新規バクテリオファージゲノム由来ヌクレオシドの抗ウイルス活性の可能性検討

2014 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 24791025
• Research Institution: Kochi University
• Principal Investigator: 内山 淳平 高知大学, 教育研究部 医療学系, 助教 (20574619)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2015-03-31
• Keywords: ファージ / ヌクレオシド / LC-MS / 核酸分析

Outline of Annual Research Achievements

ウイルス感染症に対する化学療法では、ウイルスの複製を阻害させる核酸類似体が使用されている場合がある。中でも、ヌクレオシドの構造をベースにした核酸類似体が高頻度で使用されている。一部のバクテリオファージ（ファージ）は、様々な修飾された核酸塩基を有していると期待される。新規の核酸誘導体は、抗ウイルス薬のリソースになりうる可能性を十分有している。それゆえ、本申請研究では、ファージの新規ヌクレオシドの捜索を行った。
平成24年度では、酵素を使用しファージ核酸をヌクレオシドへ分解し、LC―MS（ナノ液体クロマトグラフィー・精密質量分析器）による分解ヌクレオシドを定量的に測定可能な分析方法を立ち上げた。数種類のファージ核酸を分析した結果、ユニークなヌクレオシド構造は認められなかった。しかしながら、数種類の同属に属するファージDNAの分析を行ったところ、ヌクレオシドの種類と遺伝学的な分類方法で相関性がみられることが明らかとなった。これを、論文に報告した（Uchiyama J, et al. (2012) Arch Virol. 157(8):1587-92.）平成25年度は、ファージのヌクレオシドの測定により、チミンの代わりにデオキシウラシル（dU）を有するファージを発見した。平成26年度は、これら、dUを有するゲノムDNAに有するファージの発見を論文へ報告した（Uchiyama J, et al. 2014 ISME J. 8(9):1949-52.）。

