2022 Fiscal Year Annual Research Report

Development of personalized medicine for lung cancer using next-generation transcriptome

Research Project

Project/Area Number	22H02842
Allocation Type	Single-year Grants
Research Institution	Juntendo University
Principal Investigator	林大久生順天堂大学, 医学部, 准教授 (70569128)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	高阪真路国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (00627119) 松永浩子 (穴沢浩子) 早稲田大学, ナノ・ライフ創新研究機構, 次席研究員(研究院講師) (10592024) 高持一矢順天堂大学, 医学部, 先任准教授 (30397369) 村川泰裕京都大学, 高等研究院, 教授 (50765469) 北野滋久公益財団法人がん研究会, 有明病院がん免疫治療開発部, 部長 (60402682)
Project Period (FY)	2022-04-01 – 2026-03-31
Keywords	肺癌 / エンハンサー / トランスクリプトーム解析
Outline of Annual Research Achievements	本研究は、難治性がんの代表である肺癌患者の生命予後の改善を目的として、治療成績向上の要となる腫瘍発生・維持・悪性化・治療感受性並びに治療抵抗性の原因因子をトランスクリプトームレベルで特定し、治療効果予測バイオマーカー開発の元に個別化医療を推進させる。特徴として、1)肺癌患者検体を用いたエンハンサー・ゲノム転写ネットワークの包括的解析、2)細胞株を用いた薬剤摂動トランスクリプトーム解析による各種薬剤における制御因子の包括的解明、3) 肺癌組織を用いた継時的空間トランスクリプトーム解析による遺伝子発現プロファイリングを確立し、それらの統合解析を基に肺癌の発生・維持・悪性化・治療感受性の根源的な分子メカニズムの解明と因子同定を進め、その成果に基づいた個別化医療開発を推進することによる新規治療法を確立する。本年度は主に1)の解析を進め、111症例の患者由来の肺癌サンプルを用いたCAGEシーケンスデータにおいて、各々、約5x10^6のソフトクリップしたリードが検出された。FANTOM5に登録されたプロモータの発現パターンにより、腺癌、扁平上皮癌は別個のクラスターに分類された。また、334314個のエンハンサーが同定された。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned. Reason 111症例の肺癌症例に対するCAGEシーケンスデータにおいて、各々、約5x10^6のソフトクリップしたリードが検出された。FANTOM5に登録されたプロモータの発現パターンにより、腺癌、扁平上皮癌は別個のクラスターに分類され、さらに334314個のエンハンサーが同定された。
Strategy for Future Research Activity	さらに症例数を増やして、CAGE解析を行うとともに、組織像に特異的なエンハンサーの同定を進める。また、細胞株を用いた薬剤摂動トランスクリプトーム解析を進め肺癌組織を用いた継時的空間トランスクリプトーム解析によって注目すべき遺伝子の同定を進める。