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2014 Fiscal Year Annual Research Report

光合成・光化学系Ⅱ複合体の原子分解能における酸素発生機構の解明

Research Project

Project/Area Number 24227002
Research InstitutionOsaka City University

Principal Investigator

神谷 信夫  大阪市立大学, 複合先端研究機構, 教授 (60152865)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 八ツ橋 知幸  大阪市立大学, 大学院理学研究科, 教授 (70305613)
Project Period (FY) 2012-05-31 – 2017-03-31
Keywords光化学系II / 光合成 / 水分解 / 酸素発生 / 人工光合成 / 金属クラスター / 酸化状態 / SPring-8
Outline of Annual Research Achievements

光化学系II複合体(PSII)の水分解・酸素発生機構を解明するために、PSIIの酸素発生KokサイクルにおけるMn4Caクラスターの中間体(Si状態、i = 0 - 4)に関する構造情報を得ることを目指している。これまでに、既に報告したS1状態の構造(PDB-ID:3ARC)を見直して、Mn4Caクラスター内の原子間距離の精度をX線結晶学の立場から検証した。また構造解析に用いる回折強度データを可能な限り少ないX線量で収集し、Mn原子のX線還元を低減した構造解析を進めた。これらの結果に基づいて以下の5項目について構造解析を進めている。1酸素発生機構に関与する塩素イオンを臭素イオンまたはヨウ素イオンと入れ替えた2種類の置換体、2酸素発生に連動する電子移動を停止させる除草剤4種類との複合体、3遺伝子操作によりPSIIの小分子量サブユニットのひとつ、PsbMを欠失して電子移動速度が低下した変異体、4X線の異常分散効果を利用した、S1状態にあるMn4Caクラスターの4個のMn原子の価数の同定、5フェムト秒レーザーの多光子吸収を利用したS2状態の実現とその構造解析。
本年度は、昨年度までに確立した同型性の高い結晶を多数調製する技術に基づいて、構造解析に用いる回折強度データを可能な限り少ないX線量で収集し、Mn原子のX線還元を低減した構造解析を集中して進め、合計17個の結晶から回折強度データを収集し、従来の1割以下までX線還元を低減し、かつ回折分解能を従来の1.9 オングストロームから1.77オングストロームまで改善することに成功した。その結果、Mn4Caクラスターを構成するCaとそれに配位するアミノ酸残基、水の再配置構造を見いだすことができた。このCa再配置は過去15年に及ぶPSIIの結晶構造解析の歴史の中で初めて見いだされたものであり、大きな学術的インパクトをもっている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

「研究実績の概要」の項に記述したように、本研究の目標の内S1状態の構造の見直し(PDB-ID:3ARCを一部修正し、3WU2で再登録)は既に完了している。Mn4Caクラスターを構成するMn原子のX線還元を低減した構造解析にも成功した。目標の1から3については、合計7種類のPSII試料に対して既にX線結晶構造解析を既に完了させている。4については、昨年度に同型性の高い結晶を多数確保することに成功して研究を進め、現状の達成度は80%程度と考えている。5についても、フェムト秒レーザーの多光子吸収を利用してPSIIのS2状態を実現させる技術を開発することに成功し、多数のS2状態結晶を準備する作業を開始した。この研究項目に対する達成度は50%程度と考えている。

Strategy for Future Research Activity

本研究では、Mn4Caクラスターを構成するMn原子のX線還元を低減させた構造解析技術が全体の鍵となっており、今回新たに見いだされたCa再配置構造に関する研究を完成させる。研究目標の1から3については、7種類のPSII試料全てに対して結晶構造解析は完了しており、酸素発生活性測定、各種の分光学的測定を行って酸素発生機能に関する情報を含めて論文発表を行う。4については、さらに低いX線照射量の回折強度データを収集して、構造の再現性の確認を含めて目標の達成を目指す。5については、多数のS2状態の同型結晶を準備して結晶構造解析を行う。研究期間終了までには、すべての目標を達成し、PSIIの水分解・酸素発生機構の全容解明を目指す。

  • Research Products

    (17 results)

All 2015 2014

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (13 results) (of which Invited: 2 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] 3.Generalized Approximate Spin Projection Calculations of Effective Exchange Integrals of the CaMn4O5 Cluster in the S1 and S3 States of
Oxygen Evolving Complex of Photosystem II2014

    • Author(s)
      H. Isobe, M. Shoji, S. Yamanaka, H. Mino, Y. Umena, K. Kawakami, N. Kamiya, J.-R. Shen, and K. Yamaguchi
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 16 Pages: 11911-11923

    • DOI

      10.1039/c4cp00282b

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Multi-photon excitation of photosystem II by infrared femtosecond pulse laser2015

    • Author(s)
      Kanako Nakata, Yoshimasa Fukushima, Keisuke Kawakami, Yasufumi Umena, Tomoyuki Yatsuhashi, and N. Kamiya
    • Organizer
      The 2014 OCARINA Annual International Meeting
    • Place of Presentation
      Osaka City University, Osaka
    • Year and Date
      2015-03-04 – 2015-03-05
  • [Presentation] Inhibition mechanism of the water-splitting reaction of photosystem II by iodine ions2014

