2015 Fiscal Year Annual Research Report
始原的新口動物Ｈｏｘ／ＰａｒａＨｏｘ遺伝子群の包括的研究
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23570266
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| Research Institution | Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology |
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Principal Investigator |
生田 哲朗 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 海洋生物多様性研究分野, 技術研究員 (80584846)
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| Project Period (FY) |
2011-04-28 – 2016-03-31
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| Keywords | ゲノム / 新口動物 / 進化 / 転写因子 / BAC / 次世代シークエンサー / 遺伝子発現解析 / 発生 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成27年度は本研究の目的である、始原的歩帯動物におけるHox/ParaHox遺伝子の発現、構造、機能の包括的理解へ向け、以下の研究を行った。
1. ニッポンウミシダ（Oxycomonthus japonicas）ParaHox遺伝子群のクラスター構造の解析：26年度、IonPGMによる解読ではで多くの繰り返し配列のため全長解読に至らなかった、ニッポンウミシダGsx, Xlox, Cdxの３つのParaHox遺伝子を含むBACクローンについて、Illumina MiSeqにてペアードエンドによる再解読を行なった。その結果、数カ所のGapは残ったものの、各遺伝子のエクソン・イントロン構造、転写方向、クラスターの規模などの詳細が明らかとなった。既に知られているヒトデ類やギボシムシ類と比較して、興味深い知見が得られた。
2. ニッポンウミシダParaHox遺伝子群の発現解析：遺伝子発現の定量的解析のため、上記のBACクローン全長解読から明らかになった遺伝子構造を元にPCRプライマーを再設計し、幾つかの代表的発生段階の胚のcDNAを鋳型に、qPCR解析を行なった。しかし、定量に適した実験条件が得られず、最終的な結果は得られていない。そこで、RT-PCR法に切り替えて各発生段階の発現解析を行なったところ、クラスターと発現パターンのコリニアリティーについて、「Hox/ParaHox遺伝子クラスターの主な保存要因は、時間的コリニアリティーの制御機構である」という仮説を検証するために極めて重要な結果が得られたため、学会発表を行なった。また、26年度に引き続きwhole mount in situハイブリダイゼーション（WISH）による解析を進めたが、ふ化前の胚で発現を検出する効果的な方法は確立出来ず、今後の課題となった。
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