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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of mechanisms of biomaterial conversion mediated by amino group-modifying carrier protein and application

Research Project

Project/Area Number 24228001
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

西山 真  東京大学, 生物生産工学研究センター, 教授 (00208240)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 富田 武郎  東京大学, 生物生産工学研究センター, 助教 (50447364)
Project Period (FY) 2012-05-31 – 2017-03-31
Keywordsキャリアタンパク質 / 放線菌 / 二次代謝産物生合成
Outline of Annual Research Achievements

各磁気共鳴用cold probe(SuperCOOLプローブ・日本電子製)を用いることで、高分解能のデータを微量で解析できるようになった。
その結果、アミノ基キャリアタンパク質(AmCP)を介して生合成される新規非タンパク質性アミノ酸DADHが末端の水酸基がまずスルホン化され、その後αアミノ基がアセチル化を受けて生合成が進行することが明らかとなった。その後スルホン化によって活性化された末端水酸基とδアミノ基の間で三員環構造が形成され、それが非リボソーム型ペプチド合成酵素 (NRPS)にロードされ、α-βに二重結合が導入された後、アザビシクロ環が形成されると推測された。
また、同じくAmCPを経て生合成されたDADHを用いて合成される化合物s56-p1もまた、アザビシクロ環を経て生合成されると予想されている。s56-p1はアザビシクロ環に付加した水酸基にグリオキシル酸ヒドラゾンがエステル結合している。この構造に含まれる窒素-窒素結合形成は、まだその形成機構が明らかになっていないが、そこに関わるであろう遺伝子群をs56-p1合成酵素遺伝子中に見出した。新規購入したcold probeによって、最初の反応がリジンのεアミノ基を水酸化であることを明らかにしつつある。
タイプIIAmCP(AmCPII)が担う二次代謝産物の生合成についても、研究が進み、AmCPIIにグルタミン酸が付加した後に、リン酸化、還元を受け、グルタミン酸末端がセミアルデヒドになった後、C3化合物の付加、アミノ化が進行することが明らかになりつつある。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (28 results)

All 2017 2016 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (21 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 10 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Max Plank 研究所(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Max Plank 研究所
  • [Journal Article] Amino-group carrier-protein-mediated secondary metabolite biosynthesis in Streptomyces2016

    • Author(s)
      Hasebe Fumihito、Matsuda Kenichi、Shiraishi Taro、Futamura Yushi、Nakano Takeshi、Tomita Takeo、Ishigami Ken、Taka Hikari、Mineki Reiko、Fujimura Tsutomu、Osada Hiroyuki、Kuzuyama Tomohisa、Nishiyama Makoto
    • Journal Title

      Nature Chemical Biology

      Volume: 12 Pages: 967~972

    • DOI

      10.1038/NCHEMBIO.2181

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Characterization of two β-decarboxylating dehydrogenases from Sulfolobus acidocaldarius2016

    • Author(s)
      Takahashi Kento、Nakanishi Fumika、Tomita Takeo、Akiyama Nagisa、Lassak Kerstin、Albers Sonja-Verena、Kuzuyama Tomohisa、Nishiyama Makoto
    • Journal Title

      Extremophiles

      Volume: 20 Pages: 843~853

    • DOI

      10.1007/s00792-016-0872-4

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Lysine Biosynthesis ofThermococcus kodakarensiswith the Capacity to Function as an Ornithine Biosynthetic System2016

    • Author(s)
      Yoshida Ayako、Tomita Takeo、Atomi Haruyuki、Kuzuyama Tomohisa、Nishiyama Makoto
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 291 Pages: 21630~21643

    • DOI

      10.1074/jbc.M116.743021

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Determinants of dual substrate specificity revealed by the crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase from Thermus thermophilus in complex with homoisocitrate・Mg2+・NADH2016

    • Author(s)
      Takahashi Kento、Tomita Takeo、Kuzuyama Tomohisa、Nishiyama Makoto
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 478 Pages: 1688~1693

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2016.09.004

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Secondary metabolite biosynthesis mediated by amino-group carrier protein in Streptomyces2017

    • Author(s)
      NISHIYAMA, Makoto
    • Organizer
      9th US-Japan Seminar on the Biosynthesis of Natural Products
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Secondary metabolite biosynthesis mediated by amino-group carrier protein in Streptomyces2017

    • Author(s)
      NISHIYAMA, Makoto
    • Organizer
      Joint Symposium on Microbial Biotechnology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Amino-group carrier protein mediated amino acid biosynthesis2017

    • Author(s)
      NISHIYAMA, Makoto
    • Organizer
      The 19th Japanese-German Workshop on Enzyme Technology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 高度好熱菌Thermus thermophilus由来isopropylmalate synthaseのアシル化修飾による活性制御機構の解析2017

