2014 Fiscal Year Research-status Report
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25460832
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| Research Institution | Osaka Prefectural Institute of Public Health |
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Principal Investigator |
左近 直美 大阪府立公衆衛生研究所, その他部局等, 主任研究員 (50291216)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
上林 大起 大阪府立公衆衛生研究所, その他部局等, 研究員 (50622560)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | norovirus / mutation / deep sequencing |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ノロウイルスの流行要因として抗原変異を伴うと予測される遺伝子変異が重要であることを疫学データより述べた。数年間隔であらたな変異株が出現することで、2006年以降GII.4は胃腸炎の主要な遺伝子型となっているが、30以上にのぼる遺伝子型の中で変異率がどの程度異なるのかは科学的に示されていない。そこで、GII.4およびGII.6の全長を合成し、それぞれのRNA依存性RNAポリメラーゼによって得られたRNAの変異の違いについて検討することを目的とし、全長の合成に取組んだ。
また個体内における変異がどのように発生するのかについてGII.4とGII.6が検出された便における変異をdeep sequenceにより求めた。同一汚染によると思われる食中毒患者便3件ずつよりVP1、VP2領域をカバーする約2600bpを低サイクル数（30サイクル）で合成した。2600bp程度の長鎖を用いたdeep sequence解析の結果、生体内における変異の出現に遺伝子型間の差は現段階では見いだせなかった。個体によって変異を有するリードの出現が大きく異なることがわかった。2000bp長のdeep sequenceデータはこれまでになく、本来のウイルスゲノムをより反映している方法であるため、今後も長鎖配列で解析できるよう取組む。
今後、全長を用いたRNA転写における変異率と流行における変異率について解析したい。さらに、個体内における変異の出現には個体差があり、次の流行につながる変異株の存在を見いだせなかったため、長期サンプリングによる個体内の変異株検出を実施する計画である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
ノロウイルスの全長クローニングが困難であったため。また、個体内変異と次世代シーケンサーによるエラーの違いを明確に示せなかったことから、本来の変異かどうかの区分が難しかったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
ノロウイルスの変異率はHIV同様に高いと言われているが、個体内における変異がどのように発生しており次の流行につながっているのかは分かっていない。通常300bp程度の短い配列によるdeep sequenceデータが多い中、2000bpを超える配列を決定できることが可能となったので、今後は継続採取検体における変異を観察し、生体内における変異率を算出したい。また、全長クローンより試験管内で合成されるRNAの変異率を算出する。これらを総合的に解析することで、免疫、遺伝子型等による変異への関連性を見いだし、流行株の予測にいかしたい。
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| Causes of Carryover |
次世代シーケンス（MiSeq)解析に関する試薬に対する支出が予定よりも少なかったため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
長期採取検体の解析および流行期に得られる検体の解析数を増やし、個体内及び流行株における変異解析を強化する。
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