2009 Fiscal Year Annual Research Report
遺伝子発現解析によるキャッサバの環境応答機構の理解および情報基盤整備
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21710205
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
櫻井 哲也 The Institute of Physical and Chemical Research, ゲノム情報統合化ユニット, ユニットリーダー (90415167)
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| Keywords | ゲノミクス / データベース / 環境応答 / トランスクリプトーム / 植物 |
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| Research Abstract |
目的である有用熱帯作物キャッサバの遺伝子発現の概観を把握するため、平成21年度はカスタムオリゴマイクロアレイを作製した。当方で収集したキャッサバ完全長cDNAの両端読み配列データ(35400配列)および公共データベースGenBankから獲得できたメッセンジャーRNA(以降、mRNA)の全長および部分長読み配列データ(41166配列)をカスタムオリゴマイクロアレイのプローブデザインの出発データとした。まず、公共データベースより獲得した全配列データの確認を行い、不適切な配列データ(葉緑体、ミトコンドリア、rDNAといったmRNA由来でないデータや大腸菌、ファージなどの実験的に混入しやすいキャッサバ以外の生物由来のデータ)の排除を行った。続いて、配列の類似性を用い、配列データを整列、結合し、配列データの冗長性を排除した(CAP3プログラムによる集合化)。さらに、完全長cDNA配列および既知のタンパク質配列との対応付けを行うことで、転写方向の確認を行った。mRNAは、転写方向を誤った配列からデザインされたプローブとは重合できないため、この確認はオリゴマイクロアレイのプローブデザインについて重要な処理である。以上の処理から独立したおよそ22,000配列データを獲得した。この配列データセットから、60塩基のマイクロアレイプローブをデザインし、およそ21,000プローブを有するオリゴマイクロアレイを作製することができた。
このカスタムオリゴマイクロアレイを用い、無処理、乾燥処理をしたキャッサバの2品種、計4種のマイクロアレイ実験を行った。海外連携研究機関であるCIATより提供されたRNAを用いた。その結果、各プローブに関する同じ処理下(無処理についても同様)でのRNAサンプル間発現レベルの相関係数は0.97前後であり、今後の実験へ利用できるオリゴマイクロアレイであることが確認できた。あわせて、各キャッサバ品種の乾燥条件下での遺伝子発現概略を得ることができた。
以上のように、平成21年度実施計画に則った活動を実行した。
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Research Products
(1 results)
