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2012 Fiscal Year Annual Research Report

RNA成熟マシナリーの構造的基盤と機能進化

Research Project

Project/Area Number 23350081
Research InstitutionEhime University

Principal Investigator

堀 弘幸  愛媛大学, 理工学研究科, 教授 (20256960)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 鈴木 勉  東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (20292782)
平田 章  愛媛大学, 理工学研究科, 助教 (60527381)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2014-03-31
Keywords核酸 / タンパク質 / ゲノム / 酵素 / RNA
Research Abstract

本研究は、RNA成熟に関するRNA修飾酵素、スプライシング酵素群の構造と機能を包括的に議論し、生命進化に伴うそれらの変遷を探ろうという計画です。平成24年度は、その2年目に当たり次のような成果を得ることができました。
(1)最小クラスの生命体・ARMAN-2の介在配列除去システム(tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ)のX線結晶構造解析に成功し、このシステムがおそらくARMAN-2が進化したごく短期間に独自に幅広い基質RNA選択性を獲得したことを推定し、Nucleic Acids Res.誌に報告することができました。本研究は、慶応大学、アメリカ航空宇宙局(NASA)エイムズ研究所、カリフォルニア大学バークレー校との共同研究であります。また、この研究成果は、愛媛大学ホームページ研究欄で取り上げられた他、愛媛新聞平成24年9月23日朝刊でも報道されました。
(2)葉酸依存性RNAメチル化酵素(TrmFO)の基質RNA認識機構について、J. Biol. Chem.誌に報告することができました。当研究室が開発した二段階酵素活性測定法の改良バージョンが、酵素反応の精密解析を行う上で威力を発揮しました。
(3)ヒト細胞に熱ショックを与えた時、タンパク質合成系が停止する現象はよく知られており、これまで、tiRNA産生によるタンパク質合成系の阻害によると説明されてきました。しかしながら、研究代表者らは、開始メチオニンtRNAが細胞質で特異的に分解されること、核から細胞質への開始メチオニンtRNAの輸送が一時的に停止し核内に蓄積すること、分解するヌクレアーゼはXrn1/2であることなどを発見し、新たな経路として、Nucleic Acids Res.誌に報告することができました。本研究成果は、温熱療法が、どうやってガン細胞のタンパク質合成系を停止させているのかを解明したとも言えます。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

平成24年度は、3年計画の2年目でありました。ほぼ予定どおりの進捗状況にあると言えます。個別の研究課題では、m2G6メチル化酵素遺伝子同定の論文を海外のライバルグループに先に出されるなど、予定外のことがありました。しかしながら、インパクトある国際学術誌に3つの論文を報告できています。また、現在、投稿間近にあり、詰めを急いでいる研究課題がいくつもあり、国際的にも十分に評価される研究業績を得ることができております。よって、きわめて順調に進展していると判断できます。

Strategy for Future Research Activity

平成25年度は3年計画の最終年度であり、いくつもの研究課題において、国際的学術誌へ投稿すべく、最終の詰めを急いでいる状態にあります。具体的には、トポロジカル・ノット型RNAメチル化酵素のtRNA認識部位に関する論文、好熱好酸古細菌の新規tRNA修飾に関する論文、真正細菌型tRNA (m1A58)メチル化酵素の基質認識に関する論文、古細菌tRNAリガーゼの構造と機能に関する論文、真核生物マルチサブユニットRNAメチル化酵素の基質認識に関する論文などです。おそらく、これらのうちいくつかは平成25年度中に受理されるものと思います。よって、初期計画は変更せず、実施する方向で考えています。

  • Research Products

    (26 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (20 results) (of which Invited: 3 results) Book (1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Degradation of initiator tRNAMet by Xrn1/2 via its accumulation in the nucleus of heat-treated HeLa cells.2013

    • Author(s)
      K. Watanabe, R. Miyagawa, C. Tomikawa, R. Mizuno, A. Takahashi, H. Hori, and K. Ijiri
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 41 Pages: 4671-4685

