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2014 Fiscal Year Annual Research Report

優しく動かしてみる一分子生理学

Research Project

Project/Area Number 26221102
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

木下 一彦  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (30124366)

Project Period (FY) 2014 – 2015
Keywordsたんぱく質分子機械 / 一分子計測 / イオンチャンネル / 回転分子モーター / Reverse gyrase
Outline of Annual Research Achievements

BKカリウムチャネルを用いて、その電位センサーを手動で開閉させることをめざしてきた。チャネルの手動開閉にはとりあえずは成功したが、極めて難しい実験である。ひとまず、チャネル配列の電位センサー部に膜内に潜り込めないような外来性たんぱく質やアミノ酸配列を挿入することにより、その外来性たんぱく質やアミノ酸配列の存在がチャネルの開閉を制御することを示した。
回転分子モーターF1-ATPaseの回転スキームに関して、新しい測定法と試薬を用いた成果が報告されたが、本研究の細菌で行った実験で得られた仮説とは異なる内容であった。少なくとも、同じような手法により仮説の再検証が必要であり、現在実験を進めているところである。また、回転子頭部を削除しさらに回転軸部分にも大きくアミノ酸置換を入れた変異体において、有意なトルクによる連続的な回転が見られたことから、回転子部分にはトルク発生に必須なアミノ酸残基は1つもないことが分かった。さらに、回転子頭部の削除を試みる中で見つかった、定常加水分解活性が野生株よりはるかに大きな変異体については、アミノ酸1残基ごとの変異だけではこれを実現できないことが分かった。さらに検討を進めている。
DNAの二重螺旋をさらにきつく巻く超好熱菌由来の酵素(Reverse gyrase)の働きを、初めて一分子顕微鏡観察した。DNAを捻る速度は従来考えられていたよりも100倍以上速いことが分かった。磁気ピンセットを用いて更にDNAを捻ると、今度は巻きを戻す反応を起こすことも分かった。少しだけきつくDNAを巻きつづけることで高温でもDNAの熱変性を防いでいると思われる。

  • Research Products

    (28 results)

All 2016 2015 2014 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (22 results) (of which Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Direct observation of DNA overwinding by reverse gyrase2015

    • Author(s)
      Taisaku Ogawa, et al.
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      Volume: 112 Pages: 7495-7500

    • DOI

      10.1073/pnas.1422203112

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A simple mechanism how F1-ATPase motor rotates with near-perfect chemo-mechanical energy conversion2015

    • Author(s)
      Ei-ichiro Saita, et al.
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA.

      Volume: 112 Pages: 9626-9631

    • DOI

      10.1073/pnas.1422885112

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Torsional stress in DNA limits collaboration among reverse gyrase molecules2015

    • Author(s)
      Taisaku Ogawa, et al.
    • Journal Title

      FEBS J.

      Volume: 283 Pages: 1372-1384

    • DOI

      10.1111/febs.13675

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] なぜ食べる、なぜ呼吸する2014

    • Author(s)
      木下一彦
    • Journal Title

      化学と教育

      Volume: 62 Pages: 606-607

  • [Journal Article] None of the rotor residues of F1-ATPase are essential for torque generation2014

    • Author(s)
      Ryohei Chiwata, et al.
    • Journal Title

      Biophys. J.

      Volume: 106 Pages: 2166-2174

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2014.04.013

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Conformational Control of Voltage Sensor Domains2016

    • Author(s)
      Morten Bertz, Kazuhiko Kinosita Jr.
    • Organizer
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of the USA
    • Place of Presentation
      Los Angeles, USA
    • Year and Date
      2016-02-27 – 2016-03-02
  • [Presentation] Direct Observation of DNA Overwinding by Reverse Gyrase2016

    • Author(s)
      Taisaku Ogawa, et al.
    • Organizer
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of the USA
    • Place of Presentation
      Los Angeles, USA
    • Year and Date
      2016-02-27 – 2016-03-02
  • [Presentation] 回転モーター好熱菌F1の燐酸解離のタイミング2016

    • Author(s)
      足立健吾、他
    • Organizer
      2016年生体運動合同班会議
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都
    • Year and Date
      2016-01-08 – 2016-01-10
  • [Presentation] 好熱菌Bacillus PS3由来FoF2-ATP合成酵素のATP駆動によるH+ポンプ活性の定量2016

    • Author(s)
      飯田直也、他
    • Organizer
      2016年生体運動合同班会議
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都
    • Year and Date
      2016-01-08 – 2016-01-10
  • [Presentation] 張力によるアクチン重合・脱重合の制御2016

    • Author(s)
      久保田寛顕、他
    • Organizer
      2016年生体運動合同班会議
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都
    • Year and Date
      2016-01-08 – 2016-01-10
  • [Presentation] 好熱菌Bacillus PS3由来FoF1-ATP合成酵素のATP駆動によるH+ポンプ活性の定量2015

