2023 Fiscal Year Research-status Report
Establishing the methods to re-develop B-chromosome biology
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22K19349
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan University |
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Principal Investigator |
野澤 昌文 東京都立大学, 理学研究科, 准教授 (50623534)
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| Project Period (FY) |
2022-06-30 – 2025-03-31
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| Keywords | B染色体 / ショウジョウバエ / Y染色体 / 遺伝子発現 / 性染色体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度はB染色体を持つDrosophila asahinai（アサヒナショウジョウバエ、以降アサヒナ）のB有系統のメスについてヘテロクロマチン濃縮アセンブリを行い、B無系統のメスとの比較により、候補B染色体配列約9Mbpを同定した。また、B無系統のオスについても同様にヘテロクロマチン濃縮アセンブリを行い、メスゲノムと比較した結果、約3Mbpの候補Y染色体配列を同定した。両染色体には相同な遺伝子が5つ見つかった。さらにどっとプロット解析やシミュレーションによる解析を行った結果、候補B染色体配列と候補Y染色体配列は、同じ長さの配列をゲノムからランダムに抽出した場合と比べて有意に相同性が高いことが分かった。このことは、B染色体とY染色体に何らかの進化的関連性が存在することを示唆する。
現在、B染色体の機能と存在意義を明らかにすべく、核型観察を行わずにB染色体の有無を判定する方法を確立するため、B染色体特異的に増幅するプライマーの設計を試みている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ヘテロクロマチン濃縮アセンブリにより、昨年度に比べて候補B染色体配列、候補Y染色体配列をより多く同定できたため。また、両者に進化的関連性がある可能性を明らかにできたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
HiFi-seqやオプティカルマッピングを用いて、さらに完全な候補B染色体配列、候補Y染色体配列の同定に注力する。また、B染色体、Y染色体を特異的に増幅するプライマーを作成し、qPCRによってB染色体の本数、Y染色体の有無を判別する系を確立する。確立した系を用いて、環境条件によるB染色体の遺伝率の違いの有無などを検証する。
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| Causes of Carryover |
予定していた試薬の納期が年度内に間に合わないことが判明したため。
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