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2014 Fiscal Year Annual Research Report

損傷クロマチンダイナミクスとTIP60複合体のアセチル化ネットワークの解明

Research Project

Project/Area Number 26281020
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

井倉 毅  京都大学, 放射線生物研究センター, 准教授 (70335686)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywordsアセチル化 / ヒストンH2AX / TIP60 / リン酸化 / DNA損傷応答
Outline of Annual Research Achievements

本課題の目的は、TIP60ヒストンアセチル化酵素複合体によるアセチル化を介したH2AXのクロマチンからの放出が、ヒストンH2AXのリン酸化を介したDNA損傷応答シグナルの活性化とどのような関係にあるのかを明らかにすることである。これまでにTIP60による損傷領域のヒストンのアセチル化が、TIP60複合体の構成因子のアセチル化を誘導し、損傷領域でアセチル化の連動が起きることを明らかにした。このアセチル化連動がDNA損傷に伴うH2AXのリン酸化シグナルの増幅をDNA損傷領域に限局させている可能性がある。TIP60によるH2AXのアセチル化によって、TIP60複合体の構成因子TBRのアセチル化が増強され、その結果、TBRのATP分解活性が亢進することを確認している。さらにTBRのATP分解活性が、損傷領域のチェックポイント蛋白質の安定性に関与することを明らかにした。このチェックポイント蛋白質は、H2AXのリン酸化によって形成されるフォーカス形成に関与することから、TIP60によるTBRのアセチル化がH2AXのリン酸化カスケードによるDNA損傷応答シグナルを調整している可能性がある。また本課題では、放射線障害に対するこのアセチル化連動の変化を定量プロテオミクス解析により検討することを予定している。本年度は、京都大学工学部の松田知成博士との共同研究により、放射線障害によって生じるアセチル化、リン酸化、メチル化などのヒストンの化学修飾およびTIP60複合体の構成因子を始め、様々なDNA修復因子、チェックポイント蛋白質を定量する系が立ち上がり、H2AXのリン酸化とヒストンのアセチル化、TBRのアセチル化との関係を定量的に解析することが可能になった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

TIP60ヒストンアセチル化酵素複合体の構成因子であるTBRのアセチル化が、TIP60によるH2AXのアセチル化によって増幅されるかについては、H2AX-H2BおよびH2A-H2BをTIP60によってin vitroでアセチル化させ、これらアセチル化ヒストンの存在下でTIP60複合体による TBRに対するアセチル化が亢進するか否かを検討した。その結果、少なくともin vitroアセチル化アッセイでは、両者に違いを見出せることはできなかった。しかし、TIP60によるTBRのアセチル化の生理的な意義として、H2AXのリン酸化カスケードを介したDNA損傷応答シグナル活性化に関与するチェックポイント蛋白質の安定性への関与を示唆する結果を得たこと、さらにDNA損傷に伴うヒストンの化学修飾やTBRを含めたTIP60複合体の構成因子の細胞内での分子数を定量するためのMRNが順調に立ち上がり、研究はおおむね順調に進展していると言える。

Strategy for Future Research Activity

今後は、放射線照射(低線量を含む)後のH2AXのリン酸化とH2AXのアセチル化について定量プロテオミクス解析であるMRNを用いて両者の比較定量を行い、これまでに蛍光免疫組織学的解析によって得られた定性的な実験結果を再確認し、線量との関係を検討する。それに基づき、H2AXのアセチル化変異体遺伝子を発現させた細胞においてH2AXのリン酸化が増強されるかについて検討する。TBRのアセチル化変異体遺伝子発現細胞もすでに作成しているので同様の実験でH2AXのリン酸化とアセチル化連動との関係を検証する。TBR以外のTIP60によってアセチル化されるTIP60複合体の構成因子の検討であるが、幾つかの候補は同定している。今後は、特異的アセチル化抗体を作成して検討を開始する。また蛍光組織学的解析では超高解像度顕微鏡3D-SIMを用いて行うが、この実験は、広島大学原爆放射線医科学研究所の田代教授の指導の下に行う。

Causes of Carryover

本課題では、ヒストンのアセチル化抗体が必要になるが、当初予定していたアセチル化部位の抗体の他に同じヒストンの他の部位でのアセチル化抗体を作成する必要が出てきた。またアセチル化関連因子の抗体も作成する必要も出てきた。抗体を作成する場合には時間がかかり、そのため繰越しを行った。

Expenditure Plan for Carryover Budget

当初予定していたアセチル化抗体とは別の部位のアセチル化抗体とアセチル化関連因子の抗体作成、そしてその抗体を用いた蛍光免疫組織学的解析、主にPLA解析用の試薬購入に使用する予定である。

  • Research Products

    (19 results)

All 2015 2014

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (15 results) (of which Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Regulation of homologous recombinational repair by lamin B1 in radiation-induced DNA damage.2015

    • Author(s)
      Liu NA
    • Journal Title

      FASEB J.

      Volume: 14 Pages: 265546

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reorganization of Damaged Chromatin by the Exchange of Histone Variant H2A.Z-2.2014

    • Author(s)
      Nishibuchi I
    • Journal Title

      Int J Radiat Oncol Biol Phys.

