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2023 Fiscal Year Research-status Report

Structural analysis of metal Inhibition Mechanisms in Photosystem II

Research Project

Project/Area Number 22K06100
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

梅名 泰史  名古屋大学, シンクロトロン光研究センター, 准教授 (10468267)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Keywords光合成 / アンテナタンパク質 / 重金属イオン
Outline of Annual Research Achievements

シアノバクテリアにおける光合成の水分解・酸素発生の反応中心の光化学系II蛋白質には、光エネルギーを供給するアンテナ蛋白質フィコシアニンは(PC)が結合している。今年度の研究では、PCに重金属の水銀、鉛、銅イオンが結合する阻害様式をそれぞれの金属イオンを含む溶液を加えた結晶構造解析法によって明らかにできた。水銀及び銅イオンはPCの色素分子フィコシアノビリン(PCB)に結合し、鉛イオンはPC分子の境界に結合していた。水銀イオンが結合したPCでは、PCBのポリフィリン環が水銀イオンを取り囲む配位構造に変化しており、水銀イオンが不可逆的に溶け出しにくい、強固に取り込まれた構造となっていた。なお、PCに結合している3つのPCBの内の1つだけが、水銀と銅イオンと結合しており、他の2つのPCBには重金属イオンが影響しない構造になっていた。このことは、これまでのPCの光吸収スペクトルの分析からも、スペクトルが完全に変わるわけでなく、強度の減衰に留まっていることからも示されていた。これは、PCが重金属イオンの阻害を受けるが、結合場所を制限することで、ある程度のPCBの機能を残して、シアノバクテリアが生存できるよにうになっていると思われる。一方で、強固に水銀イオンが結合する仕組みは、PCをもつシアノバクテリアを使って、環境から水銀イオンを排除する方法につながることが期待される。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本来予定していた光化学系IIタンパク質(PSII)に重金属イオンが結合した構造解析を行う予定であったが、PSIIの機能を補うタンパク質のアンテナタンパク質のフィコシアニン(PC)に重金属イオンが結合して阻害する結合様式を明らかにできた。予定していた結果とは異なるが、光合成の重金属イオンの阻害機構の解明につながっており、概ね研究は順調に進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

引き続きこれまでに得られている、アンテナタンパク質フィコシアニンにおける重金属イオンの阻害様式を詳細に分析する。また、本来の目的である、反応中心タンパク質の光化学系IIタンパク質に重金属イオンが結合した結晶構造解析に取り組み、水分解・酸素発生反応への影響を明らかにすることを目指す。

Causes of Carryover

本年度の研究では、目的の研究を実施するにあたってそれほど経費を必要としなかったためであり、最終年度に論文化における翻訳や出版費用を確保するために次年度に繰り越しを行った。

  • Research Products

    (14 results)

All 2024 2023

All Journal Article (4 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 5 results)

  • [Journal Article] The Blinking of Small-Angle X-ray Scattering Reveals the Degradation Process of Protein Crystals at Microsecond Timescale2023

    • Author(s)
      Arai Tatsuya、Mio Kazuhiro、Onoda Hiroki、Chavas Leonard M. G.、Umena Yasufumi、Sasaki Yuji C.
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 24 Pages: 16640~16640

    • DOI

      10.3390/ijms242316640

  • [Journal Article] Observation of energy transfer dynamics in a phycocyanin protein crystal by utilizing femtosecond transient absorption microscopy2023

    • Author(s)
      Katayama Tetsuro、Ueda Shuto、Fujita Yuma、Akagi Yuichiro、Koinkar Pankaj、Umena Yasufumi、Furube Akihiro
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 62 Pages: SG1045~SG1045

    • DOI

      10.35848/1347-4065/acc3a9

  • [Journal Article] Biological Advantage of the Arrangements of C-Phycocyanin Chromophores in Phycobilisome from the Electronic Energy Transfer Viewpoint2023

    • Author(s)
      Mishima Kenji、Shoji Mitsuo、Umena Yasufumi、Shigeta Yasuteru
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 96 Pages: 381~393

    • DOI

      10.1246/bcsj.20220334

  • [Journal Article] Development of serial X-ray fluorescence holography for radiation-sensitive protein crystals2023

    • Author(s)
      Ang Artoni Kevin R.、Umena Yasufumi、Sato-Tomita Ayana、Shibayama Naoya、Happo Naohisa、Marumi Riho、Yamamoto Yuta、Kimura Koji、Kawamura Naomi、Takano Yu、Matsushita Tomohiro、Sasaki Yuji C.、Shen Jian-Ren、Hayashi Kouichi
    • Journal Title

      Journal of Synchrotron Radiation

      Volume: 30 Pages: 368~378

    • DOI

      10.1107/S1600577522011833

  • [Presentation] あいちSRの名古屋大学硬X線回折ビームラインBL2S12024

    • Author(s)
      梅名泰史,小野田浩宜, Chavas Leonard
    • Organizer
      第37回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
  • [Presentation] フェムト秒顕微過渡吸収分光法を用いた単一結晶中フィコシアニン三量体間のエネルギー移動反応の観測2023

    • Author(s)
      片山哲郎, 上田柊斗, 古部昭広, 梅名泰史
    • Organizer
      第61回生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 光合成アンテナ蛋白質フィコシアニンにおける光エネルギー移動の構造研究2023

    • Author(s)
      梅名泰史, 片山哲郎, 高山 友理子, 中根 崇智
    • Organizer
      第61回生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 人工光合成のお手本となる天然の光合成タンパク質の構造を見る2023

    • Author(s)
      梅名泰史
    • Organizer
      SAT テクノロジー・ショーケース 特別シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 光合成活性中心の構造解析2023

    • Author(s)
      梅名泰史
    • Organizer
      第二回量子技術研究テーマの交流会
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質結晶高速解析のための音響細胞整列技術の開発2023

    • Author(s)
      檜垣僚冶, 梅名泰史, 片山哲郎, 磯崎瑛宏
    • Organizer
      第48回化学とマイクロ・ナノシステム学会研究会
  • [Presentation] 光合成アンテナ蛋白質フィコシアニンにおける光エネルギー移動の構造研究2023

    • Author(s)
      梅名泰史, 片山哲郎, 高山 友理子, 中根 崇智
    • Organizer
      第13回日本光合成学会年会
  • [Presentation] あいちSRの名古屋大学X線回折ビームラインBL2S1の即応性と多様性の利用支援2023

    • Author(s)
      梅名泰史,小野田浩宜, Chavas Leonard
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学年会
  • [Presentation] The in vivo macromolecular crystallization platform at Nagoya University2023

    • Author(s)
      CHAVAS Leonard,梅名泰史,小野田浩宜,寺田智樹,千見寺浄慈,GHOSH Swagatha,徳永 恵津子
    • Organizer
      令和5年度日本結晶学会年会
    • Invited
  • [Presentation] あいちSRの名古屋大学X線回折ビームラインBL2S1の即応性と多様性2023

    • Author(s)
      梅名泰史,小野田浩宜, Chavas Leonard
    • Organizer
      令和5年度日本結晶学会年会

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Published: 2024-12-25  

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