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2015 Fiscal Year Annual Research Report

中性子回折による水和構造理解と新規FPPS阻害剤の開発

Research Project

Project/Area Number 25860022
Research InstitutionUniversity of Toyama

Principal Investigator

横山 武司  富山大学, 医学薬学研究部(薬学), 助教 (50524162)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywords構造生物学 / 中性子結晶構造解析 / 医薬品化学 / 構造活性相関 / プロトン化状態 / pH / リン酸基 / ビスホスホネート
Outline of Annual Research Achievements

本課題では、ファルネシル二リン酸合成酵素(FPPS)を阻害する非ビスホスホネート薬剤の開発を目的として、FPPSの中性子結晶構造解析を行ってきた。昨年度までに、大型結晶作成、中性子ビームライン(FRM、iBIX)を利用した回折データ収集、構造解析を済ませた。最終年度は、ビスホスホネートのプロトン化状態を吟味するところから始めた。驚いたことに、ビスホスホネートの二つのリン酸基は完全に脱プロトン化しており、FPPS結合ポケット内ではそれらのpKaが大幅に低下していることがわかった。ビスホスホネートのリン酸基はFPPS非結合状態では1~2個プロトン化されていると考えられるため、FPPSは脱プトロン化されたビスホスホネートを選択しているか、結合する間に脱プロトン化されていることが示唆される。この結果は、ビスホスホネートのリン酸基が水素結合のアクセプターとして機能していることを示しており、FPPS薬剤の設計において、水素結合アクセプターとなる置換基の導入が有効であることを示唆している。さらに、アミドプロトンの重水素交換率からリガンド結合に伴う立体構造変化に重要と示唆される領域や、E93とD264がリガンド結合に伴う電荷のバランスを調整していることがわかった。これらの研究成果を学術雑誌に投稿し、掲載された(Journal of Medicinal Chemistry、Acta Crystallographica Section F)。

  • Research Products

    (11 results)

All 2016 2015

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Structural stabilization of transthyretin by a new compound, 6-benzoyl-2-hydroxy-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione2015

    • Author(s)
      Yokoyama T, Takaki S, Chosa K, Sato T, Suico MA, Teranishi Y, Shuto T, Mizuguchi M, Kai H.
    • Journal Title

      J Pharmacol Sci

      Volume: 129 Pages: 240-243

    • DOI

      10.1016/j.jphs.2015.09.006

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Yokoyama T, Kosaka Y, Mizuguchi M2015

    • Author(s)
      Structural Insight into the Interactions between Death-Associated Protein Kinase 1 and Natural Flavonoids
    • Journal Title

      J Med Chem

      Volume: 58 Pages: 7400-7408

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.5b00893

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Yokoyama T, Mizuguchi M, Ostermann A, Kusaka K, Niimura N, Schrader TE, Tanaka I2015

    • Author(s)
      Protonation State and Hydration of Bisphosphonate Bound to Farnesyl Pyrophosphate Synthase
    • Journal Title

      J Med Chem

      Volume: 58 Pages: 7549-7556

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.5b01147

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Discovery of γ-Mangostin as an Amyloidogenesis Inhibitor2015

    • Author(s)
      Yokoyama T, Ueda M, Ando Y, Mizuguchi M
    • Journal Title

      Sci Rep

      Volume: 13570 Pages: 1-10

    • DOI

      10.1038/srep13570

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] トランスサイレチン型アミロイドーシスの治療を目指した構造生物学的研究2016

    • Author(s)
      横山武司
    • Organizer
      第1051回金曜セミナーおよび第4回neutrons in biology研究会
    • Place of Presentation
      東海
    • Year and Date
      2016-03-25 – 2016-03-25
    • Invited
  • [Presentation] 天然物の結合によるヒトトランスサイレチンの構造変化2015

    • Author(s)
      横山武司
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] Structural insight into the interaction between Death-associated protein kinase 1 and natural flavonoids2015

    • Author(s)
      小坂友人,水口峰之,横山武司
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] 創薬標的タンパク質の中性子結晶構造解析および天然物阻害剤との相互作用解析2015

    • Author(s)
      横山武司
    • Organizer
      2015年度第一回水和ナノ構造研究会
    • Place of Presentation
      塩原
    • Year and Date
      2015-09-01 – 2015-09-02
  • [Presentation] プロポリスとその有効成分CAPE のトランスサイレチンアミロイド線維形成阻害効果2015

    • Author(s)
      小坂友人,横山武司,水口峰之
    • Organizer
      第15回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      2015-06-24 – 2015-06-26
  • [Presentation] γ-マンゴスチンはトランスサイレチンのアミロイド線形成を阻害する2015

    • Author(s)
      横山武司,水口峰之
    • Organizer
      第15回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      2015-06-24 – 2015-06-26
  • [Presentation] FPPS-ビスホスホネート複合体におけるプロトン化状態の変化と水和構造2015

    • Author(s)
      横山武司
    • Organizer
      第15回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      2015-06-24 – 2015-06-26

URL: 

Published: 2017-01-06  

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