2013 Fiscal Year Annual Research Report
次世代シークエンサーを用いた人工・自然雑種の遺伝子発現ネットワーク解析
| Project/Area Number |
22687021
|
|---|
| Research Institution | National Institute of Genetics |
|---|
Principal Investigator |
長田 直樹 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教 (70416270)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2014-03-31
|
| Keywords | ゲノム進化 / 異質倍数体 / 遺伝子発現 |
|---|
| Research Abstract |
本年度は台湾産A. kamchaticaのゲノム配列解析およびトランスクリプトーム解析を行った．これまでにえら得たデータをもとに，新たに日本のA. halleriゲノムをアセンブルし，およそ174M塩基対のドラフト配列を得ることができた．このドラフトゲノム配列とこれまでに公開されているA.lyrataゲノム配列の整列を行い，反復配列を除く全ゲノムのおよそ50%についてゲノム整列データを得ることができた．整列可能部分が予想より少なかったことについては様々な原因が考えられ，今後の検討課題とするが，適切に整列された部分については問題がないと判断し，その後の解析を行った．得られた仮の異質倍数体ゲノムに対して実際のA. kamchaticaデータ（日本，台湾およびA. kamchatica kawasakiana）のマッピングを行った．ゲノムの十分な被覆度のデータを得ることができ，そのデータから，ゲノム特異的に起こった系統特異的な遺伝子欠失の推定などを行った．また，数座位については集団から得られたサンプルをもとに解析を行い，集団内，集団間での変異パターンを特定した．
|
| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
|
Research Products
(6 results)
-
[Journal Article] Whole genome sequencing of Tibetan macaque (Macaca thibetana) provides new insight into the macaque evolutionary history2014
Author(s)
Zhenxin Fan, Guang Zhao, Peng Li, Naoki Osada, Jinchuan Xing, Yong Yi, Lianming Du, Pedro Silva, Hongxing Wang, Ryuichi Sakate, Xiuyue Zhang, Huailiang Xu, Bisong Yue*, Jing Li
-
Journal Title
Mol. Biol. Evol.
Volume: online advance
Pages: online advance
DOI
Peer Reviewed
-
-
-
-
-
