2021 Fiscal Year Research-status Report
自己免疫疾患におけるレトロエレメントおよびその多型の役割の解明
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21K19501
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
高地 雄太 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (60415156)
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| Project Period (FY) |
2021-07-09 – 2023-03-31
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| Keywords | 自己免疫疾患 / レトロエレメント / ゲノムワイド関連解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ゲノムワイド関連解析（GWAS)によって、多くの自己免疫疾患感受性領域が同定されたが、これらが説明する遺伝性は50%にも満たない。残された遺伝因子として有力なのがゲノム配列の約半分をしめる反復配列である。中でも内在性レトロエレメントは、自然免疫刺激下においてRNAを転写し免疫を活性化する。これには負の制御機構も備わっているが、この制御が破綻すると、自己免疫疾患の発症につながると考えられる。本研究ではその背景にある遺伝因子としてレトロエレメント自体の多型に注目し、日本人のロングリード全ゲノムシークエンスを行うことにより、レトロエレメント多型のカタログを作成する。また自然免疫刺激した細胞を用いて、レトロエレメントRNAの網羅的解析を行い、多型によって発現量に個人差を認めるレトロエレメントRNAを網羅的に明らかにする。また、これらの発現に影響するレトロエレメント多型を自己免疫疾患検体でジェノタイピングし、疾患に関わるものを同定する。本年度は、刺激なし、刺激ありの日本人不死化B細胞株(n=94)のショートリードRNA-seqを行うとともに、一部のサンプルについては、ロングリードシークエンサー（Nanopore社、MinION）を用いたRNA-seqを行った。後者のデータから、RNAのレファレンス配列を作成し、それを基に前者のデータの解析を行い、レトロエレメント由来のRNAの網羅的同定を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
計画通りに、作業を行っている。
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| Strategy for Future Research Activity |
計画通り研究を進める予定。RNA-seqのデータと疾患のゲノムワイド関連解析データの統合作業を行い、疾患の原因となっているレトロエレメント由来のRNAを同定する。
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