2022 Fiscal Year Research-status Report
Exploring Suicide Prevention and Diagnostic Biomarkers for Bipolar Disorder Using Liquid biopsy
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22K21150
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| Research Institution | Osaka Metropolitan University |
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Principal Investigator |
影山 祐紀 大阪公立大学, 大学院医学研究科, 講師 (90964891)
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| Project Period (FY) |
2022-08-31 – 2024-03-31
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| Keywords | 双極性障害 / バイオマーカー / エクソソーム / リキッドバイオプシー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、同一双極性障害患者のうつ状態期(n=30)、寛解期(n=30)、健常者(n=30)の血漿を用いて血中脳由来エクソソーム内のトランスクリプトーム解析を行う。うつ状態期と寛解期の比較を行い、有意に発現レベルの変動が見られた転写因子に着目し、双極性障害の抑うつ状態と希死念慮を反映する転写因子の分子生物学的な機構をPathway analysisおよびgene ontology analysisにより探索する。
現在、双極性障害のうつ状態と寛解状態の血液サンプルを同一患者で30対収集する予定のうち、27対が収集済みであり、予定数の達成は十分見込める状態になってきている。
予備実験として、研究実施者が保有するうつ病40名、双極性障害15名、健常者15名の血中脳由来エクソソームトランスクリプトームデータセットのEnrichr解析を行った。既存の脳由来RNAseqデータベースと比較を行なったところ、fetal brain cortex, midbrain, prefrontal cortex, およびneural epitheriumの領域で有意に相関する結果が得られた。また、multiple testingの補正後でも、fetal brain cortexとmidbrainの領域で有意な相関を認めた。また、リアクトームパスウェイ解析においても脳の情報を保有していることが分かった。これらのことから、血液から脳の情報を得るというProof-of-Conceptが立証された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
双極性障害のうつ状態と寛解状態の血液サンプルを同一患者で30対収集する予定のうち、現在27対が収集済みであり、予定数の達成は十分見込める状態になってきている。
予備実験において、血液中神経神経由来エクソソームのRNAseqデータのEnrichr解析を行い、既存の脳由来RNAseqデータベースと比較して有意に相関する結果が得られ、血液から脳の情報を得るというProof-of-Conceptが立証された。
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| Strategy for Future Research Activity |
残り3対の双極性障害のうつ状態と寛解状態の血液サンプルを収集し、ライブラリの作成を申請者が行い、理研ジェネシス社にRNAseqの依頼を行い、申請者がデータ解析を行う。
うつ状態期と寛解期の比較し、有意に発現レベルの変動が見られた転写因子に着目し、双極性障害の抑うつ状態と希死念慮を反映する転写因子の分子生物学的な機構Pathway analysisおよびgene ontology analysisにより探索する。
また、Spearmanの順位相関係数を用いて抑うつ状態および希死念慮と有意な相関を持つ転写因子を特定する。双極性障害寛解期と健常者のトランスクリプトームデータを用いて両者を区別するアルゴリズムを機械学習により作成する。
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| Causes of Carryover |
RNAseq外注を行う予定であったがまだサンプル数が予定数に到達していないため延期した。
次年度使用額はRNAseq外注に用いる。
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