2023 Fiscal Year Research-status Report
Elucidation of the mechanism of Notch-mediated acquisition of interepithelial lymphocyte diversity in the small intestine using single-cell analysis technology
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23K06585
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| Research Institution | The University of Tokushima |
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Principal Investigator |
石舟 智恵子 徳島大学, 大学院医歯薬学研究部(医学域), 助教 (80632645)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2028-03-31
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| Keywords | Notchシグナル / 腸管上皮間リンパ球 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
小腸上皮間リンパ球（IEL）の中でCD8αホモダイマーを有するCD8ααIELは腸管の恒常性維持に重要な役割を担う。しかしながら、CD8ααIELの不均一性や、腸管の病態制御や生理的機能に重要な役割を担うCD8ααIELが存在するかどうかは十分明らかではない。これまでの研究においてNotchシグナルがCD8ααIELの多様性制御に関与する手がかりを得たことから、本研究では近年、様々な細胞の多様性を見出す鍵となりつつあるシングルセル解析技術を用いてCD8ααIELの多様性がNotchシグナルにより制御される機構と、Notchシグナル依存性のCD8ααIELの機能について明らかにすることを目的としている。
今年度は、E8Iエンハンサー特異的にNotchシグナルを欠損するマウス(RbpjΔ8)のCD8ααIEL では、どのような分子発現やクロマチンアクセシビリティーを有するCD8ααIELが変化しているのかを解析するためのシングルセルATACシークエンス(scATAC-seq)解析について進め、サンプル調整・ライブラリー構築・シークエンス・データ処理を終えた。他方で、これまでに実験を完了したRbpjΔ8由来のTCRγδ型CD8ααIELを用いたシングルセルRNAシーケンス解析のデータ解析を進めたところ、TCRγδ型CD8ααIELは分子発現の違いによりいくつかのサブセットに分類できた。それらのサブセットがどのような分化様式や特徴を有しているのかを調べるために、TCRγδ型CD8ααIELのサブセットをセルソーターで分離し、試験管内で培養すると、それぞれに異なる細胞増殖性や可塑性を有することが示唆された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
scATAC-seq解析については、サンプル調整からシークエンス・データ処理まで、研究計画通り行うことができた。また、シングルセルRNAシーケンス解析のデータ解析と細胞の分離培養実験から、TCRγδ型CD8ααIELのサブセットについての特徴を捉えることができたため、おおむね順調に進展していると判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
scATAC-seq解析のデータ解析を進め、RbpjΔ8ではどのように分子発現やクロマチンアクセシビリティーを有するCD8ααIELが変化しているのかを解析する。また、シングルセル解析で見出したCD8ααIELの特徴や局在について解析するとともに、CD8ααIELの腸管の病態に関する機能を解析していく。
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| Causes of Carryover |
産前産後・育児休暇に伴い2023年12月1日より研究を一時中断したため次年度使用額が生じた。
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Research Products
(1 results)
