2023 Fiscal Year Research-status Report
Elucidation of the mechanisms underlying neoantigen production independent of genomic mutation induced by DNA damage
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23K18232
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
柴田 淳史 慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 教授 (30707633)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
野島 孝之 九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (80431956)
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| Project Period (FY) |
2023-06-30 – 2025-03-31
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| Keywords | DNA損傷 / ゲノム変異非依存的 / HLA Class I / 翻訳異常 / 転写異常 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
我々の最新の研究から、DNA損傷に伴うシグナル伝達がタンパク質翻訳を刺激し、HLA Class Iによって提示される抗原(ネオアンチゲン)産生を促進することが明らかになっている。これまでの常識では、DNA損傷後に提示される抗原は、ゲノム変異を起源とする変異型タンパク質に由来すると考えられていたため、ゲノム変異に依存しない本モデルは全く新しい概念である。本研究課題では、我々が提唱する新しい仮説「ゲノム変異非依存的な抗原（ネオアンチゲン）産生機構」の立証および分子機構解明を目的として、DNA損傷依存的な転写および翻訳開始点の変化を検出および解析を目的として研究を行った。今年度は、リボソームが結合するmRNA領域を網羅的に同定する手法であるリボソームプロファイリングを行い、DNA損傷後の翻訳開始点変化を解析した。本実験系では、DNA損傷誘導刺激としてX線使用し、X線照射一定時間後にリボソームプロファイリングを行った。翻訳開始点にリボソームを濃縮するために、サンプル回収直前にハリングトニンを処理した。リボソームフットプリントのライブラリーを調製し、次世代シーケンス後、ゲノムにマッピングしMetagene解析およびIGVによる可視化を行った。Metagene解析により、CDS内に3塩基周期毎のピークが認められることが確認できた。その結果、いくつかの遺伝子で翻訳開始点近傍のリードの分布パターンが変化する可能性が示唆された。今後は転写開始点の変化を可視化できるPOINT-seqと合わせてゲノム変異非依存的なネオアンチゲン産生機構を検証する。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
今年度は、X線照射サンプルにリボソームプロファイリングを行うことで、翻訳開始点近傍のリードの分布パターンが変化する可能性がある遺伝子を抽出したため、概ね順調に進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
転写開始点の変化を可視化できるPOINT-seqと合わせてゲノム変異非依存的なネオアンチゲン産生機構を検証する。
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| Causes of Carryover |
当該年度においてRibo-seqおよびPoint-seqの条件検討に多くの時間を費やしたため、高額な次世代シーケンス解析が当該年度で行われず、次年度以降に行うことになったため。
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Research Products
(17 results)
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[Journal Article] Comprehensive single-cell analysis demonstrates radiotherapy-induced infiltration of macrophages expressing immunosuppressive genes into tumor in esophageal squamous cell carcinoma2023
Author(s)
Oyoshi H, Du J, Sakai SA, Yamashita R, Okumura M, Motegi A, Hojo H, Nakamura M, Hirata H, Sunakawa H, Kotani D, Yano T, Kojima T, Nakamura Y, Kojima M, Suzuki A, Zenkoh J, Tsuchihara K, Akimoto T, Shibata A, Suzuki Y, Kageyama S. Shun-Ichiro
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Journal Title
Science Advances
Volume: 9
Pages: －
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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