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2013 Fiscal Year Annual Research Report

ノンコーディングRNAを標的とする蛍光検出リガンドの創製と応用

Research Project

Project/Area Number 24350033
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

西澤 精一  東北大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (40281969)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 佐藤 雄介  東北大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (90583039)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
KeywordsノンコーディングRNA / 小分子 / 蛍光 / 検出 / 相互作用 / リガンド / TAR RNA
Research Abstract

タンパク質に翻訳されずに機能するRNAは、ノンコーディングRNA(ncRNA)と呼ばれる。ここ10年程の間に、ncRNAが関与する生物現象の発見が相次ぎ、生物学の知見が新しいものに塗替えられつつある。
本研究では、ncRNA研究に寄与しうる新しい分析ツールの提供を目指して、「RNA非翻訳領域を特異的に認識しうる新規な低分子蛍光性リガンドを設計・合成、これらの化合物に基づくRNA解析法並びに薬剤スクリーニング法を開発する」ことを試みる。具体的には、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)のTrans-activation responsive region(TAR RNA)、また、リボソームRNAのAサイトなどを研究対象とするもので、これらを標的とする高親和性・高選択的な蛍光検出リガンドを開発する。昨年度に引き続き、平成25年度は、TAR RNAを標的とする蛍光性リガンドの開発を重点的に進めた。
TAR RNAは、メッセンジャーRNAの5’末端に存在するヘアピン構造部分で、転写活性化タンパク質(Tat)がTAR RNAに結合してその転写を促進する。このため、HIV治療における創薬標的として注目されており、アミノグリコシド類やペプチド類を中心とした薬剤開発が進められている。一方、本研究では、非アミノグリコシド系の有機小分子化合物に着目、TAR RNA結合性化合物の探索と改良合成を行った。その結果、本年度、新たに蛍光性のシアニン色素誘導体が、TAR RNAに対する優れた結合選択性と結合力を示すことを見出した。競合反応に基づくスクリーニング指示薬としての応用も可能で、現在、数千化合物からなる化合物ライブラリーに対して、TAR RNA結合化合物のスクリーニングを進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

「研究実績の概要」で述べたように、現時点において、本研究で主要な標的とするTAR RNAに対する蛍光性リガンド(薬剤スクリーニングにおける検出試薬)を見出すことに成功している。現在、次のステップとして、TAR RNA結合化合物のスクリーニングへの応用研究を進めている状況である。
また、リボソームRNAのAサイトに結合しうる蛍光性リガンド(基本骨格)を見出すことにも成功している。今後、さらに結合機能と蛍光応答特性の改良合成を進めることで、スクリーニング指示薬としての応用が十分に期待できる。
以上により、本研究は、おおむね順調に進展していると自己評価している。

Strategy for Future Research Activity

概ね当初の研究計画に従って研究を進める。まず、TAR RNA結合リガンドに関しては、開発目標とした基本性能をほぼ達成しており、スクリーニング法への応用研究に重点をおく。
一方、リボソームRNAのAサイト結合リガンドに関しては、これまでに得た知見に基づき、スクリーニング指示薬としての機能(結合力、結合選択性、蛍光応答特性など)の改良を進めるとともに、スクリーニングへの応用研究を併せて進める。
以上のように研究を遂行し,核酸検出リガンドに基づく機能性RNA解析法の有用性を実証,新規な分析方法論として確立することを目指す。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

次年度使用額は、今年度の研究を効率的に推進したことに伴い発生した未使用額である。
平成26年度申請額とあわせ、平成26年度の研究遂行に使用する予定である。

  • Research Products

    (22 results)

All 2014 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (19 results) (of which Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Abasic Site-Binding Ligands Conjugated with Cyanine Dyes for "Off-On" Fluorescence Sensing of Orphan Nucleobases in DNA Duplexes and DNA/RNA Hybrids2014

    • Author(s)
      Y. Sato, M. Kudo, Y. Toriyabe, S. Kuchitsu, C.-X. Wang, S. Nishizawa, N. Teramae
    • Journal Title

      Chem. Commun.

      Volume: 50 Pages: 515-517

    • DOI

      10.1039/C3CC47717G

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Recent Progress in Abasic Site-binding Small Molecules for Detecting Single-base Mutations in DNA2014

    • Author(s)
      S. Nishizawa, Y. Sato, N. Teramae
    • Journal Title

      Analytical Sciences

      Volume: 30 Pages: 137-142

    • DOI

      10.2116/analsci.30.137

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] siRNA 解析を指向したPNA-チアゾールオレンジコンジュゲートの開発

    • Author(s)
      佐藤貴哉、佐藤雄介、岩井健太、久下周佐、西澤精一、寺前紀夫
    • Organizer
      第73回分析化学討論会
    • Place of Presentation
      北海道大学水産学部 函館キャンパス
  • [Presentation] 有機低分子化合物による核酸認識

    • Author(s)
      西澤精一
    • Organizer
      第30回無機分析化学コロキウム
    • Place of Presentation
      東北大学川渡共同セミナーセンター
    • Invited
  • [Presentation] TAR RNAを標的とする蛍光性リガンドの開発 : HIV転写阻害物質の蛍光スクリーニングへの応用

    • Author(s)
      伊東良子、佐藤雄介、寺前紀夫、西澤精一
    • Organizer
      平成25年度日本分析化学会東北支部若手交流会(優秀賞)
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市
  • [Presentation] siRNA 解析を目指したピレン-PNA-TO分子の設計とその機能評価

