2023 Fiscal Year Research-status Report
被子植物における分子進化速度と生態的特性の相互作用の解析
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22KJ0490
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
片山 なつ 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授
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| Project Period (FY) |
2023-03-08 – 2025-03-31
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| Keywords | 分子進化速度 / 被子植物 / 生態的特性 / 突然変異率 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、被子植物全体において、分子進化速度の変更パターンと生態的特性との関連性を解明することを目的としている。第２年度は、第１年度に引き続き、本解析のための被子植物大規模系統情報と生態的形態的表現型データセットの整備をおこなった。被子植物の大規模系統情報については、被子植物約600種、410シングルコピー遺伝子をもちいたOneKP (2019)の系統樹情報を用いることとした。これにより少数の特定の遺伝子のみに偏らない分子進化速度の検出が可能になると共に、特定の機能の遺伝子に対する選択圧の検出など、分子進化速度以外の解析が可能となる。生態的特性については、水生性、寄生性、食虫性の３つの生態的特性を用い、文献調査により各特性が単系統になるクレードとその姉妹クレードのペアを系統樹から抽出した。それら姉妹群ペアとその外群を構成するアライメント配列を用いて系統樹を再構築し、姉妹群の共通祖先ノードからの枝長を推定し、クレード内の平均枝長を取得することとした。さらに、先行研究により分子進化速度と有意な相関が報告されている植物の体サイズ情報としてTRY Plant Trait データベースにあるmax plant heightも解析に加えることとした。現在、データの抽出と精査を行なっている。今後、姉妹群ペア間での枝長の差と相関する生態的特性についての解析を実施し、分子進化速度の変更パターンと生態的特性との関連性の解析を実施する。さらに遺伝子ごとにも生態的特性と分子進化速度の関係について解析を行なうことで、分類群や遺伝子の進化的歴史の推定を行なう。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
第二年度は、年度途中で所属機関の異動があり、研究の中断を余儀なくされた。一方で、新たな研究室で学生と共に本研究を行なっており、順調に解析が進行している。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在、学生と共に本研究課題を進行中であり、順調にすすんでいる。第三年度はデータの抽出と精査が終わり次第、相関解析や遺伝子ごとの選択圧の検出などの解析にすすむことができると考えている。一方で、解析に用いる系統樹データセットや分子進化速度の取得法、統計解析には様々な方法がある。現在行なっている手法で予想通りの結果が得られない可能性もあるが、そうした場合にも、解析方法について様々に検討することが可能である。
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| Causes of Carryover |
予定していた共同研究者との研究打ち合わせと植物譲渡のための出張費について、相手方機関の共同利用研究の予算を使用したため、次年度使用額が生じた。数万円の金額であるため、次年度の研究に必要な出張費用や消耗品費として使用する予定である。
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Research Products
(3 results)
