2014 Fiscal Year Annual Research Report
結核菌臨床分離株における宿主定着・適応因子の究明と遺伝子型別技術の補完
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24689034
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
和田 崇之 長崎大学, 熱帯医学研究所, 助教 (70332450)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 感染症 / ゲノム / 公衆衛生 / 社会医学 / 分子疫学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
結核は世界人口の約1/3が既感染であると推定され、三大感染症の一つに数えられる。原因菌であるヒト結核菌では、遺伝多型分析によって複数の系統群が見出され、それぞれの系統群が地域特異的に定着している傾向が明らかとなってきた。東アジアでは「北京型」と呼ばれる系統群が定着しており、日本では分離株の約80%が同群に属している。G3群、G4群と名付けられた亜系統群は、日本では高頻度で検出される一方、海外では周辺国を含めて分離例が少なく、日本固有の疫学的背景、宿主適応によって優先的に定着していると考えられる。本課題では、こうした日本の特異性に着目してゲノム比較を行い、以下の2項目を中心に検討した。
I) 各亜系統群の内部系統分岐を調べ、分岐マーカーとして利用できる変異をゲノムデータのマッピング解析から同定した。特に、先行研究では充分解析されていなかったG3群、G4群を中心に、地域的に広い範囲で菌株を選択して分析したところ、NJ系統樹で両群ともに分離地域に関係なく分岐点が集中しており、いずれも短期間のうちに拡散し、その後国内固有群として広く定着した経緯が示唆された。G4群では、こうした内部分岐に関係なく従来法（VNTR型別法）での型別一致株が出現する傾向にあり、同型別法の信頼度が系統ごとに異なる可能性が示唆された。
II)結核菌には相同遺伝子が多く、抗原変化などの病原性、宿主適応に関連するとされているが、高い相同性とGC比が問題点となり、従来のゲノム解析では比較が難しい。そこで代表的な菌株を系統的に選択してPacBio RSにより完全長ゲノムを決定し、より精密な比較を可能とすることを検討した。本年度は新学術領域「ゲノム支援」のサポートを受け、計12株の系統代表株のフルゲノム配列を取得できた。しかし解析は途上であり、研究期間終了後に継続して解析を進める予定である。
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| Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Presentation] Phylogenetic uniqueness and its historical backgrounds of Mycobacterium tuberculosis in Japan2015
Author(s)
Wada T, Iwamoto T, Maeda S, Seto J, Tamaru A, Hase A, Murakami K, Takara T, Ahiko T, Yamamoto T.
Organizer
International Symposium on Genome Science 2015 "Expanding Frontiers of Genome Science II"
Place of Presentation
Hitotsubashi-Hall (Minato-ku, Tokyo, Japan)
Year and Date
2015-01-20 – 2015-01-21
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