    • Author(s)
      Kawakami K., Hagiwara D., Umena Y., Fukushima Y., Ito A., Teki Y., Shen J.-R., and Kamiya N.
    • Organizer
      8th International Symposium on Nanomedicine
    • Place of Presentation
      Ehime University, Matsuyama
    • Year and Date
      2014-12-04 – 2014-12-06
  • [Presentation] Structure and function of Mn4CaO5(H2O)4 cluster in oxygen-evolving photosystem II2014

    • Author(s)
      Nobuo Kamiya
    • Organizer
      The 7th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • Place of Presentation
      Crowne Plaza Hotel on the Gold Coast, Queensland, Australia
    • Year and Date
      2014-11-30 – 2014-12-05
    • Invited
  • [Presentation] High-resolution and low-dose X-ray crystal structure of Photosytem II2014

    • Author(s)
      A. Tanaka, K. Kawakami, Y. Umena, N. Kamiya
    • Organizer
      2014 International Conference on Artificial Photosynthesis
    • Place of Presentation
      Awaji Yumebutai International Conference Center, Hyogo, Japan
    • Year and Date
      2014-11-24 – 2014-11-28
    • Invited
  • [Presentation] Inhibition mechanism of the water-splitting reaction of photosystem II by iodine ions2014

    • Author(s)
      Kawakami K., Hagiwara D., Umena Y., Fukushima Y., Ito A., Teki Y., Shen J.-R., and Kamiya N.
    • Organizer
      2014 International Conference on Artificial Photosynthesis
    • Place of Presentation
      Awaji Yumebutai International Conference Center, Hyogo, Japan
    • Year and Date
      2014-11-24 – 2014-11-28
  • [Presentation] 光化学系IIにおける高分解能・低損傷のX線結晶構造解析2014

    • Author(s)
      田中絢子, 川上恵典, 梅名泰史, 神谷信夫
    • Organizer
      結晶学会年会
    • Place of Presentation
      東京大学、東京
    • Year and Date
      2014-11-01 – 2014-11-03
  • [Presentation] 光化学系IIにおける酸素発生中心Mn4CaO5クラスターの吸収端波長X線結晶構造解析2014

    • Author(s)
      梅名泰史,川上恵典,沈建仁,神谷信夫
    • Organizer
      結晶学会年会
    • Place of Presentation
      東京大学、東京
    • Year and Date
      2014-11-01 – 2014-11-03
  • [Presentation] Large-Scale QM/MM study on the oxygen-evolving complex in the S1 state of photosystem II, CRC-SU Joint International Symposium on Chemical Theory for Complex Systems2014

    • Author(s)
      M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, J.-R. Shen, N. Kamiya, and K. Yamaguchi
    • Organizer
      "Interplay between Theory and Experiments: New Trends in Catalysis"
    • Place of Presentation
      Stockholm University, Stockholm, Sweden
    • Year and Date
      2014-10-30 – 2014-10-31
  • [Presentation] ヨウ素イオンによる光化学系II複合体の酸素発生阻害機構2014

    • Author(s)
      川上恵典, 萩原大介, 梅名泰史, 福島佳優, 伊藤亮孝, 手木芳男, 沈建仁, 神谷信夫
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-18
  • [Presentation] New approach in photosystem II crystal handlings: characterization using near-infrared imaging, dehydration of the glue coating crystals using humid gas and laser-processing to cylinder-shaped crystals2014

    • Author(s)
      Y. Umena, S. Baba, Y. Kawano, T. Kumasaka, N. Kamiya
    • Organizer
      15th International Conference on the Crystallization of Biological Macromolecules
    • Place of Presentation
      Humburg, Germany
    • Year and Date
      2014-09-17 – 2014-09-20
  • [Presentation] High-resolution and low-dose X-ray crystal structure of Photosytem II2014

    • Author(s)
      A. Tanaka, K. Kawakami, Y. Umena, N. Kamiya
    • Organizer
      23rd International Union of Crystallography (IUCr2014)
    • Place of Presentation
      Montreal, Canada
    • Year and Date
      2014-08-05 – 2014-08-12
  • [Presentation] 7.Crystallographic studies on the oxidation states of Mn atoms in Photosystem II using Mn K-edge anomalous scattering2014

    • Author(s)
      Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen and Nobuo Kamiya
    • Organizer
      23rd International Union of Crystallography (IUCr2014)
    • Place of Presentation
      Montreal, Canada
    • Year and Date
      2014-08-05 – 2014-08-12
  • [Presentation] ヨウ素イオンによる光化学系II複合体の酸素発生阻害機構2014

    • Author(s)
      川上恵典, 萩原大介, 梅名泰史, 福島佳優, 伊藤亮孝, 手木芳男, 沈建仁, 神谷信夫
    • Organizer
      第5回日本光合成学会年会
    • Place of Presentation
      近畿大学、奈良
    • Year and Date
      2014-05-30 – 2014-05-31
  • [Book] 光アライアンス2014

    • Author(s)
      梅名泰史, 神谷信夫
    • Total Pages
      5
    • Publisher
      日刊工業出版
  • [Book] 現代化学2014

    • Author(s)
      梅名泰史, 神谷信夫
    • Total Pages
      2
    • Publisher
      化学同人
  • [Book] 人工光合成 実用化に向けた最新技術~水素利用・有機物合成・エネルギー・CO2還元~2014

    • Author(s)
      川上恵典,神谷信夫
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      情報機構

URL: 

Published: 2016-06-01  

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