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2015 Fiscal Year Annual Research Report

トランスポゾン侵略から生殖細胞ゲノムをまもるpiRNA動作原理の統合的理解

Research Project

Project/Area Number 25221101
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

塩見 美喜子  東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (20322745)

Project Period (FY) 2013-05-31 – 2018-03-31
KeywordsPIWI / piRNA / トランスポゾン / RNAサイレンシング / ショウジョウバエ
Outline of Annual Research Achievements

OSCのYb body構造体の形成因子の同定をこころみた。Yb bodyの構成因子であるSoYbに対する抗体によって免疫沈降を行い、その複合体に含まれる新規因子のMS解析をすすめた。また、Yb body因子として知られる4因子のYb body形成過程における分子ヒエラルキーを明らかにすることを目的として、各因子をRNAiでノックダウンした状態において、それぞれの因子に対する抗体を用いて免疫染色を行った。VretはSoYbを安定化する因子であると同時に、二者は複合体としてYb bodyに取り込まれること、Yb body形成のヒエラルキーは、Yb>Armi>Vret/SoYbであることが判明した。Ping-PongサイクルにおけるVasaの機能解析もすすめ、VasaはPing-Pongサイクルの中核因子として機能する2種類のpiRISCのうち、Siwi-piRISCのみに特異的に作用することによって二次piRNAの産生を促進する因子であることを突き止めた。さらに我々は、lethal(3)malignant tumor brain(l(3)mbt)に着目し、これを欠損したOSC変異株を作成した。l(3)mbt欠損型OSC変異株Dmbt-OSCにおいては、piRNA増幅場として知られるnuageが新たに形成され、しかもpiRNA増幅機構が活性化し二次piRNAが生成されていることを確認した。Maelは、piRISCを介した標的遺伝子の転写抑制反応における重要因子であるが、その機能は明らかになっていない。MaelはN末端にHMGボックス、中央にMAELドメインを有する。リコンビナントMAELドメインを作製し、そのX線構造解析を行ったところ、RNase活性を有するLASP NPとの構造上の高い類似性がみられた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

当初の計画には含まれていなかったが、Ping-Pongサイクルを伴う新規ショウジョウバエ細胞株の作製に成功したため。一次piRNA生合成機構の生化学的解析は、主にショウジョウバエ卵巣由来細胞株OSCを用いて行われている。しかし、ショウジョウバエ生殖組織由来の細胞株で二次機構(piRNA増幅機構)を有する生殖細胞株は存在しない。がん抑制転写因子lethal(3)malignant tumor brain(l(3)mbt)に着目し、これを欠損したOSC変異株を作成した。l(3)mbt欠損型ショウジョウバエは脳腫瘍を形成し、その腫瘍には多くのpiRNA生合成因子が異所的に発現するという報告があったからである。l(3)mbt欠損型OSC変異株Dmbt-OSCにおいては、piRNA増幅場として知られるnuageが新たに形成され、しかもpiRNA増幅機構が活性化し、二次piRNAが生成されていることが判明した。この研究成果は、現在、論文としてまとめ投稿中である。また、これ以外の当初計画した研究はいずれも順調にすすんでいる。

Strategy for Future Research Activity

piRNA生合成機構に関する研究として、Yb body形成機構の解析を続投する。現在、Yb bodyの単離精製も試みている。予定通り本研究課題によってYb body因子の全てが同定された後には、RNA分子の関与も含めYb body形成のヒエラルキーおよび必須ドメインの決定を通してその全容を解明する予定である。また、Yb bodyのコア因子であるYbタンパク質の機能解析をすすめる。これまでの解析からYbタンパク質はpiRNA前駆体および複数のpiRNA因子に結合することによってYb bodyを形成し、piRNA生成を促す因子であることが判明しているが、その詳細なメカニズムは分っていない。それを解明することを目指す。piRNA生合成機構に関する研究として、Ping-Pongサイクルの解析もさらにすすめる。SiwiにはVasaが特異的に作用することによってPing-Pongサイクルを促進することが判明したが、Siwiのパートナー因子であるAgo3に特異的に作用するVasa様因子はいまだ同定されていないため、その因子の同定を行う。また、piRNA因子Zuc、Mael、Qin、VretのPing-Pongサイクルにおける作用点を明らかにする。

