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2015 Fiscal Year Research-status Report

浮遊性有孔虫の新規環境指標の確立:遺伝子・安定同位体・形態の複合解析から

Research Project

Project/Area Number 26400501
Research InstitutionShinshu University

Principal Investigator

氏家 由利香  信州大学, 理学部, 研究員 (20573041)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 木元 克典  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 地球環境観測研究開発センター, 主任技術研究員 (40359162)
石村 豊穂  茨城工業高等専門学校, 物質工学科, 准教授 (80422012)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords浮遊性有孔虫 / 炭素循環 / 遺伝子解析 / 形態分析 / 安定酸素・炭素同位体比
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、古海洋環境の復元に広く使用される浮遊性有孔虫の炭酸塩殻の安定酸素・炭素同位体比について、その精度を高めることである。これまで、浮遊性有孔虫は共生藻を持つため、炭酸塩殻の形成に生物学的効果が大きく関与しており、そのメカニズムはブラックボックスのままであった。そこで、浮遊性有孔虫の生体試料を採取し、まずそれらの遺伝的種、各々の種がもつ共生藻種の同定を行う。その上で、殻の形態と安定酸素・炭素同位体比を分析し、生物学的効果を精査する必要がある。初年度の研究で、同一個体から遺伝子と殻を分離し、各々の分析を行う手法の確立に取り組んだ。こうしたデータを精査した結果、いくつかの問題が生じ、平成27年度に行った研究によってそれらを解決するに至った。
(1)問題:遺伝子抽出の過程における試薬・加熱処理が、殻へ物理的に影響を及ぼさないことを精確に検証するには、標準物質を用い、実際の試料と比較する必要がある。しかし、これまでのマイクロフォーカスCTスキャンでは、機械上の性質から測定時の誤差が大きかった。
解決法・結果:機械上の問題、また精巧な標準物質との同時測定を可能にすることによって、高精度に殻の密度を計測することができるようになった。また、遺伝子抽出の諸過程は、殻へ物理的ダメージを与えないことがわかった。
(2)問題:殻試料をマイクロフォーカスCTスキャンで密度測定、形態計測を行うにあたり、試料台に殻を固定するため用いた接着剤が、微量の同位体分析に影響を及ぼしている事がわかった。
解決法・結果:接着剤そのもののリン酸反応を試験し、影響を及ぼさない物質を採用することにより、正確な同位体分析が可能になった。
これらの問題解決を受け、季節別に採取した浮遊性有孔虫の試料の再測定、また新規試料の分析を進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

本研究は、遺伝子解析・殻の形態計測および同位体比の分析を行い、これらの結果を複合的に検証していく。各々の分析で、これまでにない高精度の結果が必要であるため、手法の諸問題を解決していくことは非常に重要である。さらに、分析数を増やすことも必要であるため、各々の手法での効率化も注力している。実際に、マイクロフォーカスCTスキャンの分析は以前より格段に正確かつ効率化した。しかし、まだ同位体比への生物学的効果を評価するにはデータが蓄積されていない。

Strategy for Future Research Activity

これまでに得られた実験手法の確立について、学会・国際誌に成果発表を行う。
本研究の主目的である同位体比への生物学的効果を評価するため、季節別の浮遊性有孔虫試料の諸分析を精力的に進め、成果をまとめる。

Causes of Carryover

当初予定していた実験において、手法の確立に再測定・再分析が必要になり季節別の試料の分析数が少なかった。このため、次年度使用額が生じた。

Expenditure Plan for Carryover Budget

次年度使用額は平成28年度請求額と合わせて、季節別の試料の分析を完遂に使用するとともに、これらの分析で得られた成果の学会発表、論文発表に使用する計画である。

  • Research Products

    (13 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] Station Biologique de Roscoff/University of Lyon/CEREGE(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Station Biologique de Roscoff/University of Lyon/CEREGE
  • [Int'l Joint Research] University of Bremen(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      University of Bremen
  • [Int'l Joint Research] University of Edinburgh/University of St Andrews/University of Nottingham(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Edinburgh/University of St Andrews/University of Nottingham
  • [Journal Article] Evolution of a Planktonic Foraminifer during Environmental Changes in the Tropical Oceans.2016

    • Author(s)
      Ujiie, Y. and Y. Ishitani
    • Journal Title

      PlosOne

      Volume: 11 Pages: e0148847

    • DOI

      doi:10.1371/journal.pone.0148847

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] マイクロX線CTで取得した3次元形状情報に基づく有孔虫骨格モデルのパラメータ同定2016

    • Author(s)
      岸本直子・木元克典
    • Journal Title

      化石

      Volume: 99 Pages: 53

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 計算微古生物学:最 新3次元イメージング技術の浮遊性有孔虫研究への応用2016

    • Author(s)
      佐々木理, 岩下智洋, 木元克典, 鹿納晴尚, 木原辰之
    • Journal Title

      化石

      Volume: 99 Pages: 63

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] PFR2: a curated database of planktonic foraminifera 18S ribosomal DNA as a resource for studies of plankton ecology, biogeography and evolution.2015

    • Author(s)
      Morard, R., K.F. Darling, F. Mahe, S. Audic, Y. Ujiie, A.K.M. Weiner, A. Andre, H.A. Seears, C. Wade, F. Quillevere, C.J. Douady, G. Escarguel, T. de Garidel-Thoron, M. Siccha, M. Kucera, and C. de Vargas
    • Journal Title

      Molecular Ecology Resources

      Volume: 15 Pages: 1472

    • DOI

      doi: 10.1111/1755-0998.12410

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] マイク ロX線CT法による生物骨格の3次元計測2015

    • Author(s)
      木元 克典,中村 由里子, 佐々木 理,鹿納 晴尚,岩崎 晋也
    • Organizer
      日本サンゴ礁学会
    • Place of Presentation
      慶応大学三田キャンパス・東京
    • Year and Date
      2015-11-26
    • Invited
  • [Presentation] 化石記録と分子時計からみた浮遊性有孔虫の進化2015

    • Author(s)
      氏家由利香, 石谷佳之
    • Organizer
      日本古生物学会2015年年会
    • Place of Presentation
      産業技術総合研究所・筑波
    • Year and Date
      2015-06-28
  • [Presentation] Micro focus X-ray Computing Tomography Technique: Applications for the Ocean Acidification study2015

    • Author(s)
      Kimoto, K., Kihara, T., Iwasaki, S., Sasaki, O., Kano, H., Wakita, M., Irino, T.
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合 2015年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ・千葉
    • Year and Date
      2015-05-28
  • [Presentation] Seasonal variation in genetic types of a planktonic foraminifer2015

    • Author(s)
      Ujiie, Y. and H. Ueda
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合 2015年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ・千葉
    • Year and Date
      2015-05-26
  • [Presentation] 安定同位体比質量分析計IsoPrime100を用いた高精度・高感度分析システムの開発2015

    • Author(s)
      中根雅晴・田中崇史・鐵智美・高木悠花・石村豊穂
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合 2015年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ・千葉
    • Year and Date
      2015-05-24
  • [Presentation] CT analysis reveals shell density of marine calcifiers and its seasonal changes2015

    • Author(s)
      Kimoto, K
    • Organizer
      国際北極研究シンポジウム
    • Place of Presentation
      富山国際会場・富山
    • Year and Date
      2015-04-27
    • Int'l Joint Research

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Published: 2017-01-06   Modified: 2022-02-03  

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