2021 Fiscal Year Annual Research Report
Investigation of molecular mechanisms for constitutive IRF4 expression in T-cell malignancies
| Project/Area Number |
21H02775
|
|---|
| Research Institution | Hokkaido University |
|---|
Principal Investigator |
中川 雅夫 北海道大学, 医学研究院, 助教 (80435859)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
|
| Keywords | T細胞性リンパ腫 / ATLL / IRF4 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
目的１）成人T細胞性白血病リンパ腫におけるIRF4の恒常的高発現が維持される分子メカニズムの解明とその制御方法の開発
・ CRISPRゲノムワイド遺伝子ノックアウトによるIRF4蛋白発現スクリーニング： 成人T細胞性白血病リンパ腫患者由来細胞株に対して19,114遺伝子を標的としたsgRNAライブラリーをレンチウイルスで感染させ、フローサイトメーターでIRF4低発現分画をソートする。ソート前と比較してソート後に増加した細胞でノックアウトされていた遺伝子を同定する計画で、この予備実験を終えた。
・ 化合物ライブラリーによるIRF4蛋白発現スクリーニング: IRF4発現変化の検出系として、フローサイトメーターを用いたHigh throughput screening (HTS)の系を確立した。北大化合物ライブラリー（約3000個の既存薬を搭載）の中から、成人T細胞性白血病リンパ腫患者由来細胞株のIRF4発現低下をもたらす候補化合物を同定した。
・ 機能的エンハンサー解析:成人T細胞性白血病リンパ腫細胞株と臨床検体のATACseqからIRF4遺伝子座周辺のopen chromatin領域の解析を進めた。
目的２）T細胞性腫瘍全体におけるIRF4恒常的発現異常の分布と頻度
・ 組織マイクロアレイ作成：北日本血液研究会(http://www.njhsg.com)と連携し、T細胞性腫瘍の組織マイクロアレイを作成した。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
CRISPRゲノムワイド遺伝子ノックアウトによるIRF4蛋白発現スクリーニングは予備実験段階で、やや遅れている。化合物ライブラリーによるIRF4蛋白発現スクリーニングについては、検出系を確立し、北大化合物ライブラリーでの一次スクリーニングからすでに候補化合物を同定しており、順調に進んでいる。成人T細胞性白血病リンパ腫細胞株と臨床検体のATACseq解析も順調に進行している。T細胞性リンパ腫203症例を搭載した組織マイクロアレイはすでに完成し、さらに一部免疫染色にも着手できており、当初の計画以上に進んでいる。以上、研究全体としては順調に進行している。
|
| Strategy for Future Research Activity |
CRISPRゲノムワイド遺伝子ノックアウトによるIRF4蛋白発現スクリーニングは本実験に進む。化合物ライブラリーによるIRF4蛋白発現スクリーニングについては、北大化合物ライブラリー（3000個の既存薬を搭載）を用いた一次スクリーニングが終了したので、二次スクリーニングに進む。IRF4発現に寄与する機能的エンハンサーを同定するため、成人T細胞性白血病リンパ腫細胞株と臨床検体のATACseqから同定したIRF4遺伝子座周辺の共通open chromatin領域に対してsgRNAをタイリングするようにデザインしたカスタムレンチウイルスライブラリーを作成し、IRF4低発現を起こすエンハンサー領域を同定する。作成した組織マイクロアレイを用いてIRF4およびその他関連分子の免疫組織染色を行う。IRF4機能を低下させる候補分子や化合物に対して、CAR-T細胞の機能変化を検討する。
|
-
-
-
[Journal Article] Genome-wide CRISPR screen identifies CDK6 as a therapeutic target in adult T-cell leukemia/lymphoma2022
Author(s)
Ishio T, Kumar S, Shimono J, Daenthanasanmak A, Dubois S, Lin Y, Bryant B, Petrus MN, Bachy E, Huang DW, Yang Y, Green PL, Hasegawa H, Maeda M, Goto H, Endo T, Yokota T, Hatanaka KC, Hatanaka Y, Tanaka S, Matsuno Y, Yang Y, Hashino S, Teshima T, Waldmann TA, Staudt LM, Nakagawa M.
-
Journal Title
Blood
Volume: 139
Pages: 1541～1556
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
-
-
-
-
