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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Dynamics and function of the proteasome

Research Project

Project/Area Number 25221102
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

村田 茂穂  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (20344070)

Project Period (FY) 2013-05-31 – 2018-03-31
Keywordsプロテアソーム / ユビキチン / 転写 / Nrf1 / siRNAスクリーニング
Outline of Annual Research Achievements

1. プロテアソームサブユニットの転写を制御する機構の解明:新規に同定したNrf1プロセシング酵素DDI2の生理機能を明らかにするため、DDI2欠損マウスを作製した。DDI2欠損マウスは早期胎生致死となり、Nrf1欠損マウスよりも早期の致死であることから、Nrf1以外の標的分子が存在することが強く示唆された。そこで出芽酵母を用いた網羅的な遺伝学的解析を行い、DDI2がDNA-protein crosslinkの切断にはたらいている可能性を示唆する結果を得た。プロテアソームの基礎的発現制御因子の探索については、siRNAスクリーニングを実施し、有力な候補分子を服す得ることが出来た。これらの解析を進める一方、候補因子の中に明らかな転写因子が含まれていなかったため、siRNAによる不完全な遺伝子発現抑制が原因であると考え、CRISPR/Cas9によるsgRNAライブラリーを用いたノックアウトスクリーニング系を構築し、スクリーニングを実施した。
2. プロテアソームの細胞内動態の解析:プロテアソームの局在を指標としたsiRNAスクリーニングを実施した結果、mTOR経路が細胞の栄養環境に応答してプロテアソームの核局在を制御する中心的な因子であることを明らかにした。
3.プロテアソーム機能低下により惹起される病態生理の解析:プロテアソーム阻害剤処理時の細胞死を指標としたsiRNAスクリーニングを実施した結果、O-GlcNAc化修飾経路がプロテアソーム機能低下時に細胞保護的に働くことを明らかにした。さらにO-GlcNAc化タンパク質の網羅的探索とRNA-Seq解析、siRNAスクリーニングの結果を統合することにより、O-GlcNAc化の標的となり、プロテアソーム機能低下時の細胞保護に重要な因子の同定に成功した。

Research Progress Status

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (15 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Shigella effector IpaH4.5 targets 19S regulatory subunit RPN13 in the 26S proteasome to dampen cytotoxic T lymphocyte activation.2019

    • Author(s)
      Otsubo R, Mimura H, Ashida H, Hamazaki J, Murata S, Sasakawa C.
    • Journal Title

      Cell Microbiol

      Volume: 32 Pages: e12974

    • DOI

      10.1128/MCB.00426-18.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Restricted Expression of the Thymoproteasome Is Required for Thymic Selection and Peripheral Homeostasis of CD8+ T Cells2019

    • Author(s)
      Tomaru U, Konno S, Miyajima S, Kimoto R, Onodera M, Kiuchi S, Murata S, Ishizu A, Kasahara M.
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 26 Pages: 639-651

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2018.12.078.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thymoproteasome and peptidic self2019

    • Author(s)
      Takahama Y, Ohigashi I, Murata S, Tanaka K
    • Journal Title

      Immunogenetics

      Volume: 71 Pages: 217-221

    • DOI

      10.1007/s00251-018-1081-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] PAC1-PAC2 proteasome assembly chaperone retains the core α4-α7 assembly intermediates in the cytoplasm.2018

    • Author(s)
      Wu W, Sahara K, Hirayama S, Zhao X, Watanabe A, Hamazaki J, Yashiroda H, Murata S.
    • Journal Title

      Gene to Cells

      Volume: 10 Pages: 839-848

    • DOI

      10.1111/gtc.12631.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Transcriptional regulation of the 26S proteasome by Nrf12018

    • Author(s)
      Koizumi S, Hamazaki J, Murata S.
    • Journal Title

      Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci.

      Volume: 94 Pages: 325-336

    • DOI

      10.2183/pjab.94.021.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Specific modification of aged proteasomes revealed by tag-exchangeable knock-in mice.2018

    • Author(s)
      Tomita T, Hirayama S, Sakurai Y, Ohte Y, Yoshihara H, Saeki Y, Hamazaki J, Murata S.
    • Journal Title

      Molecular and Cellular Biology

      Volume: 39 Pages: e00426-18

    • DOI

      10.1128/MCB.00426-18.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nuclear export of ubiquitinated proteins via the UBIN-POST system.2018

    • Author(s)
      Hirayama S, Sugihara M, Morito D, Iemura SI, Natsume T, Murata S, Nagata K.
    • Journal Title

      Proceeding of the National Academy of Sciences

      Volume: 115 Pages: E4199-E4208

    • DOI

      10.1128/MCB.00426-18.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The immunoproteasome and thymoproteasome: functions, evolution and human disease2018

    • Author(s)
      Murata S, Takahama Y, Kasahara M, Tanaka K
    • Journal Title

      Nat Immunol

      Volume: 19 Pages: 923-931

    • DOI

      10.1038/s41590-018-0186-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ubiquitin-Binding Protein CG5445 Suppresses Aggregation and Cytotoxicity of Amyotrophic Lateral Sclerosis-Linked TDP-43 in Drosophila2018

    • Author(s)
      Uechi H, Kuranaga E, Iriki T, Takano K, Hirayama S, Miura M, Hamazaki J, Murata S
    • Journal Title

      Molecular and Cellular Biology

      Volume: 38 Pages: e00195-17

    • DOI

      10.1128/MCB.00195-17

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] How cells respond to proteasome impairment2019

    • Author(s)
      Shigeo Murata
    • Organizer
      X-ZOMES Conference 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] How cells respond to proteasome impairment2018

    • Author(s)
      Shigeo Murata
    • Organizer
      8th workshop on proteasome and autophagy
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] プロテアソーム機能低下時の細胞応答機構2018

    • Author(s)
      村田茂穂
    • Organizer
      第91回日本生化学会大会
    • Invited
  • [Presentation] Role of ubiquitination in nuclear export of proteins2018

    • Author(s)
      村田茂穂
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] A genome-wide siRNA screen reveals a new ubiquitin binding protein, which exports ubiquitinated proteins from the nucleus2018

    • Author(s)
      平山尚志郎、伊藤隆裕、村田茂穂
    • Organizer
      International Symposium on "Proteins; from the Cradle to the Grave"
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 東京大学大学院薬学系研究科蛋白質代謝学教室ホームページ

    • URL

      http://www.f.u-tokyo.ac.jp/~tanpaku/

URL: 

Published: 2019-12-27  

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