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] X-ray structure of the fourth type of archaeal tRNA splicing endonuclease: insight into the evolution of a novel three-unit composition and a unique loop involved in broad substrate specificity.2012

    • Author(s)
      A. Hirata, K. Fujishima, R. Yamagami, T. Kawamura, J. F. Banfield, A. Kanai, and H. Hori
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 40 Pages: 10554-10566

    • DOI

      10.1093/nar/gks826

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The tRNA recognition mechanism of folate/FAD-dependent tRNA methyltransferase (TrmFO)2012

    • Author(s)
      R. Yamagami, K. Yamashita, H. Nishimasu, C. Tomikawa, A. Ochi, C. Iwashita, A. Hirata, R. Ishitani, O. Nureki, and H. Hori
    • Journal Title

      J. Biol. Chem.

      Volume: 287 Pages: 42480-42494

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.390112

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高度好熱菌tRNA中のシュードウリジン55修飾は、温度変化への適応因子として機能する

    • Author(s)
      冨川千恵,石田一雄,国林貴史,越智杏奈,金井 保,平田 章,岩下知香子,堀 弘幸
    • Organizer
      第14回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
  • [Presentation] サーマス・サーモフィラス由来tRNA メチル化酵素TrmFOの基質認識機構

    • Author(s)
      山上龍太,山下光輝,西増 弘志,冨川 千恵,越智 杏奈,岩下 智香子,平田 章,石谷隆一郎,濡木 理,堀  弘幸
    • Organizer
      第14回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
  • [Presentation] tRNA modifications in Thermoplasma acidophilum

    • Author(s)
      T. Kawamura, C. Tomikawa, T. Ohira, Y. Inoue, A. Yamagishi, T. Suzuki, and H. Hori
    • Organizer
      第14回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
  • [Presentation] 極小アーキアにおけるtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼの構造機能解析

    • Author(s)
      平田 章,藤島皓介,山上龍太,河村卓哉,J. F. Banfield,堀 弘幸
    • Organizer
      第25回日本アーキア研究会
    • Place of Presentation
      兵庫
  • [Presentation] Structural insight into the evolution and broad substrate specificity of the fourth type of tRNA splicing endonuclease

    • Author(s)
      A. Hirata, K. Fujishima, R. Yamagami, T. Kawamura, J. F. Banfiled, A. Kanai, and H. Hori
    • Organizer
      9th Extremophiles 2012
    • Place of Presentation
      スペイン
  • [Presentation] Transfer RNA recognition mechanism of Thermus thermophilus folate/FAD-dependent tRNA methyltransferase (TrmFO)

    • Author(s)
      R. Yamagami, K. Yamashita, H. Nishimasu, C. Tomikawa, A. Ochi, C. Iwashita, A. Hirata, R. Ishitani, O. Nureki, and H. Hori
    • Organizer
      9th Extremophiles 2012
    • Place of Presentation
      スペイン
  • [Presentation] Transfer RNA modifications in thermophilic bacteria

    • Author(s)
      T. Kawamura, C. Tomikawa, T. Ohira, Y. Inoue, A. Yamagishi, T. Suzuki, and H. Hori
    • Organizer
      9th Extremophiles 2012
    • Place of Presentation
      スペイン
  • [Presentation] Adaptation of Thermus thermophilus to environmental temperature via tRNA modification enzymes-modified nucleotides network in tRNA

    • Author(s)
      C. Tomikawa, K. Ishida, T. Kunibayashi, A. Ochi, T. Kanai, A. Hirata, C. Iwashita, and H. Hori
    • Organizer
      第2回モデル生物丸ごと一匹学会
    • Place of Presentation
      兵庫
    • Invited
  • [Presentation] Functional analysis of yeast tRNA (m2G10) methyltransferase (Trm11-Trm112)

