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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of the cooperative DNA recognition mechanism of transcription factors in brassinosteroid-responsive gene regulation

Research Project

Project/Area Number 21H02114
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

宮川 拓也  京都大学, 生命科学研究科, 准教授 (50596559)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 中野 雄司  京都大学, 生命科学研究科, 教授 (30281653)
光田 展隆  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 副研究部門長 (80450667)
野崎 翔平  筑波大学, 生命環境系, 助教 (20850910)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords植物 / ブラシノステロイド / 転写調節 / 転写因子間相互作用
Outline of Annual Research Achievements

植物においてブラシノステロイド(BR)の生理作用に必要な遺伝子セットの発現調節を担うマスター転写因子BIL1/BZR1がBR応答性遺伝子のプロモーター上の塩基配列に結合し、その転写を正と負の双方向に制御する分子実態はまだ十分に理解されていない。これまでに、BIL1/BZR1はDNA主鎖の形状読み取りにより間接的にNN-BRRE-core配列の両側に隣接するそれぞれ2塩基の配列を識別することで転写の制御方向を見分ける機構をもつことが明らかになり、BIL1/BZR1による直接的なBR応答性遺伝子の発現誘導においては、他の転写因子や共役因子と協働的にDNAを認識する必要性が示唆された。本年度は、BIL1/BZR1との相互作用が報告されているPIF4との協働的な作用の解析に引き続き取り組んだ。検討の結果、in vitroタンパク質合成系と融合タグの組み合わせによりBIL1/BZR1及びPIF4の全長タンパク質の取得に成功し、タンパク質間相互作用解析とDNA結合解析から両者がDNA結合ドメインとは異なる領域で複合体を形成することが強く示唆された。さらに、複数の転写因子及び共役因子の共存下でDNA結合配列を解析するためのDAP-seq解析系を構築した。BIL1/BZR1とPIF4に加え、BIL1/BZR1に核内で相互作用する新規因子を組み合わせて取得したDAP-seqデータからBR応答性遺伝子のプロモーター上における塩基配列パターンの解析が進んでいる。本研究では、BIL1/BZR1と相互作用する複数の転写因子が見出されており、これら転写因子との組み合わせに対してもDAP-seq解析系を適用することで、BIL1/BZR1を介したBR応答性遺伝子の発現調節機構の解明が期待される。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (16 results)

All 2024 2023

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 3 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] BPG4 regulates chloroplast development and homeostasis by suppressing GLK transcription factors and involving light and brassinosteroid signaling2024

    • Author(s)
      Tachibana R, Abe S, Marugami M, Yamagami A, Akema R, Ohashi T, Nishida K, Nosaki S, Miyakawa T, Tanokura M, Kim JM, Seki M, Inaba T, Matsui M, Ifuku K, Kushiro T, Asami T, Nakano T
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 15 Pages: 370

    • DOI

      10.1038/s41467-023-44492-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] BRZ-INSENSITIVE-LONG HYPOCOTYL8 inhibits kinase-mediated phosphorylation to regulate brassinosteroid signaling2024

    • Author(s)
      Chagan Z, Nakata G, Suzuki S, Yamagami A, Tachibana R, Surina S, Fujioka S, Matsui M, Kushiro T, Miyakawa T, Asami T, Nakano T
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: N/A Pages: N/A

    • DOI

      10.1093/plphys/kiae191

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] BIL9 Promotes Both Plant Growth via BR Signaling and Drought Stress Resistance by Binding with the Transcription Factor HDG112024

    • Author(s)
      Surina S, Yamagami A, Miyaji T, Chagan Z, Chung KM, Mitsuda N, Nishida K, Tachibana R, Zhu Z, Miyakawa T, Shinozaki K, Sakuta M, Asami T, Nakano T
    • Journal Title

      Plant & Cell Physiology

      Volume: N/A Pages: N/A

    • DOI

      10.1093/pcp/pcae009

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 植物特異的転写因子のDNA形状読み取りによる遺伝子発現制御2024

