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2009 Fiscal Year Annual Research Report

大腸菌とRNAバクテリオファージQβを用いた実験室内共進化系の確立

Research Project

Project/Area Number 21770255
Research InstitutionHirosaki University

Principal Investigator

柏木 明子  Hirosaki University, 農学生命科学部, 准教授 (40362652)

Keywords共進化 / 実験進化 / Qβファージ / 大腸菌
Research Abstract

新型ウイルスや変異型ウイルスが毎年のように発生することは社会問題の1つであり、これらの発生予測法確立は急務である。新興ウイルスの多くがRNAウイルスである(Domingo&Holl Annu.Rev.Microbiol. 1997)ことを考えると、RNAウイルスがいかに変化するのかというRNAウイルスの進化機構を解明することは重要である。また、単独では増殖できない寄生者であるRNAウイルスは宿主と寄生者が他方の変化に抗して互いに変化を繰り返す「敵対的な共進化」の中で進化すると考えられる。これらを解明するため、RNAウイルスを用いた「拮抗的な共進化のモデル実験系」を用い遺伝子型と表現型の変化を解析することが重要であると考えた。本研究では申請者が構築に成功した大腸菌とRNAバクテリオファージQβを用いた「継代共培養系」を長期間続け両者の変化過程を遺伝子型と表現型の両面から解析し、RNAウイルスの進化機構解明に向けた基礎的知見を得ることを目的とした。
平成21年度には、Qβファージと大腸菌の「実験室内継代共培養系」を54日間継続することに成功し、両者の個体群動態とQβファージの遺伝子型の変化を解析した。また、Qβファージだけを新鮮な感受性大腸菌に対して単独継代培養したQβファージの遺伝子型の変化と比較した。
その結果、共進化によって分子進化が加速されることを明らかにした。この結果よりRNAウイルスが感受性宿主の中で増幅を繰り返すよりも宿主とともに共進化することの方がRNAウイルスの分子進化が促進される可能性を示した。

  • Research Products

    (14 results)

All 2010 2009

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (13 results)

  • [Journal Article] Noisy growth rate of cell size fluctuate protein concentration in bacteria2009

    • Author(s)
      Saburo Tsuru, Junya Ichinose, Akiko Kashiwagi, Bei-Wen Ying, Kunihiko Kaneko, Tetsuya Yomo
    • Journal Title

      Pysical Biology Vol.6

      Pages: 036015(9)

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 2種類の大腸菌株による人工栄養共生系の実験進化2010

    • Author(s)
      浅尾晃央、細田一史、森光太郎、柏木明子、山内義教、城口泰典、鈴木真吾、四方哲也
    • Organizer
      日本生態学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2010-03-17
  • [Presentation] テトラヒメナと大腸菌の人工共生系における個体群動態2010

    • Author(s)
      末吉眞人、松本佑介、森光太郎、柏木明子、細田一史、四方哲也
    • Organizer
      日本生態学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2010-03-17
  • [Presentation] Construction of Escherichia coil Gene Expression Level Perturbation Collection2009

    • Author(s)
      Akiko Kashiwagi, Takahiro Sakurai, Saburo Tsuru, Bei-Wen Ying, Kotaro Mori, Tetsuya Yomo
    • Organizer
      APBioChEC'09
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場
    • Year and Date
      2009-11-24
  • [Presentation] Stochastic gene expression induced population selection promotes adaptation to nutrient depletion2009

    • Author(s)
      津留三良、インベイウェン、森光太郎、潮田純弥、柏木明子、四方哲也
    • Organizer
      日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      徳島文理大学
    • Year and Date
      2009-10-30
  • [Presentation] Cooperative and adaptive phenotypic plasticity observed in a synthetic mutualism composed of two auxotrophs of Escherichia coli2009

    • Author(s)
      細田一史、森光太郎、柏木明子、鈴木真吾、四方哲也
    • Organizer
      日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      徳島文理大学
    • Year and Date
      2009-10-30
  • [Presentation] 2種の大腸菌変異株による人工栄養共生系で観察される適応的表現型変化2009

    • Author(s)
      細田一史、鈴木真吾、柏木明子、森光太郎、山内義教、城口泰典、四方哲也
    • Organizer
      第25回個体群生態学会
    • Place of Presentation
      同志社大学
    • Year and Date
      2009-10-17
  • [Presentation] アミノ酸枯渇に対する適応的な遺伝子発現2009

    • Author(s)
      津留三良、インベイウェン、森光太郎、潮田純弥、柏木明子、四方哲也
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会2.0
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2009-10-01
  • [Presentation] Adaptive response of a Gene Network to Environmental Changes by Fitness-induced Attractor Selection2009

    • Author(s)
      柏木明子
    • Organizer
      International Symposium on COMPLEX SYSTEMS BIOLOGY
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2009-09-29
  • [Presentation] Analysis of adaptive gene expression to nutrient depletion out of native regulatory mechanisms2009

    • Author(s)
      津留三良、インベイウェン、森光太郎、潮田純弥、柏木明子、四方哲也
    • Organizer
      International Symposium on COMPLEX SYSTEMS BIOLOGY
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2009-09-29
  • [Presentation] Adaptive phenotypic change in a synthetic ecosystem composed of two strains of Escherichia coil2009

    • Author(s)
      細田一史、城口泰典、山内義教、森光太郎、鈴木真吾、柏木明子、四方哲也
    • Organizer
      International Symposium on COMPLEX SYSTEMS BIOLOGY
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2009-09-29
  • [Presentation] 大腸菌の人工相利共生系で観察される協力的表現型変化2009

    • Author(s)
      細田一史、森光太郎、鈴木真吾、柏木明子、四方哲也
    • Organizer
      第19回日本数理生物学会大会
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2009-09-09
  • [Presentation] 大腸菌と溶菌性RNAバクテリオファージQβの実験室内共培養系における個体群動態とRNAバクテリオファージ集団のゲノム塩基配列変化2009

    • Author(s)
      柏木明子、四方哲也
    • Organizer
      日本進化学会
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Year and Date
      2009-09-03
  • [Presentation] 栄養枯渇に対する適応応答における遺伝子発現の多様性の役割2009

    • Author(s)
      津留三良、インベイウェン、森光太郎、潮田純弥、柏木明子、四方哲也
    • Organizer
      日本進化学会
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Year and Date
      2009-09-03

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Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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