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2011 Fiscal Year Research-status Report

13C直接検出法を用いた高分子量天然変性タンパク質の構造解析技術開発

Research Project

Project/Area Number 23659024
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

楯 真一  広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (20216998)

Project Period (FY) 2011-04-28 – 2013-03-31
Keywords蛋白質 / 生体高分子 / 生物物理
Research Abstract

本年度は,新たに導入された700 MHz NMR分光器を用いて13C直接検出法のためのパルスプログラムを作成した.研究計画ではFliKを対象とすることにしていたが,13C直接観測に必要となる長時間の測定に耐えられるサンプルの安定性を実現させることができず計画が遅れた.本研究の目的が天然変性タンパク質のための13C直接測定によるシグナル帰属法の開発であるので研究対象を同様の天然変性タンパク質という性質を持つ基本転写因子TFIIEbフラグメント用いることで研究を進めることに変更した.TFIIEbフラグメントは長時間の測定の間も安定であるために,測定法の開発を進める上で最適であり,研究をスムーズに展開することができる様になった. 今期は,13C直接観測で行う基本的な2次元スペクトル測定法を新規導入の700MHzに組み込むことを可能とした.13C直接観測に必要となる特殊なデータ処理のためのプログラムを作成するなど基本測定の設定をおえた. TFIIEbの主鎖側鎖のシグナル帰属を予定通り終了し,残余双極子効果測定を試みた.残余双極子効果測定については異方性誘導の条件が十分ではなく,さらに測定条件の検討が必要であり,次年度にもちこすことになった.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

新規に導入した700 MHzの通常の測定のセットアップを同時に進め無くてはならないために,13C検出という新しい実験の導入前に多くの時間を取られた.また,計画していたFliKのサンプル安定性が十分でなく,新たな測定を開発する対象としては不適切であり,研究対象とする蛋白質を変更するまでにも時間を要した.

Strategy for Future Research Activity

既に基本的な測定は可能となっているため,TFIIEbフラグメントを対象として1. 異方性核スピン相互作用(残余双極子効果)の測定の実現,残余化学シフト異方性効果の実現など初年度予定していた測定を実現する.2. 当初の予定通り,2年目で13C直接観測を用いたスピン緩和測定を実施して,TFIIEbフラグメントのダイナミックス解析を実現する.3.TFIIEbは転写因子Gal11と相互作用することが分かっているために,13C直接観測法を用いてTFIIEb-Gal11の相互作用解析を実現する.

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

初年度は,計画が遅れたために消耗品費の執行など予定よりも低く抑えられた.ほぼ,研究実施の体制は整っているので,次年度は当該予算を使って集中的に研究を進展させる.

  • Research Products

    (18 results)

All 2012 2011

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (12 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Structural implication for the impaired binding of W150A mutant LOX-1 to oxidized low density lipoprotein, OxLDL2012

    • Author(s)
      S.Nakano, M.Sugihara, R.Yamada, K.Katayanagi, S.Tate
    • Journal Title

      Biochim. et Biophys. Acta

      Volume: 1824 Pages: 739-749

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2012.02.003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Pressure dependence of activity and stability of dihydrofolate reductase of the deep-sea bacterium Moritella profunda and Escherichia coli.2012

    • Author(s)
      E.Ohmae, C.Murakami, S.Tate, K.Gekko, K.Hata, K.Akasaka, C.Kato
    • Journal Title

      Biochim. et Biophys. Acta.

