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2014 Fiscal Year Annual Research Report

生命現象の階層ダイナミクスの実空間モデリング

Research Project

Project/Area Number 23240044
Research InstitutionDoshisha University

Principal Investigator

吉川 研一  同志社大学, 生命医科学部, 教授 (80110823)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 元池 育子  東北大学, 情報科学研究科, 准教授 (70347178)
湊元 幹太  三重大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (80362359)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2016-03-31
Keywords時空間秩序 / 生命物理学 / ゲノムDNA / 人工細胞モデル / 形態形成のモデル / DNA二本鎖損傷 / DNA高次構造 / 細胞サイズ小胞
Outline of Annual Research Achievements

生命体は、時間的・空間的秩序を自ら創りだしながら、生命活動を営んでいる。生命の動作原理は、明らかに、これまで人類が造りだし利用してきた“機械”とは異なっている。本研究では、生命機能の中でも、1)ゲノムDNAの高次構造相転移と遺伝情報の自律的制御、2)実空間上のモデル細胞構築による細胞機能の理解、3)多細胞系における時空間秩序の自己形成(非チューリングモデルの検証)、の3つの課題について、実空間上のモデルによる実験・観察と、数理物理的な手法を統合して研究を推進した。本年度の特筆すべき成果としては、208kbpの巨大DNAについて、線状の分子と環状の分子の水溶液中での高次構造を、単一分子観察の手法にて定量的に計測した結果、環状DNA分子のゆらぎの大きさは、線状分子よりも約40%減少していることを明らかにした。さらにゆらぎの緩和時間は、環状のほうが一桁も短くなっていることが分かった。巨大DNAのゆらぎに関するほぼ初めての研究であり、今後生命活動との関連で、このゆらぎの変化を系統的にしらべることは大きな意味があると思われる。更に人工的なモデル細胞系に関する課題についても、PEGとDextranの2種類の水溶性高分子存在下、細胞サイズの小胞が自発的に生成し、しかも、生じた液滴はDNAを選択的に取り込むことを見出した。このような、簡単なモデル細胞系を対象にして、集光レーザを用いることにより、細胞融合のモデル実験を行うことにも成功している。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (20 results)

All 2015 2014 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 5 results,  Acknowledgement Compliant: 8 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 5 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (3 results)

  • [Int'l Joint Research] Nesmeyanov Institute/Moscow(ロシア連邦)

    • Country Name
      RUSSIA FEDERATION
    • Counterpart Institution
      Nesmeyanov Institute/Moscow
  • [Int'l Joint Research] College of Staten Island/City University of New York/NY(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      College of Staten Island/City University of New York/NY
  • [Int'l Joint Research] Shaoxing University/Shaoxing(China)

    • Country Name
      China
    • Counterpart Institution
      Shaoxing University/Shaoxing
  • [Journal Article] The evolution of spatial ordering of oil drops fast spreading on a water surface2015

    • Author(s)
      Daigo Yamamoto, Chika Nakajima, Akihisa Shioi, Marie Pierre Krafft and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 6 Pages: 7189

    • DOI

      10.1038/ncomms8189

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Mode bifurcation of a bouncing dumbbell with chirality2015

    • Author(s)
      Yoshitsugu Kubo, Shio Inagaki, Masatoshi Ichikawa and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Phys.Rev.E

      Volume: 91 Pages: 052905

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.91.052905

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Marked difference in conformational fluctuation between giant DNA molecules in circular and linear forms2015

    • Author(s)
      Takafumi Iwaki, Tomomi Ishido, Ken Hirano, Alexei Lazutin, Valentina V. Vasilevskaya, Takahiro Kenmotsu and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 142 Pages: 145101

    • DOI

      10.1063/1.4916309

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Roughening Dynamics of Radial Imbibition in a Porous Medium2015

    • Author(s)
      Yongjun Chen, Shun N. Watanabe and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      J. Phys. Chem.

      Volume: 119 Pages: 12508/12513

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.5b03157

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Does DNA Exert an Active Role in Generating Cell-Sized Spheres in an Aqueous Solution with a Crowding Binary Polymer?2015

    • Author(s)
      Kanta Tsumoto, Masafumi Arai, Naoki Nakatani, Shun N. Watanabe and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Life

      Volume: 5 Pages: 459/466

    • DOI

      10.3390/life5010459

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A toy model for nucleus-sized crowding confinement2015

    • Author(s)
      Chwen-Yang Shew and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      J. Phys. Cond. Matt.

      Volume: 27 Pages: 064118

    • DOI

      10.1088/0953-8984/27/6/064118

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Steadily oscillating axial bands of binary granules in a nearly filled coaxial cylinder2015

    • Author(s)
      Shio Inagaki, Hiroyuki Ebata and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 91 Pages: 010201(R)

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.91.010201

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Compaction of Double-Stranded DNA by Negatively Charged Proteins and Colloids2015

    • Author(s)
      Anatoly A. Zinchenko and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Current Opinion in Colloid and Interface Science

      Volume: 20 Pages: 60/65

    • DOI

      10.1016/j.cocis.2014.12.005

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] ゲノムDNAの二本鎖切断-超音波・ガンマ線・光励起の比較-2015

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      電子情報通信学会、超音波・応用音響研究会
    • Place of Presentation
      同志社大学(京都府京田辺市)
    • Year and Date
      2015-01-29
    • Invited
  • [Presentation] A working hypothesis on the self-control of whole genome2014

    • Author(s)
      K. Yoshikawa
    • Organizer
      Stem Cells and Devices International SPIRITS Symposium
    • Place of Presentation
      京都府京都市
    • Year and Date
      2014-10-02
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Phase-transition of genomic DNA2014

    • Author(s)
      K.Yoshikawa
    • Organizer
      Graduate School of Biostudies & iCeMS Joint Symposium
    • Place of Presentation
      京都大学(京都府京都市)
    • Year and Date
      2014-09-22
    • Invited
  • [Presentation] Real-world Modeling of Living System with Surfactant:Self-organized Structure and Dynamic Function2014

    • Author(s)
      K. Yoshikawa
    • Organizer
      20th Internaional Symposium on Surfactants in Solution
    • Place of Presentation
      Coimbra, Spain
    • Year and Date
      2014-06-22 – 2014-06-27
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 混雑するミクロ環境下で働くゲノムDNA2014

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      細胞生物学会
    • Place of Presentation
      京都大学(京都府京都市)
    • Year and Date
      2014-06-11 – 2014-06-13
    • Invited
  • [Remarks] 同志社大学生命医科学部生命物理学研究室

    • URL

      http://dmpl.doshisha.ac.jp/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 上皮間葉転換阻害剤及び癌転移治療剤2015

    • Inventor(s)
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Holder
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2015-053282
    • Filing Date
      2015-03-17
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 固体物体を運動させる方法、及び、送液ポンプ2014

    • Inventor(s)
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Holder
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2014-089195
    • Filing Date
      2014-04-23
  • [Patent(Industrial Property Rights)] レーザーを用いて細胞を配列方法2014

    • Inventor(s)
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Holder
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2014-184193
    • Filing Date
      2014-09-10

URL: 

Published: 2017-01-06   Modified: 2022-02-16  

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