    • Author(s)
      宮川拓也, 中野雄司
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: 62 Pages: 160-162

    • DOI

      10.1271/kagakutoseibutsu.62.160

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enhanced Ca2+ binding to EF-hands through phosphorylation of conserved serine residues activates MpRBOHB and chitin-triggered ROS production2023

    • Author(s)
      Hashimoto T, Hashimoto K, Shindo H, Tsuboyama S, Miyakawa T, Tanokura M, Kuchitsu K
    • Journal Title

      Physiologia Plantarum

      Volume: 175 Pages: e14101

    • DOI

      10.1111/ppl.14101

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Clock-regulated coactivators selectively control gene expression in response to different temperature stress conditions in Arabidopsis2023

    • Author(s)
      Kidokoro S, Konoura I, Soma F, Suzuki T, Miyakawa T, Tanokura M, Shinozaki K, Yamaguchi-Shinozaki K
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences of theUnited States of America

      Volume: 120 Pages: e2216183120

    • DOI

      10.1073/pnas.2216183120

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ブラシノステロイド応答遺伝子を発現制御する転写因子のDNA形状認識機構2023

    • Author(s)
      宮川拓也, 中野雄司
    • Journal Title

      バイオサイエンスとインダストリー

      Volume: 81 Pages: 318-320

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 新規ブラシノステロイドシグナル伝達因子BIL7による転写因子制御機構の解明2024

    • Author(s)
      西田快世, 中村佑介, 宮地朋子, 山上あゆみ, 鈴木健裕, 堂前直, 宮川拓也, 松井南, 藤岡昭三, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] ブラシノステロイド新規シグナル伝達因BIL7の発現イネにおける生理機能の解析2024

    • Author(s)
      西本彩乃, 山上あゆみ, 石川典子, 柏原正和, Ganbayar Namuunaa, Bardorj Bujin, 森晶樹, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] ブラシノステロイドシグナル伝達因子BPG4とGLK転写因子による葉緑体制御機構の生化学解析2024

    • Author(s)
      大橋隆生, 立花諒, 山上あゆみ, 宮川拓也, 中野雄司
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 暗所誘導型新規遺伝子BGHsによる黄化芽生えにおける緑化順応制御機構の解析2024

    • Author(s)
      明間莉乃, 立花諒, 山上あゆみ, 田中亮一, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Molecular and structural mechanism underlying the brassinosteroid-responsive transcriptional regulation by the master transcription factor BIL1/BZR12023

    • Author(s)
      Shohei Nosaki, Nobutaka Mitsuda, Shingo Sakamoto, Takeshi Nakano, Masaru Tanokura, Takuya Miyakawa
    • Organizer
      The 24th International Conference on Plant Growth Substances
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 新規因子BIL7によるBRシグナル伝達促進機構の解析2023

    • Author(s)
      西田快世, 中村佑介, 宮地朋子, 山上あゆみ, 野澤彰, 澤崎達也, 鈴木健裕, 堂前直, 宮川拓也, 松井南, 藤岡昭三, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      植物化学調節学会第58回大会
  • [Presentation] ブラシノステロイド新規シグナル伝達因子BIL7の高発現イネにおける種子重量の解析2023

    • Author(s)
      西本彩乃, 山上あゆみ, 石川典子, 柏原正和, Ganbayar Namuunaa, Bardorj Bujin, 森晶樹, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      植物化学調節学会第58回大会
  • [Presentation] ブラシノステロイドシグナル伝達因子BPG4とGLK転写因子による葉緑体制御機構の構造生物学的解析2023

    • Author(s)
      大橋隆生, 立花諒, 山上あゆみ, 宮川拓也, 中野雄司
    • Organizer
      植物化学調節学会第58回大会
  • [Presentation] ラシノステロイド新規シグナル伝達因子BGHsによる脱黄化時の緑化制御機構の解明2023

    • Author(s)
      明間莉乃, 立花諒, 山上あゆみ, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      植物化学調節学会第58回大会

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Published: 2024-12-25  

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