2013 Fiscal Year Annual Research Report
蛋白質相互作用におけるパターン認識のモレキュラーダイナミクス
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25220205
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
浜窪 隆雄 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (90198797)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
堀内 恵子 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教 (00456203)
岩成 宏子 東京大学, 先端科学技術研究センター, 准教授 (20176556)
太期 健二 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教 (20466866)
川村 猛 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教 (70306835)
篠田 恵子 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教 (80646951)
津本 浩平 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90271866)
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| Project Period (FY) |
2013-05-31 – 2018-03-31
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| Keywords | スプライシング / 自然免疫 / タンパク質相互作用 / 分子認識 / コンピュータシミュレーション |
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| Outline of Annual Research Achievements |
i)ＰＴＸ３の分子認識機構と自然免疫
ヒストンＨ３について、ＨＵＶＥＣ（ヒト臍帯静脈内皮細胞）傷害に関与する部位を調べるため、部分ペプチドを作製し傷害活性を調べた。その結果、Ｃ端３０アミノ酸部位が明確な活性を有することを突き止めた。２０アミノ酸では、データが安定せず、高次構造が必要なものと考えられる。ＰＴＸ３についてもＮ端半分のペプチド断片からさらにヒストン相互作用部位を絞り込み、Ｎ端ペプチドを同定した。このペプチドはＭＤシミュレーションにより、構造をとらないと予測された。また、断片化したペプチドを用いても凝集反応は見られ、凝集反応が起こらない相互作用ペプチドは今後とも探索が必要と考えられる。また、ヒストンＨ３に対する抗体を作製した。
ii)ＲＮＡプロセッシングと細胞周期および細胞分化とのかかわり
ＷＴＡＰの特異抗体を用いて、ＨＵＶＥＣにて免沈ショットガンプロテオミクスにより同定した複合体タンパク質について、ＣＢＬＬ１とはＲＩＮＧフィンガーで相互作用し、またBCLF1/THRAP3ヘテロマーと相互作用することにより、核スペックルに局在することを明らかにした。核スペックルではＭＡＬＡＴ１とも相互作用し、スプライシングに関与していることが示唆された。また、ＷＴＡＰ自身のオルタナティブスプライシングに関与することをプローブ作製により示した。これらの知見をＪＢＣ誌に発表した。本論文で発表したＷＴＡＰ複合体にはm(6)A methyltransferase (MTA70)が含まれており、ＲＮＡ修飾の役割も示唆された。
ＷＴＡＰとＲＮＡの相互作用を解析するため、精製系を大腸菌とバキュロウイルス発現系で試みたが、収率の問題や多量体化の問題などが明らかになり、精製条件の最適化が必要と考えられた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
ＷＴＡＰタンパク質の精製により、ＲＮＡとの相互作用を解析する目的で、大腸菌とバキュロ発現系を試行したが、多量体化のためか収量が少なく、条件決めに難航した。また、シミュレーションに関しても、ＰＴＸ３のＮ端は構造をとらない可能性が高いことが判明し、抗体作製等、戦略の練り直しが必要と考えられた。
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| Strategy for Future Research Activity |
精製法を大腸菌発現系にしぼり、変異導入等、条件決めのスピードをあげる。ＷＴＡＰのバイオロジーからの戦略を広げるため、血球分化の系の解析を展開する。ヒストンの細胞傷害活性についても分子メカニズム解析を行い、バイオマーカーの探索を行う。それによりＰＴＸ３の敗血症における治療薬戦略をひろげる。
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Research Products
(21 results)
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[Journal Article] Human mannose-binding lectin 2 is directly regulated by peroxisome proliferator-activated receptors via a peroxisome proliferator responsive element.2013
Author(s)
Tachibana K , Takeuchi K , Inada H , Sugimoto K , Ishimoto K , Yamashita M , Maegawa T , Yamasaki D , Osada S , Tanaka T , Rakugi H , Hamakubo T , Sakai J , Kodama T , Doi T.
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Journal Title
J Biochem.
Volume: 154(3)
Pages: 265-73
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Establishment of monoclonal antibodies against the extracellular domain that block binding of NMO-IgG to AQP4.2013
Author(s)
Miyazaki K, Abe Y, Iwanari H, Suzuki Y, Kikuchi T, Ito T, Kato J, Kusano-Arai O, Takahashi T, Nishiyama S, Ikeshima-Kataoka H, Tsuji S, Arimitsu T, Kato Y, Sakihama T, Toyama Y, Fujihara K, Hamakubo T, Yasui M.
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Journal Title
J Neuroimmunol.
Volume: 260(1-2)
Pages: 107-16
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] G protein-dependent basal and evoked endothelial cell vWF secretion.2013
Author(s)
Rusu L, Andreeva A, Visintine DJ, Kim K, Vogel SM, Stojanovic-Terpo A, Chernaya O, Liu G, Bakhshi FR, Haberichter SL, Iwanari H, Kusano-Arai O, Suzuki N, Hamakubo T, Kozasa T, Cho J, Du X, Minshall RD.
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Journal Title
Blood
Volume: 123(3)
Pages: 442-50
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] A mesodermal factor, T, specifies mouse germ cell fate by directly activating germline determinants.2013
Author(s)
Aramaki S , Hayashi K , Kurimoto K , Ohta H , Yabuta Y , Iwanari H , Mochizuki Y , Hamakubo T , Kato Y , Shirahige K , Saitou M.
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Journal Title
Dev Cell
Volume: 27(5)
Pages: 516-29
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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