2011 Fiscal Year Annual Research Report
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22651077
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
フォレスト アリスター 独立行政法人理化学研究所, ゲノムプロファイル技術開発ユニット, ユニットリーダー (40569084)
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| Keywords | プロモーター / RNA / アンチセンス |
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| Research Abstract |
文献では、プロモーター領域を標的とする短い合成RNAは、E-カドヘリン、およびVEGFAなどの遺伝子の発現を誘導することが報告されています。著者らは、プロモーター領域を対象とした多くの合成RNAをテストしましたが、遺伝子発現誘導の影響は確認されなかった。
本科研費の仕事では、合成RNAは短いプロモーター近位RNAおよび公開されているshortRNAのデータセット(FANTOM4とENCODE)とFANTOM5のデータで示された上流のアンチセンス(UAS)転写物をターゲットに設計されています。SiRNAのトランスフェクション効率はセンス転写産物(標的遺伝子)、およびUASの転写に対してqRT-PCRを用いて測定した。またコーディング転写産物に対するコントロールsiRNAも含めてある。
概要:
1. プライマーは、25の標的遺伝子と、推定された上流のアンチセンス転写物(UAS)に対して設計されており、3つの細胞株に対してPCRにより増幅することが確認された。
2. 25UASの転写産物に対する45種類のsiRNAを、2細胞株に導入実験した。
3. 9UAS-siRNAは、ターゲットのUAS転写物の発現を30%以上減少させた。(RB1、MYC、PAX4、p53の、CD14、INS、Mir9-1に対するUAS)。コントロールsiRNA(SPI1およびPAX4に対するsiRNA)のKD効率は83%および84%でより効果的であった。
4. 13UAS-siRNAはターゲットのUAS転写物の発現を30%以上誘導していた。(SPI1、MYB、VEGFA、WT1、HES1、SOX2、EGR2、PAX4、SOX2、NANOGに対するUAS)。
5. 5UAS-siRNAはセンス転写産物の発現を3%以上減少させていた(CD14、EGR1、INS、MYB、PAX4)。
6. 4UAS-siRNAはセンス転写産物の発現を30%以上誘導していた(EGR2、MAFB、SPI1、MNOG)。
7. MYC、PAX4、SPI1転写産物に対するコントロールsiRNAも、UAS転写物の発現を減少させた。
結論:UAS転写物をターゲットにしたsiRNAによるKDの影響は様々であった。いくつかのsiRNAはセンス転写物の発現を誘導し、いくつかのsiRNAは反対に減少させた。一般的にシスターゲット発現は30-60%の中度の増加または減少が確認された。本研究は現時点ではまだ論文投稿まで到達していません。本研究を継続し、別の予算を使用して、2012年度内には論文投稿、発表を行う予定である。
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