ヒト全ゲノムシークエンスのための統合アノテーションワークフローの構築

2015 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 25430183
• Research Institution: Nagasaki University
• Principal Investigator: 三嶋 博之 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 助教 (10513319)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2016-03-31
• Keywords: ヒトゲノム / 次世代シークエンサー / ワークフロー

Outline of Annual Research Achievements

4トリオ家系（計１２名）のHiSeq2500シークエンサーによる全ゲノムシークエンシング（WGS）および全エクソームシークエンシング（WES）を行ったサンプルのデータを得ることができ、これらのデータに対する解析ワークフローは、研究室内部向けのものとして安定して動作させることができるようになった。ワークフローは、一塩基バリエーション（SNV）および小規模挿入欠失（small indel）についてはGATK-HaplotypeCaller、コピー数変異についてはCNVnator（WGS）もしくはXHMM（WES）、ゲノム構造変異についてはMeerkatの各ツールを組合わせて構築した。
ワークフローのうちとくにアノテーションのために独自開発したツール群については、フリーソフトウェアとして公開を行っている。Hgvd2Annovar（https://github.com/misshie/hgvd2annovar ）は、日本人1200人エクソーム頻度情報データの各種フォーマットへの変換を行うツールである。また、開発中のBio-Virtuoso (https://github.com/misshie/bio-virtuoso )では、インターネット上に分散おりフォーマットも統一されていない公共データベース情報をRDF形式で統一的にローカルのトリプルストアに格納して検索可能とする枠組みである。
現在、ワークフローの実証としての解析結果の報告に向けて作業を行っている。

Research Products

• [Journal Article] Ultra sensitive droplet digital PCR for detecting a low prevalence somatic GNAQ mutation in Sturge–Weber syndrome (2016)
  • Author(s): Uchiyama Y, Nakashima M, Watanabe S, Miyajima M, Taguri M, Miyatake S, Miyake N, Saitsu H, Mishima H, Kinoshita A, Arai H, Yoshiura K, Matsumoto N
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 6 Pages: 22985
  • DOI: 10.1038/srep22985
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Metabolic autopsy with next generation sequencing in sudden unexpected death in infancy: Postmortem diagnosis of fatty acid oxidation disorders (2015)
  • Author(s): Yamamoto T, Mishima H, Mizukami H, Fukahori Y, Umehara T, Murase T, Kobayashi M, Mori S, Nagai T, Fukunaga T, Yamaguchi S, Yoshiura K, Ikematsu K
  • Journal Title: Molecular Genetics and Metabolism Report Volume: 5 Pages: 26-32
  • DOI: 10.1016/j.ymgmr.2015.09.005
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Germline mutations causing familial lung cancer (2015)
  • Author(s): Tomoshige K, Matsumoto K, Tsuchiya T, Oikawa M, Miyazaki T, Yamasaki N, Mishima H, Kinoshita A, Kubo T, Fukushima K, Yoshiura K, Nagayasu T
  • Journal Title: Journal of Human Genetics Volume: 60 Pages: 597-603
  • DOI: 10.1038/jhg.2015.75
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Novel compound heterozygous DNA ligase IV mutations in an adolescent with a slowly-progressing radiosensitive-severe combined immunodeficiency (2015)
  • Author(s): Tamura S, Higuchi K, Tamaki M, Inoue C, Awazawa R, Mitsuki N, Nakazawa Y, Mishima H, Takahashi K, Kondo O, Imai K, Morio T, Ohara O, Ogi T, Furukawa F, Inoue M, Yoshiura K, Kanazawa N
  • Journal Title: Clinical Immunology Volume: 160 Pages: 225-260
  • DOI: 10.1016/j.clim.2015.07.004
  • Peer Reviewed
• [Presentation] io-Virtuoso: A package of Docker containers for multiple source data retrieval, RDF conversion, and triplesore deployment in a simplified manner. (2016)
  • Author(s): Hiroyuki Mishima, Koh-ichiro Yoshiura
  • Organizer: The 13th International Congress of Human Genetics
  • Place of Presentation: 京都府京都国際会館
  • Year and Date: 2016-04-02 – 2016-04-02
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Exomiserを用いたエクソーム解析ワークフローと支援ツールの開発 (2015)
  • Author(s): 三嶋博之，吉浦孝一郎
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第６０回大会
  • Place of Presentation: 東京都京王プラザホテル
  • Year and Date: 2015-10-14 – 2015-10-17
• [Presentation] （1-2）Exomiserを用いた知識ベース疾患原因変異探索のためのワークフロー (2015)
  • Author(s): 三嶋博之，吉浦孝一郎
  • Organizer: NGS現場の会第四回研究会
  • Place of Presentation: つくば市つくば国際会議場
  • Year and Date: 2015-07-01 – 2015-07-03
• [Presentation] ヒトの遺伝学と低酸素生物学はデータベース生物学の夢をみるか？ (2015)
  • Author(s): 三嶋博之
  • Organizer: 第13回がんとハイポキシア研究会
  • Place of Presentation: 三島市国立遺伝学研究所
  • Year and Date: 2015-06-06 – 2015-06-06
  • Invited
• [Book] 次世代シークエンサーDRY解析教本：1-2 コマンドラインの使い方 (2015)
  • Author(s): 三嶋博之，清水厚志
  • Total Pages: 399 (23-42)
  • Publisher: 学研メディカル秀潤社
• [Remarks] Hgvd2annovar / Hgvd2BED / Hgvd2VCF
  • URL: https://github.com/misshie/hgvd2annovar
• [Remarks] Bio-Virtuoso
  • URL: https://github.com/misshie/bio-virtuoso