  • Research Products

    (26 results)

All 2016 2015 Other

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 11 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 6 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Tudor-domain containing proteins act to make the piRNA pathways more robust in Drosophila.2015

    • Author(s)
      Sato K, Iwasaki YW, Siomi H and Siomi MC.
    • Journal Title

      Fly (Austin)

      Volume: 9 Pages: 86-90

    • DOI

      10.1080/19336934.2015.1128599

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Immuno-electron microscopy and electron microscopic in situ hybridization for visualizing piRNA biogenesis bodies in Drosophila ovaries.2015

    • Author(s)
      Shibata S, Murota Y, Nishimoto Y, Yoshimura M, Nagai T, Okano H and Siomi MC.
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 1328 Pages: 163-178

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-2851-4_12.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Krimper enforces an antisense bias on piRNA pools by binding AGO3 in the Drosophila germline.2015

    • Author(s)
      Sato K, Iwasaki YW, Shibuya A, Carninci P, Tsuchizawa Y, Ishizu H, Siomi MC and Siomi H.
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 59 Pages: 553-563

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2015.06.024

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] TAF11 assembles the RISC loading complex to enhance RNAi efficiency.2015

    • Author(s)
      Liang C, Wang Y, Murota Y, Liu X, Smith D, Siomi MC and Liu Q.
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 59 Pages: 807-818

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2015.07.006

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Somatic primary piRNA biogenesis driven by cis-acting RNA elements and trans-acting Yb.2015

    • Author(s)
      Ishizu H, Iwasaki YW, Hirakata S, Ozaki H, Iwasaki W, Siomi H and Siomi MC.
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 12 Pages: 429-440

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2015.06.035

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] RNA: Phased piRNAs tackle transposons.2015

    • Author(s)
      Siomi H and Siomi MC.
    • Journal Title

      Science

      Volume: 348 Pages: 756-757

    • DOI

      10.1126/science.aab3004.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Crystal structure and activity of the endoribonuclease domain of the piRNA pathway factor Maelstrom.2015

    • Author(s)
      Matsumoto N, Sato K, Nishimasu H, Namba Y, Miyakubi K, Dohmae N, Ishitani R, Siomi H, Siomi MC* and Nureki O*.
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 11 Pages: 366-375

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2015.03.030

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Functional and structural insights into the piRNA factor Maelstrom.2015

    • Author(s)
      Sato K and Siomi MC.
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 589 Pages: 1688-1693

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2015.03.023.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] PIWI-interacting RNA: Its biogenesis and functions.2015

    • Author(s)
      Iwasaki YW, Siomi MC* and Siomi H*.
    • Journal Title

      Annual Review of Biochem.

      Volume: 84 Pages: 405-433

    • DOI

      10.1146/annurev-biochem-060614-034258.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Gene expression ontogeny of spermatogenesis in the marmoset uncovers primate characteristics during testicular development.2015

    • Author(s)
      Yu-Ching Lin Z, Hirano T, Shibata S, Seki NM, Kitajima R, Sedohara A, Siomi MC, Sasaki E, Siomi H, Imamura M and Okano H.
    • Journal Title

      Developmental Biology

      Volume: 400 Pages: 43-58

    • DOI

      10.1016/j.ydbio.2015.01.014.

