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2011 Fiscal Year Research-status Report

核酸の自在設計性と金属錯体の機能性をもつ核酸―金属―有機構造体の創製

Research Project

Project/Area Number 23651130
Research InstitutionKonan University

Principal Investigator

三好 大輔  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 准教授 (50388758)

Project Period (FY) 2011-04-28 – 2013-03-31
KeywordsDNA / 四重らせん構造 / 金属‐有機構造体 / ナノ構造体 / DNAナノテクノロジー / G-ワイヤー / ビピリジン / グラフェン
Research Abstract

本研究では、DNA ナノ構造体に化学刺激応答能をもつ四重らせん構造を導入し、ナノ構造体の形成・解離を自在制御する。さらに、分子認識能をもつ四重らせん構造を鎹として、DNA ナノ構造体と金属-有機構造体を融合する。これにより、核酸(DNA)の自在設計性と金属錯体の機能性を併せもつ分子集合体「核酸―金属―有機構造体(Nucleic acid with Metal-Organic Framework:nMOF)」を構築する。 平成23年度では、ナノ構造体の自在制御パーツとして有用な非標準的なDNA高次構造を合理設計するための知見を得ることを試みた。本研究で主として用いることを想定している四重らせん構造に関しては、四重らせん構造に欠損塩基を化学的に導入することで、その熱力学的安定性を制御することが可能になった。また、Locked Nucleic Acidとよばれる化学修飾を施すことで、DNAの標準構造である逆平行型二重らせん構造を平行型二重らせん構造へとスイッチさせることもできた。さらに、低分子化合物に結合して、構造を劇的に変化させる核酸スイッチを構築できた。これらの自在制御パーツを用いることで、nMOFの形成と解離を合目的的に制御することが可能となった。制御パーツの開発に加えて、nMOFのように自己組織構造体内でのDNAの分子認識の検討も進めた。その結果、基板上に集積化したDNAと生体分子の相互作用能力を決定する因子に関する知見も得られた。これらの成果は、4報の国際誌に掲載された。また、フタロシアニンをはじめとする金属錯体と四重らせん構造の相互作用機構に関する詳細な知見も得られつつあり、国際会議などで報告した。このように、当初に計画した平成23年度の研究目標をおおむね達成し、平成24年における、nMOFの構築とその応用展開に必要な結果が得られたと言える。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

平成23年度では、DNAナノ構造体の構築とその制御に必要な知見を得ることができ、論文発表と学会発表を積極的に行った。DNA四重らせん構造と金属錯体の相互作用機構に関する詳細な知見も得られつつあり、国際会議で発表した。また、相互作用機構に関して得られた知見は、現在論文投稿中である。このように、当初の計画に沿って研究を推進することができたことから、概ね順調に進展していると言える。

Strategy for Future Research Activity

平成24年度には、当初の計画通り、以下の二点について検討を進める。(1)四重らせん構造が連結したナノ構造の構築(2)DNAと金属錯体の非共有結合・共有結合による融合さらに、これらの当初の予定に加えて、グラフェン酸化物を用いることで、構築される核酸―金属―有機構造体(Nucleic acid with Metal-Organic Framework:nMOF)の機能化に関しても検討する予定である。グラフェン酸化物と生体分子を用いた機能性デバイスの開発も順調に進展しており、論文投稿への準備が整いつつある。このように、当初の計画に加えて、nMOFの機能実証を視野に入れた研究を推進できると期待できる。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

本研究におけるDNAの合理設計とMOFとの接合には、多種・大量の核酸合成が必要である。また、MOFのフレームとして多様な有機化合物も用いる。そのため、これらの試薬の購入のために、消耗品費として研究費を使用する。加えて、本研究の最終年度である平成24年度には、積極的な情報発信を努めるため、国内外の会議に参加するとともに、論文投稿を行いたいと考えている。そのための、旅費、外国語論文の校閲費、研究成果投稿費として研究費を使用したいと考えている。

  • Research Products

    (26 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (15 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Effect of Locked Nucleic Acid Modification on Thermal Stability of Non-canonical DNA Structure2011

    • Author(s)
      Jhimli Bhattacharyya, Souvik Maiti, Sanjukta Muhuri, Shu-ichi Nakano, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 50 Pages: 7414-7425

    • DOI

      10.1021/bi200477g

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Label-free colorimetric and quantitative detection of cancer marker protein using noncrosslinking aggregation of Au/Ag nanoparticles induced by target-specific peptide probe2011

    • Author(s)
      Xiaohui Wang, Li Wu, Jinsong Ren, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, and Xiaogang Qu
    • Journal Title

      Biosensors and Bioelectronics

      Volume: 26 Pages: 4804-4809

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Measurements of the binding of a large protein using a substrate density-controlled DNA chip2011

    • Author(s)
      S. Nakano, T. Kanzaki, M. Nakano, D. Miyoshi, N. Sugimoto
    • Journal Title

      Analytal Chemistry

      Volume: 83 Pages: 6368-6372

    • DOI

      10.1021/ac201312d

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rational design of a new IMP aptamer based on a TPP riboswitch and a hypoxanthine aptamer2011

    • Author(s)
      Misato Tokui, Takahiro Yamauchi, Daisuke Miyoshi, Hisaya Kamiya, Akira Nishimura, Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 40 Pages: 1313-1315

    • DOI

      10.1246/cl.2011.1313

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The effects of molecular crowding on the structure and stability of G-quadruplexes with an abasic site2011

    • Author(s)
      Takeshi Fujimoto, Shu Ichi Nakano, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      J. Nucleic Acids

      Volume: 2011 Pages: ID: 857149

    • DOI

      10.4061/2011/857149

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of protein binding on DNA G-quadruplex structures2011

    • Author(s)
      S. Nagatoishi, D. Miyoshi and N. Sugimoto
    • Journal Title

      Int. Rev. Biophys. Chem.