    • Author(s)
      吉田彩子、吉田稔、古園さおり、西山 真
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
  • [Presentation] 新規アミノ酸DADHによるマスト細胞の活性抑制2017

    • Author(s)
      白井智丈、笠倉和巳、長谷部文人、松田研一、八代拓也、西山 真、西山千春
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
  • [Presentation] 新規非タンパク性アミノ酸DADHによる免疫抑制作用2017

    • Author(s)
      関本崇弘、八代拓也、長谷部文人、松田研一、笠倉和巳、西山 真、西山千春
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
  • [Presentation] 好熱菌Thermus thermophilus由来のリジン生合成系酵素LysKとキャリアタンパク質LysWの相互作用機構に関する研究2017

    • Author(s)
      藤田理美、長谷部文人、CHO Su-Hee、富田武郎、葛山智久、西山 真
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
  • [Presentation] 新規天然化合物s56-p1の特異なヒドラゾンユニットの生合成に関する研究2017

    • Author(s)
      松田研一、新家一男、葛山智久、西山 真
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
  • [Presentation] 超好熱・好酸性古細菌Sulfolobus acidocaldariusにおけるアルギニン生合成酵素遺伝子の転写調節機構に関する研究2017

    • Author(s)
      中西史佳、富田武郎、葛山智久、西山 真
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
  • [Presentation] Streptomyces sp. SpE090715-01 produces a maleimycin-like compound using amino-group carrier protein (AmCP)2017

    • Author(s)
      Muhammad Prima PUTRA, Naito KAZUHIRO, Matsuda KENICHI, Tomita TAKEO, Shin-ya KAZUO, Kuzuyama TOMOHISA, Nishiyama MAKOTO
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
  • [Presentation] Discovery and biosynthetic characterization of a natural product biosynthesized via AmCP-mediated pathway2017

    • Author(s)
      Kenichi Matsuda, Fumihito Hasebe, Yuh Shiwa, Yu Kanesaki, Takeo Tomita, Hirofumi Yoshikawa, Kazuo Shin-ya, Tomohisa Kuzuyama, and Makoto Nishiyama
    • Organizer
      Directing Biosynthesis V
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] アミノ基キャリアタンパク質を介する生合成:発見と普遍性2016

    • Author(s)
      西山 真
    • Organizer
      東京理科大学 アグリ・バイオ公開シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] アミノ基結合型キャリアタンパク質を介したリジン生合成メタボロンの解析2016

    • Author(s)
      清水 哲、富田武郎、葛山智久、西山 真
    • Organizer
      生命システム原材料の起源と進化研究会
  • [Presentation] アミノ酸生合成系における反応の共通性と普遍性2016

    • Author(s)
      西山 真
    • Organizer
      第89回 日本生化学会 フォーラム
    • Invited
  • [Presentation] アミノ基キャリアタンパク質を介した多様な化合物の生合成2016

    • Author(s)
      西山 真
    • Organizer
      静岡県立大学 食糧栄養科学セミナー
    • Invited
  • [Presentation] アミノ基結合型キャリアタンパク質を指標とした探索による新規天然化合物s56-p1発見とその生合成に関する研究2016

    • Author(s)
      松田研一、西山 真
    • Organizer
      第7回 醗酵学フォーラム
  • [Presentation] アミノ基結合型キャリアタンパク質を介した二次代謝生合成機構の解明と新規有用生物活性物質の探索2016

    • Author(s)
      西山 真
    • Organizer
      公益財団法人 日本応用酵素協会 酵素研究助成 研究発表会
    • Invited
  • [Presentation] アミノ酸代謝関連酵素の構造・機能・調節2016

    • Author(s)
      西山 真
    • Organizer
      浅野酵素活性分子プロジェクト研究成果報告会
    • Invited
  • [Presentation] AmCP-mediated lysine biosynthesis and regulation2016

    • Author(s)
      Makoto Nishiyama
    • Organizer
      The Fifth International Symposium on Cofactors & Active Enzyme Molecule 2016
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] AmCP-mediated lysine biosynthesis and its regulation in thermophiles2016

    • Author(s)
      Makoto Nishiyama
    • Organizer
      The 11th International Congress on Extremophiles
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Analysis of protein acylation on enzymes involved in branched-chain amino acid in Thermus thermophilus2016

    • Author(s)
      Ayako Yoshida, Makoto Nishiyama, Minoru Yoshida, and Saori Kosono
    • Organizer
      The 11th International Congress on Extremophiles
    • Int'l Joint Research
  • [Book] アミノ基結合型キャリアタンパク質を介した二次代謝生合成機構の解明と新規有用生物活性物質の探索2016

    • Author(s)
      長谷部文人、西山 真
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      日本応用酵素協会
  • [Remarks] 東京大学 生物生産工学研究センター 細胞機能工学研究室

    • URL

      http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/biotec-res-ctr/saiboukinou/

URL: 

Published: 2018-12-17  

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