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Respective functions of two distinct Siwi complexes assembled during PIWI-interacting RNA biogenesis in Bombyx germ cells.2015

    • Author(s)
      Nishida KM, Iwasaki YW, Murota Y, Nagao A, Mannen T, Kato Y, Siomi H and Siomi MC.
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 10 Pages: 193-203

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2014.12.013

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] piRNA Biogenesis in Drosophila.2016

    • Author(s)
      Siomi MC.
    • Organizer
      Keystone Symposia 2016
    • Place of Presentation
      Keystone(USA)
    • Year and Date
      2016-01-30
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] piRNA生合成因子Zucchiniのミトコンドリア局在の意義2015

    • Author(s)
      山城はるな
    • Organizer
      RNAフロンティアミーティング2015
    • Place of Presentation
      タカミヤビレッジホテル樹林(山形県・山形市)
    • Year and Date
      2015-12-09
  • [Presentation] カイコpiRNA増幅機構因子BmAgo3から反応後に標的RNAを解離する因子の探索2015

    • Author(s)
      榊原和洋
    • Organizer
      RNAフロンティアミーティング2015
    • Place of Presentation
      タカミヤビレッジホテル樹林(山形県・山形市)
    • Year and Date
      2015-12-09
  • [Presentation] piRNA生合成因子Zucchiniのミトコンドリア局在の意義2015

    • Author(s)
      山城はるな
    • Organizer
      BMB2015
    • Place of Presentation
      神戸ポートピアホテル(兵庫県・神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-03
  • [Presentation] piRNA増幅機構ping-pong cycleに関わるVasa様タンパク質の同定と機能解析2015

    • Author(s)
      榊原和洋
    • Organizer
      BMB2015
    • Place of Presentation
      神戸ポートピアホテル(兵庫県・神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-03
  • [Presentation] Biogenesis of PIWI-interacting RNAs in Drosophila germline.2015

    • Author(s)
      塩見美喜子
    • Organizer
      第2回六甲医学研究会
    • Place of Presentation
      六甲山ホテル(兵庫県・神戸市)
    • Year and Date
      2015-10-30
    • Invited
  • [Presentation] Elucidation of the primary piRNA pathway in Drosophila ovarian somatic cells2015

    • Author(s)
      Hirotsugu Ishizu.
    • Organizer
      EMBO/EMBL Symposia
    • Place of Presentation
      Heidelberg(Germany)
    • Year and Date
      2015-10-18
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] PIWI-intracting RNA in Drosophila; its biogenesis and function.2015

    • Author(s)
      塩見美喜子
    • Organizer
      Naito Conference
    • Place of Presentation
      ガトーキングダム札幌(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2015-09-15
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 生殖細胞におけるpiRNA生合成因子Maelstromの分子機能解析2015

    • Author(s)
      難波祐里香
    • Organizer
      第17回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      ホテルライフォート札幌(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2015-07-16
  • [Presentation] カイコpiRNA生合成経路におけるBmZucの機能解析2015

    • Author(s)
      西田知訓
    • Organizer
      第17回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      ホテルライフォート札幌(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2015-07-16
  • [Presentation] 人工piRNA発現システムを用いたpiRNA生合成機構の解析2015

    • Author(s)
      石津大嗣
    • Organizer
      第17回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      ホテルライフォート札幌(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2015-07-16
  • [Presentation] PIWI-intracting RNA in Drosophila; its biogenesis and function.2015

    • Author(s)
      Siomi MC.
    • Organizer
      40th FEBS Congress
    • Place of Presentation
      Berlin(Germany)
    • Year and Date
      2015-07-06
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Primary piRNA biogenesis in Drosophila ovarian somatic cells.2015

    • Author(s)
      Siomi MC.
    • Organizer
      The World of Regulatory RNAs
    • Place of Presentation
      Tel Aviv(Israel)
    • Year and Date
      2015-05-07
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Maelstrom, an endonuclease necessary for both initiation and effector phases in the piRNA pathway.2015

    • Author(s)
      Siomi MC.
    • Organizer
      10th Microsymposium on small RNAs
    • Place of Presentation
      Vienna(Austria)
    • Year and Date
      2015-05-05
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 研究室ホームページ

    • URL

      http://www-siomilab.biochem.s.u-tokyo.ac.jp/index.html

URL: 

Published: 2017-01-06  

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