      Volume: 2 Pages: 129-134

  • [Journal Article] Synthesis and Application of Functional Nucleic Acids2011

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi, Friedrich C. Simmel, Souvik Maiti, and Luis A. Marky
    • Journal Title

      J. Nucleic Acids

      Volume: 2011 Pages: ID: 547245

    • DOI

      10.4061/2011/547245

  • [Journal Article] グラフェンを用いたバイオセンサー2011

    • Author(s)
      三好大輔、杉本直己
    • Journal Title

      化学(化学同人)

      Volume: 66 Pages: 30-35

  • [Journal Article] 細胞内環境因子に応答する核酸デバイスの開発2011

    • Author(s)
      三好大輔
    • Journal Title

      化学と工業(日本化学会)

      Volume: 64(12) Pages: 956

  • [Presentation] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果(36): グラフェン酸化物ナノ表面におけるDNA の吸着・脱着機構の解明2012

    • Author(s)
      藤本健史・中野修一・杉本直己・三好大輔
    • Organizer
      日本化学会第92春季年会
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2012年3月27日
  • [Presentation] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果(37) RNA ヘアピン構造の二量化反応の効率を決める要因の解明2012

    • Author(s)
      中野修一・平山英伸・山口大輔・三好大輔・杉本直己
    • Organizer
      日本化学会第92春季年会
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2012年3月27日
  • [Presentation] 蛍光消光を利用した新規なテロメラーゼ活性測定法の開発2012

    • Author(s)
      河村浩司・村嶋貴之・三好大輔・夜久英信
    • Organizer
      日本化学会第92春季年会
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2012年3月27日
  • [Presentation] 細胞内環境因子に応答する核酸デバイスの開発2012

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      日本化学会第92春季年会(招待講演)
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2012年3月27日
  • [Presentation] チオフラビンTによるDNA四重らせん構造の蛍光検出2012

    • Author(s)
      前田龍一・藤本健史・夜久英信・村嶋貴之・杉本直己・三好大輔
    • Organizer
      日本化学会第92春季年会
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2012年3月26日
  • [Presentation] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果(31) RNase HとプローブRNAを用いたサイクリングプローブ技術によるPCR フリーのテロメラーゼ活性検出技術の開発2012

    • Author(s)
      夜久英信・村嶋貴之・三好大輔・杉本直己
    • Organizer
      日本化学会第92春季年会
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2012年3月26日
  • [Presentation] TPP リボスイッチを用いた新規アプタマーの合理的設計2011

    • Author(s)
      徳井 美里, 山内 隆寛, 三好 大輔, 西村 顕, 杉本 直己
    • Organizer
      第63回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      東京農工大学(東京都)
    • Year and Date
      2011年9月27日
  • [Presentation] 核酸のヘアピンループ構造形成における熱力学的安定性と水和の相関2011

    • Author(s)
      藤本 健史・三好 大輔・中野 修一・杉本 直己
    • Organizer
      第5回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県)
    • Year and Date
      2011年9月14日
  • [Presentation] 擬似細胞核内環境下におけるアニオン性G-quadruplex リガンドのテロメラーゼ阻害効果2011

    • Author(s)
      夜久 英信・村嶋 貴之・三好 大輔・杉本 直己
    • Organizer
      第5回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県)
    • Year and Date
      2011年9月14日
  • [Presentation] Structural polymorphism of G-quadruplex responding to cellular environmental factors2011

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      SECOND TRAINING SCHOOL on G-QUADRUPLEXES "Self-assembled guanosine structures for molecular electronic devices"(招待講演)
    • Place of Presentation
      Spa, Belgium
    • Year and Date
      2011年9月12日
  • [Presentation] G-quadruplex-ligands with negative charges under cell-mimicking conditions2011

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi, Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      SECOND TRAINING SCHOOL on G-QUADRUPLEXES "Self-assembled guanosine structures for molecular electronic devices"
    • Place of Presentation
      Spa, Belgium
    • Year and Date
      2011年9月12日
  • [Presentation] DNAの四重らせん構造と二重らせん構造を用いた刺激応答性ナノ構造体の構築2011

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      第4 回ナノバイオ若手ネットワーキングシンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Year and Date
      2011年6月3日
  • [Presentation] A new fluorescent light-up probe for DNA G-quadruplex2011

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi, Hidenobu Yaku, Takeshi Fujimoto, Takashi Murashima, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      The 38th International Sympoisum on Nucleic Acid Chemistry
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Year and Date
      2011年11月9日
  • [Presentation] Quantitative analysis of adsorption and desorption of DNA secondary structures on Graphene Oxide2011

    • Author(s)
      Takeshi Fujimoto, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto, Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      The 38th International Sympoisum on Nucleic Acid Chemistry
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Year and Date
      2011年11月10日
  • [Presentation] PCR-free detection of telomerase activity in HeLa cells based on catalytic signal amplification with RNaseH2011

    • Author(s)
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      The 38th International Sympoisum on Nucleic Acid Chemistry
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Year and Date
      2011年11月10日
  • [Book] G-quartet, G-quadruplex, and G-wire Regulated by Chemical Stimuli in DNA Nanotechnology (Methods in Molecular Biology series)2011

    • Author(s)
      D. Miyoshi, N. Sugimoto
    • Total Pages
      361
    • Publisher
      Human Press
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.pi.konan-u.ac.jp/miyoshi/index.html

URL: 

Published: 2013-07-10   Modified: 2019-06-06  

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