    • Author(s)
      佐藤貴哉、佐藤雄介、岩井健太、久下周佐、寺前紀夫、西澤精一
    • Organizer
      平成25年度日本分析化学会東北支部若手交流会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市
  • [Presentation] Thiazole Orange as a fluorescent ligand to target TAR RNA

    • Author(s)
      Yoshiko Ito, Yusuke Sato, Norio Teramae, Seiichi Nishizawa
    • Organizer
      RSC Tokyo International Conference 2013
    • Place of Presentation
      幕張メッセ国際展示場
  • [Presentation] Lumazine-Peptide Conjugates Display Enhanced Affinity for RNA Targets

    • Author(s)
      Hiroki Saito, Yusuke Sato, Norio Teramae, Seiichi Nishizawa
    • Organizer
      RSC Tokyo International Conference 2013
    • Place of Presentation
      幕張メッセ国際展示場
  • [Presentation] PNA-TO conjugates as fluorescent probes for siRNA analysis

    • Author(s)
      Takaya Sato, Yusuke Sato, Kenta Iwai, Shusuke Kuge, Norio Teramae, Seiichi Nishizawa
    • Organizer
      RSC Tokyo International Conference 2013
    • Place of Presentation
      幕張メッセ国際展示場
  • [Presentation] ペプチド性側鎖を利用する核酸結合リガンドの開発

    • Author(s)
      西澤精一、菅井祥加、佐藤雄介、寺前紀夫
    • Organizer
      日本分析化学会第62年会
    • Place of Presentation
      近畿大学 東大阪キャンパス
  • [Presentation] 細胞内siRNA解析を指向した蛍光性プローブの開発

    • Author(s)
      佐藤雄介、佐藤 貴哉、岩井 健太、久下 周佐、寺前 紀夫、西澤 精一
    • Organizer
      日本分析化学会第62年会
    • Place of Presentation
      近畿大学 東大阪キャンパス
  • [Presentation] ウイルスRNAを標的とする蛍光性リガンドの開発とハイスループットスクリーニングへの応用

    • Author(s)
      伊東良子、佐藤雄介、寺前紀夫、西澤精一
    • Organizer
      日本分析化学会第62年会(若手講演ポスター賞)
    • Place of Presentation
      近畿大学 東大阪キャンパス
  • [Presentation] ペプチド性側鎖の導入によるルマジン誘導体のRNA結合力の向上

    • Author(s)
      齊藤裕貴、佐藤雄介、寺前紀夫、西澤精一
    • Organizer
      日本分析化学会第62年会(若手講演ポスター賞)
    • Place of Presentation
      近畿大学 東大阪キャンパス
  • [Presentation] PNA-TO コンジュゲートを用いたsiRNA選択的検出

    • Author(s)
      佐藤貴哉、佐藤雄介、岩井健太、久下周佐、寺前紀夫、西澤精一
    • Organizer
      日本分析化学会第62年会
    • Place of Presentation
      近畿大学 東大阪キャンパス
  • [Presentation] Design and Synthesis of DNA- and RNA-binding Ligands for Analytical Applications

    • Author(s)
      Seiichi Nishizawa
    • Organizer
      International Symposium for the 70th Anniversary of the Tohoku Branch of the Chemical Society of Japan
    • Place of Presentation
      東北大学川内北キャンパス
    • Invited
  • [Presentation] 細胞内RNA解析を指向した蛍光性プローブの開発

    • Author(s)
      佐藤雄介
    • Organizer
      生物物理学会 東北支部会2013
    • Place of Presentation
      東北大学片平キャンパス
  • [Presentation] Design and Synthesis of DNA- and RNA-binding Ligands for Analytical Applications

    • Author(s)
      Seiichi Nishizawa
    • Organizer
      The 3rd Dalian University of Technology - Tohoku University Joint Symposium in Chemistry
    • Place of Presentation
      東北大学片平さくらホール
    • Invited
  • [Presentation] 細胞内 siRNA 解析を目指した蛍光性プローブの開発

    • Author(s)
      佐藤貴哉、佐藤雄介、岩井健太、久下周佐、寺前紀夫、西澤精一
    • Organizer
      第7回 6専攻合同シンポジウム「ヤングブレインズの連携による学際的研究の興隆」(若手講演ポスター賞)
    • Place of Presentation
      東北大学北青葉山キャンパス理学総合棟
  • [Presentation] 核酸結合リガンドの合成と分析化学的応用

    • Author(s)
      西澤精一
    • Organizer
      日本化学会東北支部秋田地区講演会
    • Place of Presentation
      秋田大学ベンチャービジネスラボラトリー
    • Invited
  • [Presentation] TAR RNAを標的とする蛍光性小分子の開発:蛍光スクリーニングへの応用

    • Author(s)
      伊東良子、佐藤雄介、寺前紀夫、西澤精一
    • Organizer
      日本化学会第94春季年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学 東山キャンパス
  • [Presentation] siRNA選択的蛍光プローブの開発

    • Author(s)
      佐藤貴哉、佐藤雄介、岩井健太、久下周佐、寺前紀夫、西澤精一
    • Organizer
      日本化学会第94春季年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学 東山キャンパス
  • [Remarks] 東北大学大学院理学研究科化学専攻分析化学研究室(西澤研究室)

    • URL

      http://www.anal.chem.tohoku.ac.jp

URL: 

Published: 2015-05-28  

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