2023 Fiscal Year Research-status Report
卵巣高異型度漿液性癌のシングルセルHRDの解析と腫瘍内不均一性の解明
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22K09606
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| Research Institution | Kindai University |
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Principal Investigator |
高矢 寿光 近畿大学, 医学部, 講師 (60734689)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
松村 謙臣 近畿大学, 医学部, 教授 (20452336)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 卵巣癌 / HRD |
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| Outline of Annual Research Achievements |
前年度に行った卵巣高異型度漿液性癌(HGSC)9例に加えて，再発腫瘍の手術組織検体を有する6例において，初発時と再発時の腫瘍DNAを抽出し，Oncoscan FFPE Assay(ThermoFisher Scientific)を用いたSNPアレイデータから，我々の開発したプログラムを用いてHRD解析を行った．初発時と再発時の腫瘍におけるHRDスコアに有意な変化は認められなかった．そこで，化学療法後の腫瘍と再発時の手術組織検体を有する3例において，同様にSNPアレイデータからHRDスコアを計算したところ，3例中2例で化学療法後に減少したHRDスコアが再発時には再上昇するという結果を得た．そこで，これら3例においてBRCA1/2遺伝子の変異について解析するために，Oncomine BRCA Research Assay (ThermoFisher Sientific)を用いてBRCA1/2遺伝子のターゲッ トシークエンスを行い，BRCA1/2遺伝子におけるヘテロ接合性の欠失(LOH)の有無と合わせて化学療法前後と再発時での変化を解析した.その結果，BRCA1遺伝子変異は2例に認められ，いずれも化学療法前には遺伝子座特異的LOHを有していたが，化学療法後は2例とも化学療法前と同じBRCA1遺伝子変異を認めていたが，遺伝子座特異的LOHは1例では化学療法後も認められたがもう1例では消失していた．再発時には2例ともBRCA1遺伝子変異は消失していた．化学療法前後の腫瘍を有する5例についてBRCA1/2遺伝子変異および同遺伝子座におけるLOHを解析したところ，1例でBRCA1遺伝子の変異が2箇所認められたが，化学療法後には1箇所のみのBRCA1遺伝子変異が認められ，化学療法後の検体でのBRCA1遺伝子変異およびLOH，HRDスコアは正確な腫瘍の性質を表さない可能性が示唆された．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
本年度はパブリックデータの解析に加えて自験例でのHRD解析を進める予定であったが，本年度に得られた結果からさらなるHRD解析およびBRCA1/2遺伝子解析を行う方針としており，パブリックデータの解析が遅れている．
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| Strategy for Future Research Activity |
HGSCの再発時手術組織がある2症例について，ターゲットシークエンスを用いたBRCA1/2遺伝子変異解析とLOH解析を行い，初発時と再発時のBRCA1/2遺伝子についての比較を行う。その後、BRCA1/2遺伝子変異を有するHGSCのシングルセルRNA-seqによるパブリックデータを用いたデータ解析を行う．シングルセル解析のデータから1細胞コピー数解析ソフトを用いたコピー数解析を行い，HRDスコアを解析するためのプログラムを開発する．
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| Causes of Carryover |
本年度に行う予定であった自験例での腫瘍ゲノム解析が，データ解析の関係で次年度に繰り越されることとなった．次年度では自験例での症例についてBRCA1/2遺伝子のターゲットシークエンスを追加する．
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Research Products
(1 results)
