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2012 Fiscal Year Annual Research Report

ポリコム群抑制クロマチン形成におけるCpG配列認識の意義の解明

Research Project

Project/Area Number 23249015
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

古関 明彦  独立行政法人理化学研究所, 免疫器官形成研究グループ, グループディレクター (40225446)

Project Period (FY) 2011-04-01 – 2016-03-31
KeywordsCpGアイランド / CXXCモチーフ / SRAドメイン / Cxxc5 / Np95/UHRF1
Research Abstract

CpGアイランド(CGI)は、哺乳類では,転写開始点付近に集中的に局在している。ES細胞を用いたゲノムワイド解析から、1kb以上の長いCGIはDNAメチル化を受けづらく、エピジェネティック制御因子のひとつであるポリコム群による制御を受け易い一方、短いCGI(特に0.5kb以下)は軽度のDNAメル化を受け、メチル化依存的な制御を受ける。これらの観察は,CGIがエピジェネティック制御のためのプラットフォームとなっていること、そして、その長さやDNAメチル化状態がエピジェネティック制御の選択性を決定する因子となっている可能性を示している。本研究では,CGIがどのように認識されてポリコム群による抑制クロマチンを樹立するのか、CpG配列のメチル化状態を読み取りうる構造であるCXXCモチーフとSRAドメインに焦点を絞った解析を開始した。CXXCモチーフタンパクをコードするCxxc1遺伝子について、ノックアウトマウス、コンディショナルノックアウトES細胞、タンパク複合体の解析を行った。Cxxc1ノックアウトマウスでは、胎生初期に致死となる。それに呼応して、コンディショナルノックアウトES細胞においても、Cxxc1をノックアウトすると細胞増殖が障害された。細胞増殖の異常に先立って、遺伝子発現の異常が観察され、ポリコーム群の標的遺伝子群は発現が脱抑制されるのに対し、H3K4メチル化だけを受ける遺伝子群では発現の抑制が見られた。ポリコーム群の標的遺伝子群においては、H3K27メチル化に変化は見られなかったもの、PRC1の結合に大きな変化があることが明らかになった。PRC1とCxxc1の間には直接的な結合は見られず、Cxxc1はSetd1などのH3K4メチル化酵素との結合が見られたことから、H3K4メチル化を介したメカニズムによってPRC1機能が制御されている可能性が示された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

いずれのプロジェクトについても、当初の予定に従って粛々と進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

DNAメチル化、ハイドロキシメチル化、脱メチル化の経路とCXXCタンパク群の機能的連関が明らかになりつつあり、その点に焦点を絞った解析に重点をシフトしていく。

  • Research Products

    (16 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 11 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Is there a role for endogenous retroviruses to mediate long-term adaptive phenotypic response upon environmental inputs?2013

    • Author(s)
      Sharif J, Shinkai Y, Koseki H.
    • Journal Title

      Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci.

      Volume: 368 Pages: ―

    • DOI

      10.1098/rstb.2011.0340

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RYBP represses endogenous retroviruses and preimplantation- and germ line-specific genes in mouse embryonic stem cells2012

    • Author(s)
      Hisada K
    • Journal Title

      Mol Cell Biol.

      Volume: 32 Pages: 1139-49

    • DOI

      10.1128/MCB.06441-11

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Lethal myelofibrosis induced by Bmi1-deficient hematopoietic cells unveils a tumor suppressor function of the polycomb group genes2012

    • Author(s)
      Oguro H
    • Journal Title

      J Exp Med.

      Volume: 209 Pages: 445-54

    • DOI

      10.1084/jem.20111709

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ring1a/b polycomb proteins regulate the mesenchymal stem cell niche in continuously growing incisors2012

    • Author(s)
      Lapthanasupkul P
    • Journal Title

      Dev Biol.

      Volume: 367 Pages: 140-53

    • DOI

      10.1016/j.ydbio

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bmi1 confers resistance to oxidative stress on hematopoietic stem cells2012

    • Author(s)
      Nakamura S
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 7 Pages: e36209

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0036209

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ezh2 augments leukemogenecity by reinforcing differentiation blockage in acute myeloid leukemia2012

    • Author(s)
      Tanaka S
    • Journal Title

      Blood

      Volume: 120 Pages: 1107-17

    • DOI

      10.1182/blood-2011-11-394932

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] SF3B1 haploinsufficiency leads to formation of ring sideroblasts in myelodysplastic syndromes2012

    • Author(s)
      Visconte V
    • Journal Title

      Blood

      Volume: 120 Pages: 3173-86

    • DOI

      10.1182/blood-2012-05-430876

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Histone H2A Mono-Ubiquitination Is a Crucial Step to Mediate PRC1-Dependent Repression of Developmental Genes to Maintain ES Cell Identity2012

    • Author(s)
      Endoh M
    • Journal Title

      PLoS Genet

      Volume: 8 Pages: e1002774

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1002774

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] H2A.Z landscapes and dual modifications in pluripotent and multipotent stem cells underlie complex genome regulatory functions2012

    • Author(s)
      Ku M
    • Journal Title

      Genome Biol.

      Volume: 13 Pages: R85

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A noncoding RNA regulates the neurogenin1 gene locus during mouse neocortical development2012

    • Author(s)
      Onoguchi M
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci U S A

      Volume: 109 Pages: 16939-44

    • DOI

      10.1073/pnas.1202956109

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] KDM2B links the Polycomb Repressive Complex 1 (PRC1) to recognition of CpG islands2012

    • Author(s)
      Farcas AM
    • Journal Title

      elife

      Volume: 1 Pages: e00205

    • DOI

      10.7554/eLife.00205

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ポリコム群の機能発現メカニズム

    • Author(s)
      古関明彦
    • Organizer
      第4回 シグナルネットワーク研究会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Invited
  • [Presentation] ポリコム群抑制ドメイン形成メカニズム

    • Author(s)
      古関明彦
    • Organizer
      国立遺伝学研究所研究会2012/2012 Research Conference of National Institute of Genetics
    • Place of Presentation
      静岡
    • Invited
  • [Presentation] Mechanisms underlying Polycomb repression

    • Author(s)
      古関明彦
    • Organizer
      文部科学省新学術領域「細胞運命制御」
    • Place of Presentation
      京都
    • Invited
  • [Presentation] Np95/UHRF1を介したエピジェネチック制御メカニズム

    • Author(s)
      古関明彦
    • Organizer
      福島医学会学術研究集会シンポジウム
    • Place of Presentation
      福島
    • Invited
  • [Presentation] Polycomb potentiates Meis2 activation in midbrain by mediating precursory interaction of promoter with tissue-specific enhancer

    • Author(s)
      古関明彦
    • Organizer
      RCAI-Michigan Joint Workshop
    • Place of Presentation
      米国ミシガン州
    • Invited

URL: 

Published: 2014-07-24  

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