2022 Fiscal Year Research-status Report
シングルセル解析を用いたオートファジー依存型結石抑制遺伝子の同定
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22K09508
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
海野 怜 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 助教 (40755683)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田口 和己 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 講師 (00595184)
安藤 亮介 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 教授 (30381867)
安井 孝周 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 教授 (40326153)
岡田 淳志 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 准教授 (70444966)
杉野 輝明 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 助教 (70881746)
濱本 周造 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 講師 (80551267)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 尿路結石 / シングルセル / RNA sequencing |
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| Outline of Annual Research Achievements |
まずは、seq-well方法を用いたsingle cell RNA seqencing前までの組織の処理、準備を確立した。手順としては、採取した新鮮組織を消化酵素処理し、全細胞を単離後、バーコードを付加したビーズ処理を行った後、バーコード配列を有したcDNAを作成しました。cDNAを増幅させ、libraryを作成した。それを次世代シークエンサーを用いてsequencingを行い、得られた結果を共同研究先であるUCSFのHuangラボと分析を行いました。用いる組織は、結石患者では尿管結石のため内視鏡手術ではなく腎全体を摘出することになった組織のうち、腎乳頭を含む皮質から乳頭部までを用いました。非結石患者は、局所腎癌のため腎摘出術を行なった患者の、正常部分の腎乳頭を含む皮質から乳頭部までを用いました。結石患者と非結石患者それぞれ10検体ずつ腎組織を用いて、sequenceと分析を行いました。クラスタリング(heatmap)を行ったところ15のサブクラスター(細胞集団)が同定されました(UMAP: Uniform Manifold Approximation and Projectio,dimension reduction technique for visualization.)。特に、従来言われていた腎臓を構成する細胞群だけではなく、特に免疫細胞のあらたなサブクラスターを見出しました。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
組織の処理、sequencingなど順調に進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、サブクラスタリング解析を進め、尿路結石形成に関わるシグナルや遺伝子などを同定する予定です。
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| Causes of Carryover |
次世代シークエンサーを用いたシングルセルRNAシークエンスによる尿路結石関連因子を同定することを目的とした研究である。計画自体は順調な滑り出しであったがCOVID-19による通常の医療業務が大幅に変更となり、予定してていた研究を進めることができなかった。また国際・国内学会出張も計画していたが、出張することもできなかった。このため次年度使用が生じた。
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