Research Products

• [Journal Article] The age of the phage (2014)
  • Author(s): Matsuzaki S, Uchiyama J, Takemura-Uchiyama I, Daibata M.
  • Journal Title: Nature Volume: 509 Pages: S9
  • DOI: 10.1038/509S9a
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Complete genome sequence of a Pseudomonas aeruginosa bacteriophage KPP23 belonging to family Siphoviridae (2014)
  • Author(s): Yamaguchi K, Miyata R, Shigehisa R, Uchiyama J, Takemura-Uchiyama I, Kato S, Ujihara T, Sakaguchi Y, Daibata M, Matsuzaki S
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 2(3) Pages: pii: e00233-14
  • DOI: 10.1128/genomeA.00233-14
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Characterization of a novel Pseudomonas aeruginosa bacteriophage, KPP25, of the family Podoviridae (2014)
  • Author(s): Miyata R, Yamaguchi K, Uchiyama J, Shigehisa R, Takemura-Uchiyama I, Kato S, Ujihara T, Sakaguchi Y, Daibata M, Matsuzaki S
  • Journal Title: Virus Research Volume: 189 Pages: 43-46
  • DOI: 10.1016/j.virusres.2014.04.019
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Experimental phage therapy against lethal lung-derived septicemia caused by Staphylococcus aureus in mice (2014)
  • Author(s): Takemura-Uchiyama I, Uchiyama J, Osanai M, Morimoto N, Asagiri T, Ujihara T, Daibata M,Sugiura T, Matsuzaki S
  • Journal Title: Microbes and Infection Volume: 16(6) Pages: 512-517
  • DOI: 10.1016/j.micinf.2014.02.11
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Intragenus generalized transduction in Staphylococcus spp. by a novel giant phage (2014)
  • Author(s): Uchiyama J, Takemura-Uchiyama I, Sakaguchi Y, Gamoh K, Kato S, Daibata M, Ujihara T, Misawa N, Matsuzaki S
  • Journal Title: ISME J Volume: 8 Pages: 1949-1952
  • DOI: 10.1038/ismej.2014.29
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] In silico analysis of AHJD-like viruses, Staphylococcus aureus phages S24-1 and S13’, and study of phage S24-1 adsorption (2014)
  • Author(s): Uchiyama J, Takemura-Uchiyama I, Kato S, Sato M, Ujihara T, Matsui H, Hanaki H, Daibata M, Matsuzaki S
  • Journal Title: MicrobiologyOpen Volume: 3(2) Pages: 257-270
  • DOI: 10.1002/mbo3.166
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Draft genome sequence of Clostridium botulinum type B strain Osaka05 (2014)
  • Author(s): Sakaguchi Y, Hosomi K, Uchiyama J, Ogura Y, Umeda K, Sakaguchi M, Kohda T, Mukamoto M, Misawa N, Matsuzaki S, Hayashi T, Kozaki S
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 2(1) Pages: e01010-13
  • DOI: 10.1128/genomeA.01010-13
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Genomic and phylogenetic traits of Staphylococcus phages S25-3 and S25-4 (family Myoviridae, genus Twort-like viruses) (2014)
  • Author(s): Takemura-Uchiyama I, Uchiyama J, Kato S, Ujihara T, Daibata M, Matsuzaki S
  • Journal Title: Annals of Microbiology Volume: 64 Pages: 1453-1456
  • DOI: 10.1007/s13213-013-762-2
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] ファージ吸着分子を利用した簡易迅速細菌検出技術 (2014)
  • Author(s): 内山淳平、松井秀仁、内山（竹村）伊代、渡辺茂、花木秀明、松崎茂展
  • Journal Title: 化学工業 Volume: 65(8) Pages: 588-595
• [Presentation] B型ボツリヌス菌のボツリヌス毒素遺伝子をコードするプラスミド解析 (2015)
  • Author(s): 阪口義彦、内山淳平、細見晃司、幸田知子、松崎茂展、小椋義俊、林哲也、林俊治、小崎俊司、向本雅郁
  • Organizer: 第88回日本細菌学会総会
  • Place of Presentation: 岐阜県（長良川国際会議場）
  • Year and Date: 2015-03-26 – 2015-03-28
• [Presentation] 各種ファージに対する黄色ブドウ球菌受容体の解析 (2015)
  • Author(s): 内山淳平、黒川健児、阪口義彦、内山（竹村）伊代、氏原隆子、村上雅尚、大畑雅典、松崎茂展
  • Organizer: 第88回日本細菌学会総会
  • Place of Presentation: 岐阜県（長良川国際会議場）
  • Year and Date: 2015-03-26 – 2015-03-28
• [Presentation] 黄色ブドウ球菌感染症迅速診断キットを目指したファージクロマトグラフ法の開発 (2014)
  • Author(s): 内山淳平
  • Organizer: 第2回A-step発 新技術説明会
  • Place of Presentation: 東京都（JST本部）
  • Year and Date: 2014-11-20 – 2014-11-20
  • Invited
• [Presentation] ヒトの健康に関するファージ応用・基礎研究 (2014)
  • Author(s): 内山淳平
  • Organizer: 京都大学大学院医学研究科微生物感染症学分野セミナー
  • Place of Presentation: 京都府（京都大学医学部微生物学講座）
  • Year and Date: 2014-10-17 – 2014-10-17
  • Invited
• [Presentation] クライオ電子顕微鏡による新規大型黄色ブドウ球菌バクテリオファージS6の構造解析 (2014)
