2016 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis and conservation of the biodiversity of New Caledonia based on comparative conservation genomics
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26304012
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
井鷺 裕司 京都大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (50325130)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
内山 憲太郎 国立研究開発法人森林総合研究所, その他部局等, 研究員 (40501937)
陶山 佳久 東北大学, (連合)農学研究科(研究院), 准教授 (60282315)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 生物多様性保全 / 空間的遺伝構造 / 絶滅危惧種 / 保全ゲノミクス / RAD-seq / RNA-seq / トランスクリプトーム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ニューカレドニアに生育するシソ科Oxera属は、植物体のサイズ(10cmから数m)、生活型(ツル、矮低木、灌木)、花の位置(頂生、幹生、地上生)、花色、花型、生育地の土壌など著しい適法放散を行っている。本年度は、これらの分類群の実体を明らかにする事を目的として、まず、井鷺、陶山、内山および大学院生がニューカレドニアの共同研究者と共に、ニューカレドニア中・南部において、遺伝解析試料の採集を行った。また、トランスクリプトーム解析のために、現地研究機関に植栽されている個体からもRNA抽出用の試料採集・処理を行った。
井鷺は、広域分布種であるOxera baladicaと未記載の局所固有種を対象に、RAD-seqでゲノムの縮約解読を行うことで得られたSNPs (一塩基多型)をもとに、分類群および集団の遺伝的多様性、分類群間、集団間の遺伝的分化、分岐時期、有効集団サイズなどの推定をおこなった。陶山は自ら開発・改良したゲノム縮約解読技術を駆使して、これまで本研究で採集してきた全サンプルを対象とした網羅的な系統解析を行い、各分類群の相互関係、未記載種の系統的位置づけに関する解析を行った。内山は、トランスクリプトーム解析によって、発現遺伝子の網羅的解析を行い、種分化に関わる遺伝子の検出を試みた。RNA-seqデータのアセンブルの結果、得られた約７万のコンティグのうち、種間の塩基多型が認められた約3万の遺伝子に対して、同義置換、非同義置換の比を計算した。その結果、解析対象とした4種の種分化の過程で、70個の遺伝子で有意な正の自然選択起こったことが推定された。これらの遺伝子には金属や硫酸塩などの輸送に関わると予想される遺伝子が複数含まれていた。NCは超塩基性土壌が島内全域に複雑に貫入していることが知られており、本属の種分化に土壌環境に対する適応が重要な役割を果たしている可能性が示唆された。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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