼人 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 教授 (10292062)
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| Keywords | パターン発見 / アルゴリズム / 生体生命情報学 / ウイルス / 感染症 |
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| Research Abstract |
本研究では、公共データベースに蓄積された大量のウイルスゲノムを計算機を用いて解析することにより、RNA分節の選択的集合を説明し得る塩基対の構造を網羅的に探索することを目的とする。平成21年度は、下記項目に関して研究を行った。
1.RNA分節において、塩基が極度に保存されている位置を明らかにする
従来研究の成績からパッケージングシグナルは、各RNA分節のから5'末端および3'末端付近の領域に存在することが示唆されている。平均情報量を指標に各RNA分節において塩基が極度に保存されている領域を検索した。その結果、ほとんど全てのRNA分節において、3'末端付近の領域に塩基の保存が見られた。また、連続あるいは周期的に形成される塩基対の検索に着手した。
2.二つのRNA分節で同時に変異する傾向にある塩基対があるか否かを確認する
パッケージングシグナルが時代や宿主によって変化する可能性も否定出来ないため、RNA分節間で塩基が同時に変異している位置の組を検索する。多重アライメントの任意の位置の組に対し、条件付きエントロピーを計算し、同時に変異した塩基位置の組を検索した。その結果、11,616組の同時変異が見つかった。
3.RNA分節間の塩基対の連続性あるいは周期性が統計的に有意か否かを判定する
申請者らが考案するモデルでは、RNA-NP複合体は、異なる分節間で塩基対を形成している。そこで、塩基対の構造を検索する新規アルゴリズムの開発に着手した。
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[Journal Article] Characterization of H3N6 avian influenza virus isolated from a wild white pelican in Zambia2009
Author(s)
Simulundu E, Mweene AS, Tomabechi D, Hang'ombe BM, Ishii A, Suzuki Y, Nakamura I, Sawa H, Sugimoto C, Ito K, Kida H, Saiwana L, Takada A
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Journal Title
Arch Virol. 154
Pages: 1517-1522
Peer Reviewed
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