2023 Fiscal Year Research-status Report
微小領域に限定した高深度オミクス技術による催奇形性因子の作用機序解析
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23KF0048
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
沖 真弥 京都大学, 医学研究科, 特定准教授 (90452713)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
ZOU ZHAONAN 京都大学, 医学研究科, 外国人特別研究員
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| Project Period (FY) |
2023-04-25 – 2025-03-31
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| Keywords | 環境因子 / エピゲノム / 転写制御機構 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
環境因子や薬物の作用機序を探索するために、公共ChIP-seqビッグデータを駆使し、薬物摂動トランスクリプトームを入力とする転写因子結合プロファイリング法が開発された（DEG-ChIPEA）。これによる推定精度を改善するため、本研究ではエピゲノムデータ（ATAC-seq）と 30 万件以上の公開ChIP-seqデータを組み合わせた統合解析手法（DAR-ChIPEA）を構築した。AUROC score を利用した精度評価により、環境汚染物質曝露に応答しアクセシビリティが変動するエンハンサーをまとめて制御する転写因子の同定における提案手法の有効性を確認した（DEG-ChIPEA, 0.70; DAR-ChIPEA, 0.73; p < 0.001）。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
環境汚染物質曝露に応答しアクセシビリティが変動するエンハンサーをまとめて制御する転写因子の同定手法を開発した。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の計画通り、化合物を添加した培地を用いた全胚培養実験を進めていく。
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| Causes of Carryover |
NGSシーケンスを複数回行う必要があり、時間を要している。次年度は繰越し金とともに実験の完遂をめざす。
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