ポストメタゲノムに向けたRNA安定同位体解析技術の確立

2010 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 22658107
• Research Institution: Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
• Principal Investigator: 布浦 拓郎 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, 主任研究員 (60359164)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 高野 淑識 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, 主任研究員 (80399815)
• Keywords: 微生物 / 安定同位体 / 核酸

Research Abstract

本研究の目的は、リボソームRNA(rRNA)を対象とする新しい安定同位体化学による新たな『環境オミクス』方法論の確立である。近年、メタゲノム解析等環境オミクス解析が一般化しつつあるが、微生物の系統を示す情報(rRNA遺伝子等の分子マーカー)と実際の微生物機能を結びつけることは容易ではない。そこで、本研究では環境オミクス研究において由来微生物とその代謝機構を結びつける新たな技術開発を試みるものである。
平成22年度の研究目標は、生細胞に由来し、由来微生物を確定出来るrRNAをマーカーとし、その微生物の炭素、窒素代謝を探求する安定同位体化学を確立するため、各種微生物のrRNAを構成する炭素、窒素の同位体分別効果を検討し、rRNAを用いた安定同位体化学の基礎となるデータベースを構築すること、また、高感度な測定システムを構築することであった。しかし、本研究で使用を予定していた同位体マスにおいて、秋に予定していた高感度化へ向けた新たな機器が納期の遅れにより、3月に延期されたこと、また導入した機器を組み込んだ分析ラインの最適化及びブランクデータの検定に2ヶ月以上所要することから、22年度における試料の安定同位体比測定を行うことはできなかった。そのため、解析システムの構築は、平成23年度において、高速液体クロマトグラフ/電子スプレーイオン化法(ポジティブイオンモード)により、デオキシリボヌクレオチドのソフトイオン化および分離検出の最適化を行ない、微量な試料を用いた安定同位体解析システムの構築を行った。