2015 Fiscal Year Annual Research Report
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25291096
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
牧野 能士 東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (20443442)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 外来種 / 適応力 / 遺伝子重複 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
侵略的外来種アメリカザリガニの侵略性に関わるゲノム構造の検証を行うため、全ゲノム配列決定 (ゲノムサイズ2.6Gb)を実施した。累代飼育を行ってきたメス1個体よりゲノムDNAを抽出し、Paired-endライブラリ、および、長さの異なるMate pairライブラリを作成し、次世代シークエンサー(Illumina HiSeq 2000)により約100xのカバレッジで塩基配列決定を行った。ゲノムアセンブラーplatanusを用いて、得られた配列のde novoアセンブリを行い、N50が410kbのドラフトゲノム配列を得た (全長2.4Gb)。さらに、F2個体を用いたddRADseqを実施してscaffold間の関係性を調査し、連鎖地図を作成した。Augustusを用いてアメリカザリガニゲノムから遺伝子予測を行い、36000のタンパク質コード遺伝子を同定した。同定した遺伝子の配列を用いて相同性検索を行い、重複遺伝子を推定した。その結果、アメリカザリガニは他の節足動物と比較して非常に多くの重複遺伝子をゲノム上に保持していることが明らかとなった。アメリカザリガニのゲノム配列が得られたことで、国内外個体のリシークエンスが可能となった。国内野外個体(仙台)と米国在来個体のゲノムリシークエンスを行い、得られたreadを参照配列にマッピングしてSNPを得た。遺伝的多様性を調べるため、コールされたSNPを用いてWatterson thetaを推定したところ、国内導入個体は在来個体よりも遺伝的多様性が低いことが分かった。また、ゲノムシークエンスに用いた個体のWatterson thetaの推定も行ったところ、他個体と比較してthetaが低く、累代飼育により遺伝的多様性が低下していることが示された。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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