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2023 Fiscal Year Annual Research Report

電位依存性イオンチャネルの機能構造と構造間遷移機構の解析による動作機構解明

Research Project

Project/Area Number 21H02618
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

大澤 匡範  慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 教授 (60361606)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 横川 真梨子  慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 講師 (60648020)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords電位依存性イオンチャネル / 機能構造 / 構造生物学 / 動作メカニズム
Outline of Annual Research Achievements

電位依存性イオンチャネル(VGIC)は、膜電位に応じた特定イオンの膜透過を通じて膜電位を制御し、神経伝達や心臓の拍動を担う膜タンパク質であり、創薬の標的としても重要である。VGICは一般に、膜電位依存的に静止構造・透過性構造・不透過性構造の間を遷移することによりゲートを開閉し、特定のイオンを膜透過させることで膜電位を制御する。しかしながら、これまでに複数の機能構造が原子分解能で明らかになったVGICはなく、膜電位のかかった静止構造や一過的にしか存在しない構造、および、機能構造間の遷移メカニズムは未解明である。
そこで本研究では、化学修飾により未解明である機能構造を安定化する手法を確立し、それぞれの構造の意味を電気生理学的解析により解明するとともに、それらの立体構造をクライオ電子顕微鏡により原子レベルで明らかにすることを目的とする。
本研究では、膜電位依存的に形成される電位依存性K+チャネルKvAPの各機能構造を安定化するために、電位センサードメイン内の2か所にCys変異を導入し両者をSS結合で固定化する。これまでに25種類のダブルCys変異体を調製し、SS結合形成能を評価したところ、5変異体において膜電位非存在下であってもSS結合が形成されることを見出した。
そこで、これらの5変異体がどのような機能状態を反映した構造であるか、電気生理学的に調べるとともに、試料の大量調製法を確立し、電顕での立体構造解析および電気生理学的な性状解析を行った。
これまでに各変異体の大量調製を行い、電顕像を観察しつつ、高分解能での構造解析に適した試料条件(可溶化する界面活性剤の探索および再構成するナノディスクの脂質条件など)の最適化検討行った。その結果、複数の変異体について低分解能ながら立体構造解析に成功した。現在、これらの機能を調べるため、電気生理学的解析を進めている。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (19 results)

All 2023 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (14 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] AI-driven molecular generation of not-patented pharmaceutical compounds using world open patent data2023

    • Author(s)
      Shimizu Yugo、Ohta Masateru、Ishida Shoichi、Terayama Kei、Osawa Masanori、Honma Teruki、Ikeda Kazuyoshi
    • Journal Title

      Journal of Cheminformatics

      Volume: 15 Pages: 120:1~11

    • DOI

      10.1186/s13321-023-00791-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] TDP‐43 N‐terminal domain dimerization or spatial separation by RNA binding decreases its propensity to aggregate2023

    • Author(s)
      Miura Motoki、Sakaue Fumika、Matsuno Hirokazu、Morita Kento、Yoshida Akiko、Hara Rintaro Iwata、Nishimura Ren、Nishida Yurika、Yokogawa Mariko、Osawa Masanori、Yokota Takanori
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 597 Pages: 1667~1676

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14635

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Applying deep learning to iterative screening of medium-sized molecules for protein-protein interaction-targeted drug discovery2023

    • Author(s)
      Shimizu Yugo、Yonezawa Tomoki、Bao Yu、Sakamoto Junichi、Yokogawa Mariko、Furuya Toshio、Osawa Masanori、Ikeda Kazuyoshi
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 59 Pages: 6722~6725

    • DOI

      10.1039/d3cc01283b

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 14-3-3ζによる転写因子FOXO3aの阻害メカニズムの解明2023

    • Author(s)
      榎本翔太, 桑山知也, 中塚将一, 横川真梨子, 河津光作, 中村吏佐, 木村友美, 田辺幹雄, 千田俊哉, 齋藤潤, 佐谷秀行, 大澤匡範
    • Organizer
      第46回分子生物学会年会
  • [Presentation] B-cell translocation gene 2 (BTG2) によるCaf1依存的なpoly(A)分解の促進機構の解明2023

    • Author(s)
      片岡奈緒, 横川真梨子, 石井裕一郎, 城えりか, 高嶋大翔, 沢崎綾一, 寒河江彪流, 尾上耕一, 星野真一, 大澤匡範
    • Organizer
      第46回分子生物学会年会
  • [Presentation] タンパク質-タンパク質相互作用をターゲットとした感染阻害大環状物質の探索と構造活性相関解析2023

