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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Development of a highly sensitive simple detection method for SARS-CoV-2 to achieve highly accurate diagnosis and elucidation of environmental dynamics

Research Project

Project/Area Number 21H03180
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

山崎 渉  京都大学, 東南アジア地域研究研究所, 教授 (70393262)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 長尾 美紀  京都大学, 医学研究科, 教授 (80523993)
松村 康史  京都大学, 医学研究科, 准教授 (80726828)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords新型コロナウイルス / 高感度検出 / 唾液 / マガキ
Outline of Annual Research Achievements

既存のPEG(ポリエチレングリコール)沈殿法を改良することで、唾液からの新型コロナウイルスの簡易高感度な検出法の開発に成功した(以下「開発法A」)。健康人の唾液に新型コロナウイルス(加熱処理済の非感染性株をATCCから購入して使用)を添加して検出限界を決定した。その結果、磁性ビーズを用いる自動核酸抽出(以下「標準法」)と比較して、開発法Aは安定的に100倍以上高感度な検出が可能であることが明らかになった。さらに、開発法Aよりもウイルス粒子とPEG複合体の肉眼による確認が容易な磁気ビーズを用いた濃縮検出法(以下「開発法B」)を新たに考案し、同様に検出限界を決定した。その結果、開発法Bを用いても、標準法よりも100倍以上高感度な検出が可能であった。
前年度からの課題となっていた唾液成分に起因する濃縮阻害は、2つの前処理を行うことで解決できた【(1)唾液へのセミアルカリプロテネースの室温15分感作。(2)粗遠心処理(4,000-12,000 g・5分)。】。新型コロナウイルス感染症が2023年5月から5類感染症に指定されたことに伴い、多数の臨床サンプルの収集と解析が困難になったため、代替として、収集が容易なブタの口腔液63サンプルを用いて、開発法Aを性能評価した。その結果、ウイルス検出率は標準法では14.2%(9/63)であったのに対し、開発法Aでは36.5%(23/63)を示し、ウイルス検出率が20%以上改善した。開発法Aはヒト以外の動物のウイルス自然感染個体においても有効であることが分かった。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 2 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 5 results)

  • [Int'l Joint Research] ベトナム国立農業大学(ベトナム)

    • Country Name
      VIET NAM
    • Counterpart Institution
      ベトナム国立農業大学
  • [Journal Article] Identification of human-to-primates viral spillover in Southeast Asia2024

    • Author(s)
      Youdill Ophinni, Chika Yamada, Michiko Fujisawa, Ryota Sakamo, Herman Hidaya, Wataru Yamazaki
    • Journal Title

      京都大学研究連携基盤持続可能社会創造ユニット 令和5年度研究成果報告書

      Volume: - Pages: 39~42

  • [Journal Article] Development of a simple and highly sensitive virion concentration method to detect SARS-CoV-2 in saliva2024

    • Author(s)
      Yamazaki Yasuko、Alonso Uxia Alonso、Galay Remil L.、Yamazaki Wataru
    • Journal Title

      medRxiv(プレプリントサーバー)

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2024.04.23.24306243

    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Development of a highly sensitive point‐of‐care test for African swine fever that combines EZ‐Fast DNA extraction with LAMP detection: Evaluation using naturally infected swine whole blood samples from Vietnam2023

    • Author(s)
      Ngan Mai Thi、Thi My Le Huynh、Xuan Dang Vu、Thi Bich Ngoc Trinh、Phan Le Van、Thi Hoa Nguyen、Quang Lam Truong、Thi Lan Nguyen、Notsu Kosuke、Sekiguchi Satoshi、Yamazaki Yasuko、Yamazaki Wataru
    • Journal Title

      Veterinary Medicine and Science

      Volume: 9 Pages: 1226~1233

    • DOI

      10.1002/vms3.1124

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 東南アジアにおけるヒトから霊長類へのウイルス感染の特定2024

    • Author(s)
      Youdill Ophinni, Chika Yamada, Michiko Fujisawa, Ryota Sakamo, Herman Hidaya, Wataru Yamazaki
    • Organizer
      京都大学研究連携基盤持続可能社会創造ユニットミーティング「東南アジアにおける持続可能社会構築に向けた防災・環境・地域研究」
  • [Presentation] Emergency Preparedness in Clinical Laboratories2024

    • Author(s)
      Miki Nagao
    • Organizer
      USJCMSP 24th ICEID
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 東南アジアで流行する動物感染症2023

    • Author(s)
      山崎 渉
    • Organizer
      第105回東南アジア学会
    • Invited
  • [Presentation] Very low likelihood that cultivated oysters are a vehicle for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 : 2021-2022 seasonal survey at supermarkets in Kyoto, Japan2023

    • Author(s)
      Yasuko Yamazaki, Uraiwan Thongchankaew-Seo, Wataru Yamazaki
    • Organizer
      ISWAVLD 2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of a highly sensitive and cost-effective point-of-care test for African swine fever with loop-mediated isothermal amplification detection: evaluation using naturally infected swine whole blood samples from Vietnam2023

    • Author(s)
      Mai Thi Ngan Huynh Thi My Le Vu Ngoc Dang Trinh Thi Bich Ngoc Le Van Phan Nguyen Thi Hoa Truong Quang Lam Nguyen Thi Lan Kosuke Notsu Satoshi Sekiguchi Yasuko Yamazaki Wataru Yamazaki
    • Organizer
      ISWAVLD 2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Point-of-care rapid testing for disease detection2023

    • Author(s)
      Wataru Yamazaki
    • Organizer
      Keeping Up with Contemporary Veterinary Public Health, UPLB
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Socio-ecological background to the frequency of emerging infectious diseases- the need for a planetary health approach as an effective countermeasure2023

    • Author(s)
      Wataru Yamazaki
    • Organizer
      ドイツ日本研究所(DIJ)とSt. Andrews大学による合同ワークショップ
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ポストコロナにおける検査の展望~新興感染症の対応を含めて~2023

    • Author(s)
      長尾美紀
    • Organizer
      日本臨床検査医学会
  • [Presentation] Overcoming COVID-19 pandemic through collaboration between academia and local government2023

    • Author(s)
      Miki Nagao
    • Organizer
      APEC Seminar
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2024-12-25  

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