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2017 Fiscal Year Annual Research Report

In situ Protein NMR Structure Analysis

Research Project

Project/Area Number 26291013
Research InstitutionYokohama National University

Principal Investigator

児嶋 長次郎  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 教授 (50333563)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 藤原 敏道  大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (20242381)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2018-03-31
KeywordsNMR / 蛋白質 / 立体構造 / in situ
Outline of Annual Research Achievements

本研究は生きている細胞で働いている蛋白質を、そのままの状態で立体構造決定するNMR技術の開発を目的とする。具体的には、(1)目的蛋白質の領域選択的かつアミノ酸選択的な安定同位体標識技術の開発、(2)還元耐性スピンラベル試薬およびキレート試薬を用いたNMR測定解析技術の開発、(3)生きている細胞のままでNMR信号を帰属する技術の開発、(4)生きている細胞のままでの立体構造情報収集技術の開発、および、(5)高磁場DNP法などを駆使した生きている細胞での蛋白質の構造決定、を計画し、これらを実施した。本研究で得られた成果は以下の通り。
(1)目的蛋白質の領域選択的かつアミノ酸選択的な安定同位体標識技術の開発では、大腸菌でアミノ酸選択的かつ高効率な13C標識が可能な技術の開発に成功した。また、無細胞蛋白質合成系で立体構造解析のための重水素標識と13C標識を組み合わせるアミノ酸選択標識技術を開発した。(2)還元耐性スピンラベル試薬およびキレート試薬を用いたNMR測定解析技術の開発では、細胞内での立体構造解析に適用可能なPREやPCSを用いる精密構造解析法の開発に成功した。(3)生きている細胞のままでNMR信号を帰属する技術の開発、および、(4)生きている細胞のままでの立体構造情報収集技術の開発では、電気穿孔法を用いる蛋白質導入技術によって技術的な問題点が解消され、従来法の約2倍の感度でNMR測定を行うことが可能になった。(5)高磁場DNP法などを駆使した生きている細胞での蛋白質の構造決定では、全自動NMR構造解析システムの開発、効率的なメチル基間NOEの取得、その全自動NMR構造解析システムへの組み込みに成功し、細胞内での蛋白質の構造決定に目処を付けた。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (11 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 4 results)

  • [Int'l Joint Research] Academy of Sciences(チェコ)

    • Country Name
      CZECH
    • Counterpart Institution
      Academy of Sciences
  • [Int'l Joint Research] Marquette University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Marquette University
  • [Int'l Joint Research] Universite de Sherbrooke(Canada)

    • Country Name
      Canada
    • Counterpart Institution
      Universite de Sherbrooke
  • [Journal Article] TFL1-Like Proteins in Rice Antagonize Rice FT-Like Protein in Inflorescence Development by Competition for Complex Formation with 14-3-3 and FD2018

    • Author(s)
      Kaneko-Suzuki Miho、Kurihara-Ishikawa Rie、Okushita-Terakawa Chiaki、Kojima Chojiro、Nagano-Fujiwara Misa、Ohki Izuru、Tsuji Hiroyuki、Shimamoto Ko、Taoka Ken-Ichiro
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 59 Pages: 458~468

    • DOI

      10.1093/pcp/pcy021

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Current NMR Techniques for Structure-Based Drug Discovery2018

    • Author(s)
      Sugiki Toshihiko、Furuita Kyoko、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 23 Pages: 148~148

    • DOI

      10.3390/molecules23010148

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Production of Single-Chain Fv Antibodies Specific for GA-Pyridine, an Advanced Glycation End-Product (AGE), with Reduced Inter-Domain Motion2017

    • Author(s)
      Fukuda Natsuki、Shinya Shoko、Kojima Chojiro、Ogura Teru、Morioka Hiroshi、et al.
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 22 Pages: 1695~1695

    • DOI

      10.3390/molecules22101695

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural and Functional Analysis of the C-Terminal Region of FliG, an Essential Motor Component of Vibrio Na + -Driven Flagella2017

    • Author(s)
      Miyanoiri Yohei、Hijikata Atsushi、Nishino Yuuki、Gohara Mizuki、Onoue Yasuhiro、Kojima Seiji、Kojima Chojiro、Shirai Tsuyoshi、Kainosho Masatsune、Homma Michio
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 25 Pages: 1540~1548.e3

    • DOI

      10.1016/j.str.2017.08.010

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protein 19F-labeling using transglutaminase for the NMR study of intermolecular interactions2017

    • Author(s)
      Hattori Yoshikazu、Heidenreich David、Ono Yuki、Sugiki Toshihiko、Yokoyama Kei-ichi、Suzuki Ei-ichiro、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • Journal Title

      Journal of Biomolecular NMR

      Volume: 68 Pages: 271~279

    • DOI

      10.1007/s10858-017-0125-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The mechanism of the glycosylase reaction with hOGG1 base-excision repair enzyme: concerted effect of Lys249 and Asp268 during excision of 8-oxoguanine2017

    • Author(s)
      Sebera Jakub、Hattori Yoshikazu、Sato Daichi、Reha David、Nencka Radim、Kohno Takashi、Kojima Chojiro、Tanaka Yoshiyuki、Sychrovsky Vladimir
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 45 Pages: 5231~5242

    • DOI

      10.1093/nar/gkx157

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] NMR line shape analysis of a multi-state ligand binding mechanism in chitosanase2017

    • Author(s)
      Shinya Shoko、Ghinet Mariana G.、Brzezinski Ryszard、Furuita Kyoko、Kojima Chojiro、Shah Sneha、Kovrigin Evgenii L.、Fukamizo Tamo
    • Journal Title

      Journal of Biomolecular NMR

      Volume: 67 Pages: 309~319

    • DOI

      10.1007/s10858-017-0109-6

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cold-Shock Expression System in E. coli for Protein NMR Studies2017

    • Author(s)
      Sugiki Toshihiko、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 1586 Pages: 345~357

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-6887-9_23

    • Peer Reviewed

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-05-13  

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