    • Author(s)
      米澤朋起, 清水祐吾, 池田和由, 山本雄一朗, 野口耕司, 酒井祥太, 深澤征義, 浅見仁太, 清水敏之, 大戸梅治, 横川真梨子, 大澤匡範
    • Organizer
      第51回構造活性相関シンポジウム
  • [Presentation] 14-3-3ζによる転写因子FOXO3aの阻害メカニズムの解明2023

    • Author(s)
      榎本翔太, 桑山知也, 中塚将一, 横川真梨子, 河津光作, 中村吏佐, 木村友美, 田辺幹雄, 千田俊哉, 齋藤潤, 佐谷秀行,大澤匡範
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] NMR解析により得られたKeap1-Nrf2のPPI阻害化合物のKeap1結合の構造基盤2023

    • Author(s)
      小島行人,石田英子,原田彩佳,米澤朋起,清水祐吾,池田和由,横川真梨子,大澤匡範
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] hACE2に結合してSARS-CoV-2の侵入を阻害する化合物の創製2023

    • Author(s)
      横川真梨子,堀内まほろ,金一駿希,大竹帝河,米澤朋起,清水祐吾,池田和由,山本雄一朗,酒井祥太,野口耕司,深澤征義,大澤匡範
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] SARS-CoV-2スパイクタンパク質に結合してSARS-CoV-2の侵入を阻害する化合物の創製2023

    • Author(s)
      金一駿希,横川真梨子,堀内まほろ,大竹帝河,米澤朋起,清水祐吾,池田和由,山本雄一朗,酒井祥太,野口耕司,深澤征義,大澤匡範
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] Discovery of the middle-sized compounds inhibiting the SARS-CoV-2 viral entry, using in silico approach and NMR analysis2023

    • Author(s)
      Mariko YOKOGAWA, Mahoro HORIUCHI, Shunki KANEICHI, Taiga OTAKE, Tomoki YONEZAWA, Yugo SHIMIZU, Kazuyoshi IKEDA, Yuichiro YAMAMOTO, Shota SAKAI, Kohji NOGUCHI, Masayoshi FUKASAWA, Masanori OSAWA
    • Organizer
      CBI学会2023年大会
  • [Presentation] Structural basis of the inhibition of the Keap1-Nrf2 interaction by novel PPI inhibitors discovered by machine learning2023

    • Author(s)
      Kojima Koujin, Ishida Hanako, Harada Ayaka, Yonezawa Tomoki, Shimizu Yugo, Ikeda Kazuyoshi, Yokogawa Mariko, Osawa Masanori
    • Organizer
      CBI学会2023年大会
  • [Presentation] ALSの原因となるTDP-43の沈殿形成を抑制するRNAの探索2023

    • Author(s)
      西田優理華、西村錬、横川真梨子、坂上史佳、横田隆徳、大澤 匡範
    • Organizer
      第67回日本薬学会関東支部大会
  • [Presentation] HBV PreS1/NTCP相互作用を標的とした阻害剤簡易スクリーニング系の構築2023

    • Author(s)
      堀渕慶太, 入間田早瑛, 山本雄一朗, 横川真梨子, 清水祐吾, 米澤朋起, 池田和由, 浅見仁太,清水敏之, 大戸梅治, 深澤征義, 大澤匡範, 野口耕司
    • Organizer
      第67回日本薬学会関東支部大会
  • [Presentation] ALSの原因となるTDP-43沈殿を抑制するRNAの創製2023

    • Author(s)
      西村 錬, 西田 優理華, 横川 真梨子, 坂上 史佳, 横田 隆徳, 大澤 匡範
    • Organizer
      第20回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム (PPF2023)
  • [Presentation] リン酸化および14-3-3ζの結合による転写因子FOXO3aの機能抑制機構の解明2023

    • Author(s)
      榎本 翔太, 桑山知也, 横川真梨子, 中塚将一, 河津光作, 中村吏佐, 木村友美, 齋藤潤, 佐谷秀行, 大澤匡範
    • Organizer
      第20回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム (PPF2023)
  • [Presentation] NMRを活用したSARS-CoV-2スパイクタンパク質とhACE2の相互作用を標的とするSARS-CoV-2侵入阻害化合物の分子設計2023

    • Author(s)
      横川真梨子, 堀内まほろ, 金一駿希, 大竹帝河, 米澤朋起, 清水祐吾, 池田和由, 山本雄一朗, 酒井祥太, 野口耕司, 深澤征義, 大澤匡範
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会年会
  • [Remarks] 慶應義塾大学薬学部 生命機能物理学講座

    • URL

      https://square.umin.ac.jp/keio-skb/index.html

  • [Remarks] 生命機能物理学:研究:[慶應義塾大学薬学部・薬学研究科]

    • URL

      https://www.pha.keio.ac.jp/research/mfp/index.html

URL: 

Published: 2024-12-25  

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