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2014 Fiscal Year Annual Research Report

バイオマスの違いを認識してセルロソームタンパク質個々がゲノムから選別発現する機構

Research Project

Project/Area Number 25289293
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

植田 充美  京都大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (90183201)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywordsセルロソーム / バイオマス / プロテオーム / リサイクルバイオテクノロジー / アーミング技術
Outline of Annual Research Achievements

Clostridium属微生物群は、細胞表層に木材を直接分解できる酵素の超複合体であるセルロソームを持つ。もっとも機能進化したものをもつC. cellulovoransのゲノムの完全解析を世界に先駆けて完成させ、開発してきた細胞表層工学技術と共役させて、特許化(特願2009-100117)にも成功した。研究過程で、セルロソームを構成する実働酵素タンパク質は9種あるが、候補遺伝子は53種存在することを見出した。開発してきたモノリスカラムによるプロテオーム解析から、この9種の酵素タンパク質個々が「バイオマスの種類により、時間とともに変化する」という興味深い事実を発見した。微生物がバイオマスを分解して生育するための「未来型バイオマス前処理」として、実働9種のタンパク質のゲノム53種からの選別発現の分子機構の解析と応用を目的とする。本年度は、セルロソームのプロテオームを、経時的かつ、定量的に解析することにより、基質ごとのセルロソーム構成の酵素タンパク質群の相互定量から全貌を明らかにした。候補遺伝子は53種から9種の酵素タンパク質個々が「バイオマスの種類により変化する」ことや、「時間とともに変化する」という興味深い事実を検証した。また、セルロソームタンパク質の遺伝子の選別発現を分子レベルで解析するために、宿主ベクター系の開発の遅れている宿主ベクターを開発を行いつつある。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

セルロソームの中でも、もっとも機能進化したものと考えられるセルロソームをもつClostridium cellulovoransのゲノムの完全解析研究過程で、セルロソームを構成する実働酵素タンパク質は9種あるが、その候補遺伝子は53種存在することを見出した。我々の開発してきたHPLC用高性能・高度分離シリカモノリスキャピラリーカラムによるフォーカスドプロテオーム解析を活用して、この9種の酵素タンパク質個々が「バイオマスの種類により変化する」ことや、「時間とともに変化する」という興味深い事実を検証していくとともに、この微生物の機能を用いて、バイオマスを分解して利用するための「未来型バイオマス前処理」として、この実働9種のタンパク質のゲノム53種からの選別発現の分子機構の全貌を解明するとともに、未知の部分の多い実バイオマスの細胞壁の化学構造も明らかにしつつある。

Strategy for Future Research Activity

この微生物の機能を用いて、バイオマスを分解して利用するための「未来型バイオマス前処理」として、開発した宿主ベクター系を用いて、この実働9種のタンパク質のゲノム53種からの選別発現の分子機構の全貌を解明するとともに、未知の部分の多い、実バイオマスの細胞壁の化学構造も明らかにしていく。

Causes of Carryover

研究継続につき、残額を次年度の必要経費に組み入れる。

Expenditure Plan for Carryover Budget

消耗品経費として使用する予定である。

  • Research Products

    (10 results)

All 2015 2014

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Acknowledgement Compliant: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] A design for the control of apoptosis in genetically modified Saccharomyces cerevisiae2014

    • Author(s)
      Nao Nishida, Misa Noguchi, Kouichi Kuroda, Mitsuyoshi Ueda
    • Journal Title

      Biosci. Biotechnol. Biochem.

      Volume: 78 Pages: 358-362

    • DOI

      org/10.1080/09168451.2014.878224

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Enhanced adsorption and recovery of uranyl ions by NikR mutant-displaying yeast2014

    • Author(s)
      Kouichi Kuroda, Kazuki Ebisutani, Mitsuyoshi Ueda
    • Journal Title

      Biomolecules

      Volume: 4 Pages: 390-401

    • DOI

      10.3390/biom4020390

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Activation of signaling pathways related to cell wall integrity and multidrug resistance by organic solvent in Saccharomyces cerevisiae2014

    • Author(s)
      Nao Nishida, Kouichi Kuroda, Mitsuyoshi Ueda
    • Journal Title

      Current Genetics

      Volume: 60 Pages: 149-162

    • DOI

      10.1007/s00294-013-0419-5

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Evaluation of chitosan-binding amino acid residues of chitosanase from Paenibacillus fukuinensis2014

    • Author(s)
      Danya Isogawa, Hironobu Morisaka, Kouichi Kuroda, Mitsuyoshi Ueda
    • Journal Title

      Biosci. Biotechnol. Biochem.

      Volume: 78 Pages: 1177-1182

    • DOI

      org/10.1080/09168451.2014.917263

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Single-cell heterogeneity in suppression of PC12 differentiation by direct microinjection of a differentiation inhibitor, U01262014

    • Author(s)
      Jihye Chung, Natsuko Miura, Kouichi Kuroda, Mitsuyoshi Ueda
    • Journal Title

      Cell Biology International

      Volume: 38 Pages: 1215-1220

    • DOI

      10.1002/cbin.10296

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] シュガープラットホーム創製に向けたClostridium cellulovoransの分子育種2015

    • Author(s)
      稲森貴子, 石高彰人, 油屋駿介, 森坂裕信, 黒田浩一, 植田充美
    • Organizer
      日本農芸化学会2015年度大会
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] Clostridium cellulovoransが生産するセルロソームを構成する酵素群の同定2015

    • Author(s)
      石川岳,長屋千晶,江坂康平,田中礼士,柴田敏行,森坂裕信,黒田浩一,植田充美,田丸浩,三宅英雄
    • Organizer
      日本農芸化学会2015年度大会
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] Clostridium cellulovoransの基質に応じた代謝機構の解析2014

    • Author(s)
      油屋駿介,江坂康平,森坂裕信,黒田浩一,植田充美
    • Organizer
      第66回日本生物工学会大会,札幌コンベンションセンター
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2014-09-09 – 2014-09-11
  • [Presentation] Clostridium cellulovoransにおけるセルロソームとノンセルロソーム関連遺伝子の発現調節機構2014

    • Author(s)
      高嶋和也,石川卓,田中礼士,柴田敏行,黒田浩一,植田充美,田丸浩,三宅英雄
    • Organizer
      第66回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2014-09-09 – 2014-09-11
  • [Presentation] A novel platform to determine and reconstruct an optimal enzyme combination for degradation of various biomasses: quantitative proteomic analysis and yeast cell2014

    • Author(s)
      Jungu Bae, Kazuma Matsui, Hironobu Morisaka, Kouichi Kuroda, Mitsuyoshi Ueda
    • Organizer
      ASM
    • Place of Presentation
      Boston Convention & Exhibition Center
    • Year and Date
      2014-05-17 – 2014-05-21
    • Invited

URL: 

Published: 2016-06-01  

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