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2013 Fiscal Year Annual Research Report

PASドメインタンパク質の相互作用多様化機構の解析

Research Project

Project/Area Number 23570194
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

山崎 洋一  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 助教 (40332770)

Keywords情報伝達 / 光受容 / タンパク質間相互作用
Research Abstract

前年度までに明らかにできたPYPの相互作用部位は、PASドメイン構造の中において、補欠分子の選択性や、相互作用部位としての報告例もある部位であり、この領域とその構造変化様式が、PASドメインの多様な機能を生む領域であると考えられた。そこで本年度は、相互作用を示すPYPにおいて相互作用のON/OFFを誘起する構造変化が、PASドメイン中で共通に駆動するのかを検証するため、X線結晶構造解析を行った。その結果、結晶の晶出に用いた添加剤が、PYP分子に結合した状態の結晶構造を得ることに成功した。結晶分光や、X線溶液散乱測定などの結果から、この構造は、反応中間体の構造を模しているものと考えられた。この結晶構造からは、前年度に決定した相互作用残基の近傍の分子表面に溝が新たに形成されており、この部位に相互作用のON/OFFを誘起している機構が考えられた。このような相互作用部位は、PASドメインの補欠分子の結合で、多く実現されているものと考えられ、PASドメインの共通の作用機構であると考えられる。さらに、PYPの構造変化に関するキメラ変異体の解析の結果から、構造変化を制御している要因の一部が、分子内部の活性部位から離れた、分子表面の荷電残基であることも明らかにできた。このような、表面電荷の配置などを制御することで、PASドメインタンパク質が多様性を獲得していることが考えられる。

  • Research Products

    (6 results)

All 2014 2013

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (4 results)

  • [Journal Article] Mapping of the local environmental changes in proteins by cysteine scanning2014

    • Author(s)
      Yoichi Yamazaki, Tomoko Nagata, Akihisa Terakita, Hideki Kandori, Yoshinori Shichida, Yasushi Imamoto.
    • Journal Title

      Biophysics

      Volume: 10 Pages: 1-7

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Excited-State Proton Transfer in Fluorescent Photoactive Yellow Protein Containing 7-Hydroxycoumarin2014

    • Author(s)
      D. Novitasari, H. Kamikubo, Y. Yamazaki, M. Yamaguchi, M. Kataoka.
    • Journal Title

      Advanced Materials Research

      Volume: 896 Pages: 85-88

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Analysis of interaction sites on the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus2013

    • Author(s)
      Y. Yamazaki, M. Shimada, H. Kamikubo, M. Kataoka
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都、国際会議場
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] X-ray crystal structure analysis of the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus2013

    • Author(s)
      H. Matsumoto, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都、国際会議場
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Analysis of Equilibrium of intermediate states of PYP by use of chimera proteins2013

    • Author(s)
      Y. Matsumoto, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Yamaguchi, M. Kataoka
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都、国際会議場
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Excited-state proton transfer in fluorescent Photoactive Yellow Protein containing 7-hydroxycoumari2013

    • Author(s)
      D. Novitasari, H. Kamikubo, Y. Yamazaki, M. Yamaguchi, M. Kataoka
    • Organizer
      The International Conference on Advanced Materials Science and Technology,
    • Place of Presentation
      Yogyakarta, Indonesia
    • Year and Date
      20130917-20130918

URL: 

Published: 2015-05-28  

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