2012 Fiscal Year Annual Research Report
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23880034
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| Research Institution | Fisheries Research Agency |
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Principal Investigator |
紫加田 知幸 独立行政法人水産総合研究センター, その他部局等, 研究員 (40603048)
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| Project Period (FY) |
2011-08-24 – 2013-03-31
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| Keywords | 体内時計 / 青色光 / mRNA / 鞭毛運動 |
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| Research Abstract |
研究計画のうち、全mRNAシーケンスを中心に進めた。まず、C. antiquaのRNAは非常に分解しやすいため、次世代シーケンサーによるシーケンシングに耐えうる高品質のtotal RNAを得るための方法論を詳細に検討する必要があった。細胞の回収法、前処理（RNase除去）溶液の組成、RNAの抽出精製試薬等を変えてRNAを調製し、電気泳動によるクオリティチェックを行うことを繰り返した。その結果得られたプロトコールに従って作製したtotal RNA試料について、Illuminaのキットを用いてcDNAライブラリーを構築し、生物機能解析室の次世代シーケンサーIllumina HiSeq2000（1 lane、Pair-end法：100 bp+86 bp）によって合計で114M readsシーケンシングした。リード配列に対してTrinity によるde novoアセンブリを行った結果、201～47706 bの配列長を持つ6万弱のコンティグを得ることができた。RSEMプログラムを用いて、各transcriptについて、発現量を示すtau値を算出するとともに、BLAST検索を行った。その結果、4万強のtranscriptがヒットし、発現量が多かったtranscriptは機能不明のものを除けば、主に光合成関連（fucoxanthin chlorophyll a /c binding proteinなど）やリボソームタンパク質にヒットした。また、α-tubulin、β-actinやGAPDH（Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase）といったハウスキーピング遺伝子のホモログ配列も得られた。さらに、他生物において体内時計および青色光受容の関連タンパク質として報告されているクリプトクロームの遺伝子類似配列も初めて検出された。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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