      Volume: 89 Pages: 736-744

    • DOI

      10.1016/j.ijrobp.2014.03.031.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nap1 stimulates homologous recombination by RAD51 and RAD54 in higher-ordered chromatin containing histone H1.2014

    • Author(s)
      Machida S
    • Journal Title

      Sci Rep.

      Volume: 4 Pages: 4863

    • DOI

      10.1038/srep04863

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] FANCD2 Binds CtIP and Regulates DNA-End Resection during DNA Interstrand Crosslink Repair.2014

    • Author(s)
      Unno J
    • Journal Title

      Cell Rep.

      Volume: 7 Pages: 1039-1047

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2014.04.005.

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Histone H2AX dynamics coordinates DNA repair with chromatin reorganization2015

    • Author(s)
      Masae Ikura
    • Organizer
      The 5th International Symposium of RIRBM, Hiroshima University
    • Place of Presentation
      広島市
    • Year and Date
      2015-03-02 – 2015-03-03
  • [Presentation] The coupling of epigenetic regulation with metabolism in cancer2015

    • Author(s)
      Tsuyoshi Ikura
    • Organizer
      The 30th RBC-NIRS International Symposium "Frontier Radiation Biology, Now and In the future."
    • Place of Presentation
      京都市
    • Year and Date
      2015-02-20 – 2015-02-21
    • Invited
  • [Presentation] The role of the pyruvate kinase M2 (PKM2) in the Arylhydrocarbon Receptor-mediated Transcription2015

    • Author(s)
      Tsuyoshi Ikura
    • Organizer
      5th meeting of the Asian Forum for chromatin and chromosome Biology
    • Place of Presentation
      Bungalow, India.
    • Year and Date
      2015-01-13 – 2015-01-19
    • Invited
  • [Presentation] The role of histone H2AX dynamics in DNA damage response2014

    • Author(s)
      Tsuyoshi Ikura
    • Organizer
      The 4D Nucleome 2014
    • Place of Presentation
      広島市
    • Year and Date
      2014-12-17 – 2014-12-20
  • [Presentation] Nap1 is required for the homologous recombination reaction in higher-order chromatin containing histone H12014

    • Author(s)
      Shinichi Machida
    • Organizer
      The 4D Nucleome 2014
    • Place of Presentation
      広島市
    • Year and Date
      2014-12-17 – 2014-12-20
  • [Presentation] Nap1は高次クロマチンでの相同組換えを促進する2014

    • Author(s)
      町田晋一
    • Organizer
      第32回 染色体ワークショップ
    • Place of Presentation
      広島市
    • Year and Date
      2014-12-15 – 2014-12-17
  • [Presentation] 翻訳後修飾を介した色素性乾皮症遺伝子産物の機能制御2014

    • Author(s)
      秋田 真季
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜市
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] DNA複製チェックポイント蛋白質Rad9は、PLK1依存的に分解をうける2014

    • Author(s)
      郡司 未佳
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜市
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] 生細胞イメージングを用いたDNA損傷修復過程におけるヒストン修飾動態とクロマチン凝集の解析2014

    • Author(s)
      大倉 健太
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜市
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] DNA損傷応答におけるヒストンアセチル化を介したクロマチン動的制御とその意義2014

    • Author(s)
      井倉 毅
    • Organizer
      平成26年度遺伝研研究会「クロマチンにおけるゲノムDNAの機能発現メカニズム」
    • Place of Presentation
      静岡県三島市
    • Year and Date
      2014-10-30 – 2014-10-31
    • Invited
  • [Presentation] Activation of the SUMO modification system is required for the accumulation of RAD51 at sites containing DNA damage2014

    • Author(s)
      Tsuyoshi Ikura
    • Organizer
      第5回日米修復会議
    • Place of Presentation
      徳島県鳴門市
    • Year and Date
      2014-10-28 – 2014-10-29
  • [Presentation] DNA損傷応答におけるヒストンH2AX化学修飾の時空間的制御2014

    • Author(s)
      井倉 毅
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      京都市
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-16
    • Invited
  • [Presentation] DNA損傷応答におけるポジティブフィードバック制御を介した高次クロマチン構造の役割2014

    • Author(s)
      井倉 毅
    • Organizer
      神戸大学セミナー
    • Place of Presentation
      神戸市
    • Year and Date
      2014-06-04
    • Invited
  • [Presentation] Chromatin dynamics in DNA damage response2014

    • Author(s)
      Masae Ikura
    • Organizer
      IIAS Research Conference 2014 Chromatin decoding
    • Place of Presentation
      京都市
    • Year and Date
      2014-05-12 – 2014-05-14
  • [Presentation] DNA損傷初期応答におけるヒストンシグナルネットワークの解明2014

    • Author(s)
      井倉 毅
    • Organizer
      新学術領域 ゲノム普遍的制御 第5回領域班会議
    • Place of Presentation
      徳島県鳴門市
    • Year and Date
      2014-05-07 – 2014-05-09

URL: 

Published: 2016-06-01  

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