    • Author(s)
      Y. Nishida, K. Okada, A. Hirata, and H. Hori
    • Organizer
      第2回モデル生物丸ごと一匹学会
    • Place of Presentation
      兵庫
  • [Presentation] Substrate tRNA recognition mechanism of eubacterial tRNA (m1A58) methyltransferase (TrmI)

    • Author(s)
      H. Takuma, M. Minoji, N. Ushio, C. Tomikawa, A. Hirata, A. Ochi and H. Hori
    • Organizer
      第2回モデル生物丸ごと一匹学会
    • Place of Presentation
      兵庫
  • [Presentation] Substrate transfer RNA recognition mechanism of tRNA (m5U54) methyltransferase (TrmFO) based on the biochemical and structural analysis

    • Author(s)
      R. Yamagami, K. Yamashita, H. Nishimasu, C. Iwashita, A. Hirata, O. Nureki, and H. Hori
    • Organizer
      第2回モデル生物丸ごと一匹学会
    • Place of Presentation
      兵庫
  • [Presentation] RNAメチル化酵素の構造と反応機構の多様性:トポロジカル・ノット型RNAメチル化酵素発見からの8年間

    • Author(s)
      堀 弘幸
    • Organizer
      愛媛大学第184回応用化学科セミナー
    • Place of Presentation
      松山
    • Invited
  • [Presentation] RNAメチル化酵素の構造と反応機構の多様性

    • Author(s)
      堀 弘幸
    • Organizer
      岐阜大学生命工学科セミナー
    • Place of Presentation
      岐阜
    • Invited
  • [Presentation] Negative control of Gm18, m5s2U54 and m1A58 modifications by pseudouridine55 modification in Thermus thermophilus tRNAs: the tRNA modification network in extreme thermophile

    • Author(s)
      C. Tomikawa, K. Ishida, T. Kunibayashi, A. Ochi, T. Kanai, A. Hirata, C. Iwashita, and H. Hori
    • Organizer
      24th tRNA workshop
    • Place of Presentation
      チリ
  • [Presentation] Improvement of a protein purification method for nucleic acid-free in the case of recombinant tRNA (N2,N2-guanine)-dimethyltransferase (Trm1) from Aquifex aeolicus

    • Author(s)
      S. Nishiyama, A. Hirata, T. Awai, and H. Hori
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
  • [Presentation] Research for substrate tRNA recognition mechanism of eubacterial tRNA (m1A58) methyltransferase (TrmI)

    • Author(s)
      H. Takuma, M. Minoji, N. Ushio, C. Tomikawa, A. Hirata, A. Ochi and H. Hori
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
  • [Presentation] Structural and functional analyses of archaeal 2’-5’ RNA ligase

    • Author(s)
      T. Nagano, A. Hirata, Y. Ishimaru, T. Kanai, and H. Hori
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
  • [Presentation] Expression and purification of yeast tRNA (Cm32/Gm34) methyltransferase (Trm7)

    • Author(s)
      K. Yoshii, A. Hirata, and H. Hori
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
  • [Presentation] 酵母由来のtRNA (m2G10) methyltransferase (Trm11-Trm112)の基質認識機構の解明

    • Author(s)
      西田 裕、岡田和樹、平田 章、堀 弘幸
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
  • [Presentation] tRNA modifications in thermoacidophilic archaeon

    • Author(s)
      T. Kawamura, C. Tomikawa, T. Ohira, Y. Inoue, A. Yamagishi, T. Suzuki, and H. Hori
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
  • [Book] 実験医学増刊号 生命分子を統合するRNA-その秘められた役割と制御機構1-3 tRNA修飾と機能2013

    • Author(s)
      堀 弘幸
    • Total Pages
      10
    • Publisher
      羊土社
  • [Remarks] 愛媛大学工学部応用化学科応用生物化学研究室ホームページ

    • URL

      http://www.ehime-u.ac.jp/~achem/bchem/

  • [Remarks] 愛媛大学ホームページ研究活動トピックス

    • URL

      http://www.ehime-u.ac.jp/research/news/detail.html?new_rec=9781

URL: 

Published: 2014-07-24  

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