    • Author(s)
      飯田直也、他
    • Organizer
      第41回日本生体エネルギー研究会
    • Place of Presentation
      東京大学医学部1号館講堂
    • Year and Date
      2015-12-21 – 2015-12-23
  • [Presentation] Conformational Control of Voltage Sensor Domains2015

    • Author(s)
      Bertz Morten, 木下一彦
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学 角間キャンパス 自然科学本館
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] Let's doubt ourselves2015

    • Author(s)
      木下一彦
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学 角間キャンパス 自然科学本館
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] Direct observation of DNA overwinding by reverse gyrase2015

    • Author(s)
      小川泰策、他
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学 角間キャンパス 自然科学本館
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] Coupling scheme of the rotary motor thermophilic F12015

    • Author(s)
      足立健吾、他
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学 角間キャンパス 自然科学本館
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] I beg you to let me dream a last dream2015

    • Author(s)
      木下一彦
    • Organizer
      IGERグリーン自然科学レクチャー
    • Place of Presentation
      名古屋大学理学研究科 坂田・平田ホール
    • Year and Date
      2015-07-03
    • Invited
  • [Presentation] Coupling scheme of the rotary motor thermopilic F12015

    • Author(s)
      Kengo Adachi, et al.
    • Organizer
      59th Annual Meeting of the Biophysical Society of the USA
    • Place of Presentation
      Baltimore USA.
    • Year and Date
      2015-02-07 – 2015-02-11
  • [Presentation] 好熱菌F1のカップリングスキーム2015

    • Author(s)
      足立健吾、他
    • Organizer
      2015年生体運動合同班会議
    • Place of Presentation
      東京・学習院大学
    • Year and Date
      2015-01-07 – 2015-01-09
  • [Presentation] リバースジャイレースによるDNAの二重らせんをきつく巻きつける反応の解析2015

    • Author(s)
      小川泰策、他
    • Organizer
      2015年生体運動合同班会議
    • Place of Presentation
      東京・学習院大学
    • Year and Date
      2015-01-07 – 2015-01-09
  • [Presentation] Nature's Smallest Rotary Engine : Why We Eat, and Why We Breathe2015

    • Author(s)
      Kazuhiko Kinosita, Jr.
    • Organizer
      The 8th biennial workshop on Single Molecule Biophysics (SMB)
    • Place of Presentation
      Aspen Center for Physics, Aspen, U.S.A
    • Year and Date
      2015-01-04 – 2015-01-09
    • Invited
  • [Presentation] Direct observation of DNA overwinding by reverse gyrase2015

    • Author(s)
      Taisaku Ogawa, et al.
    • Organizer
      The 8th biennial workshop on Single Molecule Biophysics (SMB)
    • Place of Presentation
      Aspen Center for Physics, Aspen, U.S.A
    • Year and Date
      2015-01-04 – 2015-01-09
  • [Presentation] Coupling scheme of thermophilic F12014

    • Author(s)
      Kengo Adachi, et al.
    • Organizer
      日本生物物理学会第52回年会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [Presentation] Conformational Transitions in Voltage Sensor Domains2014

    • Author(s)
      Morten Bertz, Kazuhiko Kinosita Jr.
    • Organizer
      日本生物物理学会第52回年会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [Presentation] Reverse gyrase likely biases thermal DNA strand passage toward overwinding2014

    • Author(s)
      Taisaku Ogawa, et al.
    • Organizer
      日本生物物理学会第52回年会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [Presentation] Coupling scheme of the rotary motor thermophilic F12014

    • Author(s)
      Kengo Adachi, et al.
    • Organizer
      Union of Pure and Applied Biophysics (IUPAB) Congress
    • Place of Presentation
      Brisbane Australia
    • Year and Date
      2014-08-03 – 2014-08-07
  • [Presentation] Letting Molecular Machines Work by Soft Assisting Force2014

    • Author(s)
      Kazuhiko Kinosita, Jr.
    • Organizer
      Gordon Research Conferences-Single Molecule Approaches to Biology
    • Place of Presentation
      Renaissance Tascany II Ciocco Resort, Lucca (Barga), Italy
    • Year and Date
      2014-06-13 – 2014-06-18
    • Invited
  • [Presentation] Energy Landscapes in Thermophilic F1-ATPase2014

    • Author(s)
      Kazuhiko Kinosita Jr.
    • Organizer
      Tokyo ATPase Workshop
    • Place of Presentation
      Takeda Hall, The University of Tokyo
    • Year and Date
      2014-06-02 – 2014-06-03
    • Invited
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.k2.phys.waseda.ac.jp/

URL: 

Published: 2017-03-15  

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