  • Author(s): 宮崎直幸、内山淳平、松崎茂展、村田和義
  • Organizer: 第87回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 京都府（国立京都国際会館）
  • Year and Date: 2014-10-15 – 2014-10-18
• [Presentation] ピロリ菌における KHP30 様ファージの溶原性に関する研究 (2014)
  • Author(s): 内山淳平、内山（竹村）伊代、阪口義彦、竹内啓晃、村上雅尚、氏原隆子、大畑雅典、松崎茂展
  • Organizer: 第67回 日本細菌学会中国・四国支部総会
  • Place of Presentation: 徳島県（徳島文理大学薬学部13号館4階大講義室）
  • Year and Date: 2014-10-04 – 2014-10-05
• [Presentation] Bacteriophage in human health and diseases (2014)
  • Author(s): Uchiyama J
  • Organizer: Mahidol’s Day memorial seminar
  • Place of Presentation: Prince of Songkla University, Hat Yai, Songkhla, Thailand
  • Year and Date: 2014-09-25 – 2014-09-25
  • Invited
• [Presentation] Bacteriophage research for human health (2014)
  • Author(s): Uchiyama J
  • Organizer: Mahidol’s Day memorial lecture
  • Place of Presentation: Walailak University, Nakhon Si Thammarat, Thailand
  • Year and Date: 2014-09-24 – 2014-09-24
  • Invited
• [Presentation] バクテリオファージ療法の現状と可能性 (2014)
  • Author(s): 松崎茂展，内山淳平，内山伊代，村上雅尚，大畑雅典
  • Organizer: 2014年度日本農芸化学会西日本支部大会
  • Place of Presentation: 佐賀県（HOTELグランデはがくれ）
  • Year and Date: 2014-09-18 – 2014-09-19
  • Invited
• [Presentation] クライオ電子顕微鏡による黄色ブドウ球菌S6ファージの構造解析 (2014)
  • Author(s): 宮崎直幸、内山淳平、松崎茂展、村田和義
  • Organizer: 第5回ファージ研究会
  • Place of Presentation: 三重県（三重大学生物資源学部大講義室）
  • Year and Date: 2014-09-04 – 2014-09-05
• [Presentation] Generalized transduction experiment in vitro among Staphylococcus spp., using a novel giant phage S6 (2014)
  • Author(s): Jumpei Uchiyama, Iyo Takemura-Uchiyama, Yoshihiko Sakaguchi, Shin-ichiro Kato, Keiji Gamoh, Naoaki Misawa, Masanao Murakami, Masanori Daibata, Shigenobu Matsuzaki
  • Organizer: 第5回ファージ研究会
  • Place of Presentation: 三重県（三重大学生物資源学部大講義室）
  • Year and Date: 2014-09-04 – 2014-09-05
• [Presentation] Generalized transduction in vitro among Staphylococcus spp., using a novel phage S6 (2014)
  • Author(s): Jumpei Uchiyama, Iyo Takemura-Uchiyama, Yoshihiko Sakaguchi, Shin-ichiro Kato, Keiji Gamoh, Naoaki Misawa, Masanori Daibata, Shigenobu Matsuzaki
  • Organizer: IUMS (International Union of Microbiological Societies Congress) 2014
  • Place of Presentation: Montreal, Canada（Montreal’s Convention Centre）
  • Year and Date: 2014-07-27 – 2014-08-01
• [Presentation] KHP30-like phages among clinical isolates of Helicobacter pylori (2014)
  • Author(s): 6.Iyo Takemura-Uchiyama, Jumpei Uchiyama, Hiroaki Takeuchi, Keiji Gamoh, Yoshihiko Sakaguchi, Shin-ichiro Kato, Takako Ujihara, Masanori Daibata, Shigenobu Matsuzaki
  • Organizer: IUMS (International Union of Microbiological Societies Congress) 2014
  • Place of Presentation: Montreal, Canada（Montreal’s Convention Centre）
  • Year and Date: 2014-07-27 – 2014-08-01
• [Presentation] Analysis of botulinum neurotoxin type G gene-encoding plasmid in Clostridium argentinense strain 2740 (2014)
  • Author(s): 7.Yoshihiko Sakaguchi, Jumpei Uchiyama, Tomonori Suzuki, Yumiko Yamamoto, Koji Hosomi, Tomoko Kohda, Shigenobu Matsuzaki, Tetsuya Hayashi, Masafumi Mukamoto, Keiji Oguma
  • Organizer: IUMS (International Union of Microbiological Societies Congress) 2014
  • Place of Presentation: Montreal, Canada（Montreal’s Convention Centre）
  • Year and Date: 2014-07-27 – 2014-08-01
• [Presentation] ファージセラピーの現状と課題 (2014)
  • Author(s): 内山淳平、松崎茂展
  • Organizer: ファージセラピー臨床応用研究会
  • Place of Presentation: 酪農学園大学、北海道
  • Year and Date: 2014-07-19 – 2014-07-19
  • Invited
• [Presentation] これまでの研究紹介と今後の研究 (2014)
  • Author(s): 内山淳平
  • Organizer: ファージセラピー臨床応用研究会
  • Place of Presentation: 北海道（酪農学園大学）
  • Year and Date: 2014-07-19 – 2014-07-19
  • Invited
• [Book] Phage Therapy: Current Research and Applications (2014)
  • Author(s): Matsuzaki S*, Uchiyama J, Takemura-Uchiyama I, Daibata M
  • Total Pages: 378（237-256）
  • Publisher: Caister Academic Press
• [Book] 膵癌に対する化学療法: 新規治療法はあるのか？膵癌療法up-to-date 2015 (2014)
  • Author(s): 竹崎由佳、内山淳平、宗景匡哉、北川博之、並川努、花崎和弘
  • Total Pages: 428（185-190）
  • Publisher: 医学図書出版株式会社