2012 Fiscal Year Annual Research Report
エクソーム解析による小児喘息発症の個別化医療と創薬のための分子標的遺伝子の探索
Project/Area Number |
24390251
|
Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
|
Research Institution | University of Tsukuba |
Principal Investigator |
野口 恵美子 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (40344882)
|
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
岡村 浩司 国立成育医療研究センター, 周産期病態研究部, 室長 (80456194)
|
Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
|
Keywords | アレルギー / エクソーム |
Research Abstract |
申請者はアレルギー疾患の遺伝要因の解明を目的に遺伝子多型および網羅的遺伝子発現解析を通して病態の解明を行ってきた。アレルギーを含む多因子疾患において、近年複数の稀な遺伝子変異が疾患発症に強い影響を持つことが明らかとなり、これらの稀な変異により喘息の強い遺伝率を説明することができると考えられている。そこで申請者は次世代シークエンサーを使用した世界初の気管支喘息のエクソーム解析により疾患発症に強い影響を与える遺伝子の同定をおこない現在までのゲノム解析では達成されていない発症予測、個別化医療、分子標的薬の開発に発展させることを本研究の目的とする。初年度にあたる今年度は少数例(5例)のぜんそく患者サンプルを使用してsoLiD5500によるシークエンスを行った。データ解析にはsoLiDに付属しているLifeScope version2.5によるマッピングののちGenome analysis toolkit(GATK Broad Institute、version2.4.3)を使用してバリアントコールを行った。検出されたバリアントについてはAnnovar(http://www.openbioinfbrmatics.org/annovar/)を使用してアノテーションの付加を行った。サイトカイン、転写因子に存在し、かつタンパク質の機能に影響すると予測される1000Genome、dbSNPの登録されていないSNV/smallindelを複数同定した。
|
Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
次世代シークエンサーはそのプラットフォームの変更が著しく、解析法も日々進歩している。本年度は初年度にあたるため5名の患者サンプルを使用してExome解析を行い、もっとも最適な実験法と解析法についての検討も行った。次年度はさらにサンプル数を増やすことにより目的達成に向けて努力する。
|
Strategy for Future Research Activity |
重症の喘息を中心にエクソーム解析を行う。エクソーム解析は費用が高額になってしまうが、ターゲット遺伝子がいくつかしぼれた後は、別機種の次世代シークエンサー(Ion PGM, Lifetechnologies)を使用してターゲットリシークエンスをサンプル数を増やして行う。
|
Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
次世代シークエンサーによるエクソーム解析は新しい手法であり、近年の他のcommon diseasesのエクソーム解析の報告を参考とすると疾患の中でも重症な症例をターゲットとする必要がある。小児においては難治性喘息の症例を集めることは困難であるが、成人については研究協力者において既に収集されたものが存在する。そこで次年度は成人の難治性喘息を含めてエクソーム解析を行う予定である。
|
Research Products
(6 results)
-
[Journal Article] A Distinct Sensitization Pattern Associated with Asthma and the Thymic Stromal Lymphopoietin (TSLP) Genotype2013
Author(s)
Iijima H, Kaneko Y; Yamada H, Yatagai Y, Masuko H, Sakamoto T, Naito T, Hirota T, Tamari M, Konno S, Nishimura M, Noeuchi E, Hizawa N
-
Journal Title
Allergol Int
Volume: 62
Pages: 123-130
DOI
Peer Reviewed
-
-
[Journal Article] Genome-wide association study identifies eight new susceptibility loci for atopic dermatitis in the Japanese population2012
Author(s)
Hirota T, Takahashi A, Kubo M, Tsunoda T, Tomita K, Sakashita M, Yamada T, Fujieda S, Tanaka S, Doi S, Miyatake A, Enomoto T Nishiyama C, Nakano N, Maeda K, Okumura K, Ogawa H, Ikeda S, Noguchi E. Sakamoto T, Hizawa N, Ebe K, Saeki H, Sasaki T, Ebihara T, Amagai M, Takeuchi S, Furue M, Nakamura Y, Tamari M
-
Journal Title
Nat Genet
Volume: 44
Pages: 1222-1226
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] Generation of induced pluripotent stem cells from human nasal epithelial cells using a Sendai virus vector2012
Author(s)
Ono M, Hamada Y, Horiuchi Y, Matsuo-Takasaki M, Imoto Y, Satomi K, Arinami T, Hasegawa M, Fujioka T, Nakamura Y, Noguchi E
-
Journal Title
PLoS One
Volume: 7
Pages: e42855
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] Association of adiponectin polymorphism with cord blood adiponectin concentrations and intrauterine growth2012
Author(s)
Saito M, Kamoda T, Nishimura K, Miyazono Y, Kanai Y, Kato Y, Iwabuchi A, Fukushima H, Hamada H, Arinami T, Sumazaki R, Noeuchi E
-
Journal Title
J Hum Genet
Volume: 57
Pages: 109-114
DOI
Peer Reviewed
-