2014 Fiscal Year Annual Research Report
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25290070
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
田中 博 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (60155158)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田中 真二 東京医科歯科大学, 医歯(薬)学総合研究科, 教授 (30253420)
茂櫛 薫 順天堂大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (60569292)
森岡 勝樹 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教 (30351589)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 肝細胞癌 / 遺伝子ネットワーク / バイオマーカー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
パスウェイに基づく治療を実現する上で最も重要なものは、言うまでもなく分子パスウェイ異常分枝の正確な認識である。例えば、肝細胞癌では血管内皮細胞増殖因子(VEGF)、血小板由来成長因子(PDGF)、上皮成長因子(EGF)、インスリン様成長因子(IGF)、肝細胞増殖因子(HGF)などの成長因子、およびこれらの下流に位置するERK/MAPKパスウェイ、PI3K/AKT/mTORパスウェイ、あるいはWntパスウェイなど、さまざまなシグナル伝達系が相互作用している。さらに、腫瘍細胞と間質細胞との相互作用(tumor microenvironment)におけるVEGFやPDGFなどの存在も重要である。
本年度では、前年度に作成した29遺伝子のコアとなるパスウェイをもとに、遺伝子発現データと組み合わせたネットワークの解析を進めた。その際、ネットワークのエッジを決定するための閾値を調整する必要があるため、最適な閾値をランダムネットワークに対する偽陽性率として求める方法の検討を行った。
またネットワークの解釈を行うため、従来の遺伝子機能解析手法として広く用いられているGene Set Enrichment Analysis (GSEA)法との比較検討を行った。今回対象とした29遺伝子は、タンパク質レベルでのシグナル伝達等の相互作用を考慮しているため、完全な一致性は得られていないが、今後はその差異についての検討を進める。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
基本となる計算アルゴリズムについての検討は、おおむね目処が立った。本年度は、得られた候補遺伝子に対する免疫染色やウェスタンブロットによる検討とバリデーションを進める。
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| Strategy for Future Research Activity |
1. パスウェイ・バイオマーカの探索
平成25年度・26年度に引き続き、パスウェイの構築および候補パスウェイマーカーの絞り込みを行う。パスウェイ上にあるタンパク質に関連する論文を定期的にレビューし、確度の高い新規な知見についてはリファレンスパスウェイに適宜取り込んでいく。それに伴い、拡張パスウェイも更新し、差分についての検討を随時行うとともに、手法部分についての論文化の準備を進める。
2. 候補パスウェイマーカーのバリデーション
臨床検体を用いて候補タンパク質のリン酸化特異的抗体によるウェスタンブロットを行うことにより、シグナル伝達経路の活性度をを評価して少数のパスウェイバイオマーカとの精度の比較をする。有望なな候補パスウェイマーカについては、独立症例を用いた免疫染色によるバリデーションを開始する。
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| Causes of Carryover |
消耗品の購入や出張のタイミングにより、若干の差異が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
年度単位での計画的な使用を心がける。
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Research Products
(1 results)
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[Journal Article] Age-related clinicopathologic and molecular features of patients receiving curative hepatectomy for hepatocellular carcinoma.2014
Author(s)
Katsuta E, Tanaka S, Mogushi K, Matsumura S, Ban D, Ochiai T, Irie T, Kudo A, Nakamura N, Tanaka H, Tanabe M, Arii S.
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Journal Title
Am J Surg.
Volume: 208
Pages: 450-6
DOI
Peer Reviewed