      Volume: 1824 Pages: 511-519

    • DOI

      10.1016/j.bbapa.2012.01.001

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Secondary-structure analysis of alcohol-denatured proteins by vacuum-ultraviolet circular dichroism spectroscopy2012

    • Author(s)
      M.Koichi, Y.Sakurada, S.Tate, H.Namatame, M.Taniguchi, K.Gekko
    • Journal Title

      PROTEINS

      Volume: 80 Pages: 281-293

    • DOI

      10.1002/prot.23206

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The NMR structure of FliK, the trigger for the switch of substrate specificity in the flagellar type III secretion appratus2011

    • Author(s)
      S.Mizuno, H.Amida, N.Kobayashi, S.Aizawa, S.Tate
    • Journal Title

      J. Mol. Biol.

      Volume: 409 Pages: 558-573

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.04.008

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] TAL effectorの結晶構造から明らかになったDNA認識機構2012

    • Author(s)
      楯 真一
    • Organizer
      第1回 ゲノム編集研究会(招待講演)
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2012.02.28
  • [Presentation] NMRを用いた新しいタンパク質構造研究のアプローチ2012

    • Author(s)
      楯 真一
    • Organizer
      特定領域研究・高次系分子科学 ミニシンポジウム(招待講演)
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2012.01.24
  • [Presentation] Domain orientation dynamics revealed by alignment induced TROSY shift changes2011

    • Author(s)
      S.Tate, J.Uewaki, N.Utsunomiya-Tate
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2011.11.17
  • [Presentation] Protein structural dynamics modulation induced by a mutation to flexible loop2011

    • Author(s)
      S.Tate
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会(招待講演)
    • Place of Presentation
      兵庫
    • Year and Date
      2011.11.16
  • [Presentation] Prepared domain orientation of tandem HMG boxes defined by the inter-domain linker in HMGB22011

    • Author(s)
      J.Uewaki, J.Kurita, N-U.Tate, S.Tate
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      兵庫
    • Year and Date
      2011.11.16
  • [Presentation] CH-p相互作用が規定するタンパク質の動的平衡2011

    • Author(s)
      上脇隼一,楯 直子,楯 真一
    • Organizer
      2011年 日本化学会西日本大会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      2011.11.12
  • [Presentation] DNA結合により誘導されるタンパク質のドメイン配向変化の定量的観測2011

    • Author(s)
      竹内 彩,上脇隼一,楯 真一
    • Organizer
      2011年 日本化学会西日本大会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      2011.11.12
  • [Presentation] 蛋白質の内部運動性と機能制御2011

    • Author(s)
      楯 真一
    • Organizer
      「理論と実験」研究会2011(招待講演)
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2011.10.07
  • [Presentation] Functional regulation through phosphorylation to acidic intrinsically disordered region in FACT as a chromatin remodeling factor2011

    • Author(s)
      S.Tate
    • Organizer
      Annual meeting of Protein Science Japan(招待講演)
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2011.06.07
  • [Presentation] Determination of the alignment tensor of protein by orientation induced TROSY shift changes2011

    • Author(s)
      S.Tate
    • Organizer
      Gordon Research Conference
    • Place of Presentation
      Lucca, Italy
    • Year and Date
      2011.05.25
  • [Presentation] クロマチンリモデリングタンパク質のリン酸化による機能制御機構の解明2011

    • Author(s)
      橋本愛美,松井理恵子,上脇隼一,津中康央,森川耿右,楯 真一
    • Organizer
      第52回 日本生化学会 中国四国支部例会
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2011.05.24
  • [Presentation] 酸化LDL受容体タンパク質LOX-1の基質認識機構の解明2011

    • Author(s)
      杉原守,山田梨紗都,編田宏一,楯 真一
    • Organizer
      日本生物物理学会 第3回中国四国支部大会
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2011.05.15
  • [Book] Current Trends in X-ray crystallography2011

    • Author(s)
      S.Tate, A.Imada, N.Hiroguchi
    • Total Pages
      436
    • Publisher
      InTech (chap. 18, pp 409-436)
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 酸化LDL受容体に作用するリポソーム2012

    • Inventor(s)
      町田幸子,倉持みゆき,楯真一,山田梨紗都
    • Industrial Property Rights Holder
      町田幸子,倉持みゆき,楯真一,山田梨紗都
    • Industrial Property Number
      特許: 特願2012-72404
    • Filing Date
      2012年03月27日

URL: 

Published: 2013-07-10  

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